एंडी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एंडी - विकासवादी दूरी का अनुमान लगाता है

SYNOPSIS

Andi [-जेएलवी] [-b INT] [-p फ्लोट] [-m आदर्श] [-t INT] फ़ाइलें...

वर्णन

Andi निकट संबंधी जीनोम के बीच विकासवादी दूरी का अनुमान लगाता है। इसके लिए Andi
से इनपुट अनुक्रम पढ़ता है FASTA फ़ाइलें और जोड़ीवार एंकर दूरी की गणना करता है।
इसके पीछे का विचार हाउबोल्ड एट अल द्वारा एक पेपर में समझाया गया है। (नीचे देखें)।

आउटपुट

आउटपुट एक सममित दूरी मैट्रिक्स है फ़िलिप प्रारूप, प्रत्येक प्रविष्टि का प्रतिनिधित्व करते हुए
एक सकारात्मक वास्तविक संख्या के साथ विचलन. शून्य की दूरी का मतलब है कि दो अनुक्रम हैं
समान, जबकि अन्य मान न्यूक्लियोटाइड प्रतिस्थापन दर (जुकेस-) के अनुमान हैं
कैंटर सही किया गया)। तकनीकी कारणों से तुलना विफल हो सकती है और कोई अनुमान नहीं लगाया जा सकता
गणना की गई। इस तरह के मामलों में नान मुद्रित है. इसका मतलब या तो यह है कि इनपुट अनुक्रम थे
हमारी पद्धति के ठीक से काम करने के लिए बहुत छोटा (200)।

विकल्प

-बी, --बूटस्ट्रैप
एकाधिक दूरी मैट्रिक्स की गणना करें N-1 पहले से बूटस्ट्रैप किया गया। देखें
विस्तृत विवरण के लिए पेपर क्लॉट्ज़ल और हाउबोल्ड (2016, समीक्षा में)।

-j, --जॉइन
यदि आप में से प्रत्येक इस मोड का उपयोग करें FASTA फ़ाइलें असंख्य के साथ एक असेंबली का प्रतिनिधित्व करती हैं
अंजीर Andi इसके बाद प्रति फ़ाइल सभी सम्मिलित अनुक्रमों को एक मान लिया जाएगा
जीनोम. इस मोड में कमांड लाइन के माध्यम से कम से कम एक फ़ाइल नाम प्रदान किया जाना चाहिए
तर्क. आउटपुट के लिए प्रत्येक अनुक्रम की पहचान करने के लिए फ़ाइल नाम का उपयोग किया जाता है।

-l, --कम स्मृति
मल्टीथ्रेडेड मोड में, Andi थ्रेड की मात्रा के अनुसार मेमोरी रैखिक की आवश्यकता होती है।
कम मेमोरी मोड इसे प्रयुक्त संख्या से स्वतंत्र निरंतर मांग में बदल देता है
तार तार कर दिया। दुर्भाग्य से, यह एक महत्वपूर्ण रनटाइम लागत पर आता है।

-m, --आदर्श
न्यूक्लियोटाइड विकास के विभिन्न मॉडल समर्थित हैं। डिफ़ॉल्ट रूप से ज्यूक्स-कैंटर
सुधार का प्रयोग किया जाता है।

-p
लंगर जोड़ी का महत्व; डिफ़ॉल्ट: 0.05.

-t
उपयोग किए जाने वाले धागों की संख्या; डिफ़ॉल्ट रूप से, सभी उपलब्ध प्रोसेसर का उपयोग किया जाता है।
मल्टीथ्रेडिंग केवल तभी उपलब्ध है यदि Andi ओपनएमपी समर्थन के साथ संकलित किया गया था।

-v, --शब्दशः
अतिरिक्त जानकारी प्रिंट करता है. अतिरिक्त वाचालता के लिए कई बार आवेदन करें।

-h, --मदद
उपलब्ध विकल्पों का सारांश और स्पष्टीकरण प्रिंट करता है।

--संस्करण
संस्करण जानकारी और स्वीकृतियाँ आउटपुट करता है।

कॉपीराइट

कॉपीराइट © 2014, 2015 फैबियन क्लॉट्ज़ल लाइसेंस जीपीएलवी3+: जीएनयू जीपीएल संस्करण 3 या बाद का संस्करण।
यह मुफ्त सॉफ्टवेयर है: आप इसे बदलने और पुनर्वितरित करने के लिए स्वतंत्र हैं। कोई वारंटी नहीं है,
कानून द्वारा अनुमत सीमा तक. पूर्ण लाइसेंस पाठ यहां उपलब्ध है
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

स्वीकृतियां

1) एंडी: हाउबोल्ड, बी. क्लॉट्ज़ल, एफ. और पफैफेलहुबर, पी. (2015)। एंडी: तेज़ और सटीक
निकट संबंधी जीनोम के बीच विकासवादी दूरियों का अनुमान
2) एल्गोरिदम: ओहलेबुश, ई. (2013)। जैव सूचना विज्ञान एल्गोरिदम। अनुक्रम विश्लेषण, जीनोम
पुनर्व्यवस्था, और फाइलोजेनेटिक पुनर्निर्माण। पीपी 118एफ.
3) एसए निर्माण: मोरी, वाई. (2005)। बेहतर दो-चरणीय प्रत्यय का संक्षिप्त विवरण
छँटाई एल्गोरिथ्म. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

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