Il s'agit de l'application Windows nommée Visualization of Protein-Ligand Graphs à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée en tant que vplg_2016_07_18.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Visualization of Protein-Ligand Graphs à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Visualisation des graphiques protéine-ligand à exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne
DESCRIPTION
Le progiciel Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) calcule et visualise les graphiques de protéines. Il fonctionne au niveau de la structure super-secondaire et utilise les coordonnées atomiques des fichiers PDB et les affectations SSE de l'algorithme DSSP.VPLG est un logiciel en ligne de commande. Si vous n'aimez pas taper des commandes, essayez notre serveur Web PTGL : http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Features
- Lit les données atomiques tridimensionnelles des fichiers PDB et les affectations de structure secondaire des fichiers DSSP
- Calcule un graphique protéine-ligand à partir des données et visualise le graphique
- Prend en charge la sortie des images graphiques aux formats bitmap (.png) et vectoriel (.svg)
- Exporte les graphiques protéine-ligand dans un fichier texte brut dans son propre format (.plg) qui est facile à éditer, analyser et générer avec un programme informatique ainsi que dans un certain nombre de formats de fichiers graphiques standard
- Peut lire et visualiser directement les graphiques de protéines à partir de fichiers .plg
- Logiciel libre et gratuit (FOSS)
- Prise en charge de la base de données (entièrement facultative, aucun serveur de base de données requis par défaut)
- L'interface de ligne de commande permet un traitement par lots facile via des scripts shell
- Permet de filtrer les ligands par numéro d'atome
- Nouvelle interface graphique écrite en Java, plus besoin de taper les commandes de la console !
- Le logiciel qui alimente le serveur Web PTGL : http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Audience
Science/Recherche, Éducation, Utilisateurs finaux avancés
Interface utilisateur
Java Swing, console/terminal, ligne de commande
Langage de programmation
Java
Environnement de base de données
JDBC
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/vplg/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
