Il s'agit de l'application Windows nommée PBSuite dont la dernière version peut être téléchargée sous PBSuite_15.8.24.tgz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PBSuite avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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PB Suite
DESCRIPTION
Celui-ci héberge actuellement deux projets créés et maintenus par Adam English.
PBJelly - l'outil de mise à niveau du génome.
PBHoney - l'outil de découverte des variations structurelles
Les deux sont contenus dans le code PBSuite trouvé dans les téléchargements.
----- Gelée PB -----
Lire le papier
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJelly est un pipeline hautement automatisé qui aligne les longues lectures de séquençage (telles que les lectures PacBio RS ou les longues 454 lectures au format fasta) sur des assemblages de brouillon de haute confiance. PBJelly comble ou réduit autant de lacunes capturées que possible pour produire des ébauches de génomes améliorées.
----- PBHiel -----
Lire le papier
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoney est une implémentation de deux approches d'identification de variantes conçues pour exploiter la capacité de mappage élevée des lectures longues (c'est-à-dire supérieures à 10,000 XNUMX pb). PBHoney prend en compte à la fois la discordance intra-lecture et les queues légèrement écrêtées des longues lectures pour identifier les variantes structurelles.
Comment ça marche
- Assemblage du génome
- Mise à niveau du génome
- Variation structurelle
- Évaluation de l'assemblage
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
