जैव-इंद्रधनुष - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

इंद्रधनुष - इंद्रधनुष 2.0.4 के लिए मैनुअल पेज --[ईमेल संरक्षित], [ईमेल संरक्षित]>

SYNOPSIS

इंद्रधनुष [विकल्पों]

वर्णन

इंद्रधनुष ६ -- <[ईमेल संरक्षित], [ईमेल संरक्षित]>

समूह

इनपुट फ़ाइल स्वरूप: युग्मित fasta/fastq फ़ाइल (फ़ाइलें) आउटपुट फ़ाइल स्वरूप:
\टी \टी \टी

-1 इनपुट fasta/fastq फ़ाइल, एकाधिक '-1' का समर्थन करता है

-2 इनपुट fasta/fastq फ़ाइल, एकाधिक '-2' का समर्थन करता है [शून्य]

-l
लंबाई पढ़ें, डिफ़ॉल्ट: 0 चर

-m
अधिकतम बेमेल [4]

-e
बिल्कुल मेल खाती सीमा [2000]

-L बहुरूपता का निम्न स्तर

div

इनपुट फ़ाइल स्वरूप: \टी \टी \टी उत्पादन
फ़ाइल प्रारूप:
\टी \टी \टी [\टी ]

-i इनपुट फ़ाइल [stdin]

-o आउटपुट फ़ाइल [stdout]

-k
K_allele, एक नया समूह बनाने के लिए न्यूनतम संस्करण [2]

-K
K_allele, आवृत्ति की परवाह किए बिना विभाजित करें जब वेरिएंट की संख्या इस मान से अधिक हो
[50]

-f
नया समूह बनाने के लिए आवृत्ति, न्यूनतम भिन्न आवृत्ति [0.2]

मर्ज

इनपुट फ़ाइल स्वरूप:
\टी \टी \टी [\टी ]

-i इनपुट rbasm आउटपुट फ़ाइल [stdin]

-a आउटपुट असेंबली

-o मर्ज किए गए कॉन्टिग्स के लिए आउटपुट फ़ाइल, प्रति क्लस्टर एक पंक्ति [स्टडआउट]

-N
विलय के लिए विभाजित समूहों की अधिकतम संख्या [300]

-l
दो रीड्स को असेंबल करते समय न्यूनतम ओवरलैप (केवल '-ए' खोले जाने पर मान्य) [5]

-f
संयोजन के समय समानता का न्यूनतम अंश (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए)
[0.90]

-r
असेंबल करने के लिए रीड की न्यूनतम संख्या (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए) [5]

-R
असेंबल करने के लिए रीड्स की अधिकतम संख्या (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए) [300]

उपयोग: इंद्रधनुष [विकल्प]

समूह

इनपुट फ़ाइल स्वरूप: युग्मित fasta/fastq फ़ाइल (फ़ाइलें) आउटपुट फ़ाइल स्वरूप:
\टी \टी \टी

-1 इनपुट fasta/fastq फ़ाइल, एकाधिक '-1' का समर्थन करता है

-2 इनपुट fasta/fastq फ़ाइल, एकाधिक '-2' का समर्थन करता है [शून्य]

-l
लंबाई पढ़ें, डिफ़ॉल्ट: 0 चर

-m
अधिकतम बेमेल [4]

-e
बिल्कुल मेल खाती सीमा [2000]

-L बहुरूपता का निम्न स्तर

div

इनपुट फ़ाइल स्वरूप: \टी \टी \टी उत्पादन
फ़ाइल प्रारूप:
\टी \टी \टी [\टी ]

-i इनपुट फ़ाइल [stdin]

-o आउटपुट फ़ाइल [stdout]

-k
K_allele, एक नया समूह बनाने के लिए न्यूनतम संस्करण [2]

-K
K_allele, आवृत्ति की परवाह किए बिना विभाजित करें जब वेरिएंट की संख्या इस मान से अधिक हो
[50]

-f
नया समूह बनाने के लिए आवृत्ति, न्यूनतम भिन्न आवृत्ति [0.2]

मर्ज

इनपुट फ़ाइल स्वरूप:
\टी \टी \टी [\टी ]

-i इनपुट rbasm आउटपुट फ़ाइल [stdin]

-a आउटपुट असेंबली

-o मर्ज किए गए कॉन्टिग्स के लिए आउटपुट फ़ाइल, प्रति क्लस्टर एक पंक्ति [स्टडआउट]

-N
विलय के लिए विभाजित समूहों की अधिकतम संख्या [300]

-l
दो रीड्स को असेंबल करते समय न्यूनतम ओवरलैप (केवल '-ए' खोले जाने पर मान्य) [5]

-f
संयोजन के समय समानता का न्यूनतम अंश (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए)
[0.90]

-r
असेंबल करने के लिए रीड की न्यूनतम संख्या (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए) [5]

-R
असेंबल करने के लिए रीड्स की अधिकतम संख्या (केवल तभी मान्य जब '-a' खोला जाए) [300]

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