asn2all - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

asn2all - ASN.1 जैविक डेटा से रिपोर्ट तैयार करें

SYNOPSIS

asn2all [-] [-A एसीसी] [-F फ़ाइल का नाम] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a टाइप] [-b] [-c]
[-d पथ] [-f प्रारूप] [-h] [-i फ़ाइल का नाम] [-k] [-l] [-n नीति] [-o फ़ाइल का नाम] [-p पथ]
[-r] [-v फ़ाइल का नाम] [-x ext]

वर्णन

asn2all मुख्य रूप से बाइनरी ASN.1 बायोसेक-सेट से रिपोर्ट तैयार करने के लिए है
एनसीबीआई एफ़टीपी साइट (एनसीबीआई-एएसएन1 निर्देशिका) से डाउनलोड की गई फ़ाइलें जारी करें। यह उत्पादन कर सकता है
जेनबैंक और जेनपेप्ट फ़्लैटफ़ाइलें, FASTA अनुक्रम फ़ाइलें, INSDSet संरचित XML, TinySeq XML,
और सेक्विन-शैली 5-कॉलम फीचर टेबल।

रिलीज़ फ़ाइलें (जिनमें एक्सटेंशन है .aso.gz) से असम्पीडित होना चाहिए
बंदूक की नोक(1), जिसके परिणामस्वरूप एक्सटेंशन वाली फ़ाइलें प्राप्त होंगी .aso। उदाहरण के लिए, gbpri1.aso विश्व का सबसे लोकप्रिय एंव
प्राइमेट डिवीजन में पहली फ़ाइल, और कमांड

गनज़िप gbpri1.aso.gz

में परिणाम होगा gbpri1.aso बनाया जा रहा है. मूल gbpri1.aso.gz फ़ाइल को बाद में हटा दिया जाता है
सफल विघटन.

In asn2all, संसाधित की जाने वाली फ़ाइल का नाम इसके द्वारा निर्दिष्ट किया गया है -i कमांड लाइन
तर्क। उपयोग -a t यह इंगित करने के लिए कि यह एक रिलीज़ फ़ाइल है और -b यह इंगित करने के लिए कि यह है
बाइनरी ASN.1. एन्ट्रेज़ से प्राप्त टेक्स्ट ASN.1 फ़ाइल का उपयोग करके संसाधित किया जा सकता है -a a
के बजाय -a t -b.

न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन रिकॉर्ड को एक साथ संसाधित किया जा सकता है। उपयोग -o करने के लिए तर्क
न्यूक्लियोटाइड आउटपुट फ़ाइल को इंगित करें, और -v प्रोटीन आउटपुट फ़ाइल के लिए तर्क।

RSI -f तर्क उत्पन्न किए जाने वाले प्रारूप को निर्धारित करता है, और अधिक विस्तार से प्रलेखित किया जाता है
(अन्य विकल्पों के साथ) निम्नलिखित अनुभाग में।

विकल्प

विकल्पों का सारांश नीचे दिया गया है।

- प्रिंट उपयोग संदेश

-A परिग्रहण
लाने के लिए परिग्रहण; रूप ले सकता है परिग्रहण,जटिलता,झंडे जहां जटिलता
सामान्यतः होना चाहिए 0 और एक झंडे के मूल्य -1 बाहरी सुविधाओं को लाने में सक्षम बनाता है

-F फ़ाइल का नाम
परिग्रहण फ़िल्टर फ़ाइल

-G आरामदेह जीनोम मैपिंग

-J n Seq-loc से

-K n सेक-लोक टू

-M सेक-लोक माइनस स्ट्रैंड

-T थ्रेड्स का प्रयोग करें

-X विस्तारित क्वालीफायर आउटपुट

-a टाइप
इनपुट ASN.1 प्रकार:
एक स्वचालित (डिफ़ॉल्ट)
सी कैटेनेटेड
z कोई भी
ई सेक-एंट्री
बी बायोसेक
एस बायोसेक-सेट
एम सेक-सबमिट
टी बैच प्रोसेसिंग (आधिकारिक रिलीज के लिए उपयुक्त; विशिष्ट प्रकार का स्वत: पता लगाता है)

-b बायोसेक-सेट बाइनरी है

-c बायोसेक-सेट संपीड़ित है

-d पथ
अनुक्रमित बाइनरी ASN.1 डेटा का पथ

-f प्रारूप
आउटपुट स्वरूप:
जी जेनबैंक/जेनपेप्ट (डिफ़ॉल्ट)
एम जेनबैंक मास्टर स्टाइल
एफ फास्टा
डी सीडीएस फास्टा
ई जीन FASTA
टी सेक्विन-शैली 5-कॉलम फीचर तालिका
y टाइनीसेट XML (FASTA के समान)
एस आईएनएसडीसेट एक्सएमएल (जेनबैंक/जेनपेप्ट के समान)
एक संरचनात्मक रूप से समतुल्य पाठ ASN.1
x संरचनात्मक रूप से समतुल्य XML
सी कैश घटक

-h अतिरिक्त सहायता संदेश प्रदर्शित करें

-i फ़ाइल का नाम
इनपुट फ़ाइल नाम (डिफ़ॉल्ट रूप से मानक इनपुट)

-k स्थानीय फ़ेचिंग सक्षम करें

-l घटकों को पहले से लॉक करें

-n नीति
FASTA नीति के पास:
एक सब
n केवल निकट (डिफ़ॉल्ट)
एफ केवल दूर

-o फ़ाइल का नाम
न्यूक्लियोटाइड आउटपुट फ़ाइल नाम

-p पथ
फ़ाइलों का पथ

-r रिमोट फ़ेचिंग सक्षम करें

-v फ़ाइल का नाम
प्रोटीन आउटपुट फ़ाइल नाम

-x ext संपूर्ण निर्देशिकाओं के साथ काम करते समय फ़ाइल चयन प्रत्यय। (डिफ़ॉल्ट है .aso)

उदाहरण

आदेश

asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt

से जेनबैंक और जेनपेप्ट रिपोर्ट तैयार करेगा gbpri1.aso.

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके asn2all का ऑनलाइन उपयोग करें