Il s'agit de l'application Windows VarScan, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom VarScan.v2.3.9.jar. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée VarScan avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Analyse Var
DESCRIPTION
Détection de variantes dans le séquençage massivement parallèle. Pour un échantillon, appelle les SNP, les indels et les génotypes consensus. Pour les paires normales à la tumeur, classe chaque variante en tant que lignée germinale, somatique ou LOH, et détecte également les changements de nombre de copies somatiques. LA DERNIÈRE VERSION EST DISPONIBLE SUR GITHUB
Comment ça marche
- Appelle les SNP et les indels à partir des fichiers d'empilement SAMtools
- Filtre les variantes par couverture, profondeur de lecture, fréquence de variante et qualité de base
- Détermine le statut somatique (Somatique, Germline, LOH) pour les paires Tumeur-Normale
- Compare, fusionne et croise deux listes de variantes
- Limite les appels de variantes à un ensemble de positions cibles ou de régions cibles
- Gratuit pour un usage non commercial.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/varscan/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
