Il s'agit de l'application Windows Javamony, qui s'exécute en ligne sous Windows via Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom Javamony.jar. Elle est également disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Javamony pour l'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Javamony fonctionnera sous Windows en ligne plutôt que sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Basé sur le pas si réussi Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), le même étudiant déterminé reprend le problème phylogénétique.Javamony est invoqué comme suit :
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [aléatoire / pas à pas (arbre de départ)] [nombre de bootstraps] [outgroup taxon #1] [outgroup taxon #2] ...
Non conçu comme un programme d'inférence phylogénétique compétitif, Javamony est une opportunité pour moi d'acquérir le langage Java tout en apprenant à aborder et à résoudre des problèmes fondamentaux en phylogénétique. Par conséquent, pour mon propre bénéfice éducatif, tout le code est original. Bien sûr, il y a probablement aussi beaucoup d'erreurs.
Je distribue Javamony, comme j'ai fait Pysimony, en espérant qu'il aura une valeur éducative pour quelqu'un d'autre ou du moins vaguement amusant.
Les fonctionnalités à venir seront :
- Prise en charge des séquences d'acides aminés
- Prise en charge de formats de fichiers supplémentaires (par exemple Nexus)
- Multithreading
- Méthodes de notation supplémentaires (par exemple, maximum de vraisemblance)
Comment ça marche
- Utilise un maximum de parcimonie
- Lit un fichier d'entrée FASTA (ADN uniquement)
- Groupe externe établi par l'utilisateur
- Arbres de départ par addition aléatoire et par étapes
- Utilise la recherche d'arbres SPR (élagage et regreffe de sous-arbres)
- Effectue l'amorçage
- Produit le format Newick standard avec la prise en charge du bootstrap et les longueurs de branche
- Dessine l'arbre final avec la prise en charge du bootstrap
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/javamony/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
