यह कमांड क्लीनसन है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
सफाई - एनसीबीआई एएसएन.1 वस्तुओं में अनियमितताओं को साफ करें
SYNOPSIS
सफाई [-] [-A फ़ाइल का नाम] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L फ़ाइल का नाम] [-M फ़ाइल का नाम]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i फ़ाइल का नाम] [-j फ़ाइल का नाम] [-k फ़ाइल का नाम] [-m str] [-n पथ]
[-o फ़ाइल का नाम] [-p पथ] [-q पथ] [-r पथ] [-v पथ] [-x ext]
वर्णन
सफाई NCBI ASN.1 वस्तुओं में अनियमितताओं को दूर करने के लिए एक उपयोगिता कार्यक्रम है।
विकल्प
विकल्पों का सारांश नीचे दिया गया है।
- प्रिंट उपयोग संदेश
-A फ़ाइल का नाम
परिग्रहण सूची फ़ाइल
-C str अनुक्रम संचालन, झंडे के अनुसार str:
c संपीडन
डी डीकंप्रेस
v खंडित अनुक्रम के अंदर आभासी अंतराल
s खंडित सेट को डेल्टा अनुक्रम में बदलें
-D str स्ट्र में झंडे के अनुसार, डिस्क्रिप्टर को साफ करें:
टी शीर्षक हटाएं
सी टिप्पणी हटाएं
n Nuc-Prot सेट शीर्षक निकालें
e पॉप/Phy/मट/इको सेट शीर्षक निकालें
एम एमआरएनए शीर्षक निकालें
पी प्रोटीन शीर्षक निकालें
-F str स्ट्र में झंडे के अनुसार, सुविधाओं को साफ करें:
यू उपयोगकर्ता-वस्तुओं को हटा दें
d db_xrefs हटाएं
ई निकालें /सबूत और /अनुमान
r अनावश्यक जीन xrefs निकालें
f फ्यूज डुप्लीकेट फीचर्स
k पैकेज कोडिंग-क्षेत्र या भागों की विशेषताएं
z ईसी नंबर हटाएं या अपडेट करें
-K str स्ट्र में झंडे के अनुसार सामान्य सफाई करें:
बी बेसिकसेकएंट्रीक्लीनअप
p C++ BasicCleanup (बाहरी उपयोगिता के माध्यम से)
एस सीरियससेकएंट्रीक्लीनअप
जी GpipeSeqEntryCleanup
n विवरणक क्रम को सामान्य करें
u NcbiCleanup उपयोगकर्ता ऑब्जेक्ट निकालें
c आनुवंशिक कोड को सिंक्रनाइज़ करें
डी सीडीएस आंशिक पुन: सिंक्रनाइज़ करें
एम एमआरएनए आंशिक पुन: सिंक्रनाइज़ करें
टी पेप्टाइड आंशिक पुन: सिंक्रनाइज़ करें
एक आम सहमति ब्याह समायोजित करें
मैं "सबसे खराब" Seq-ID . को बढ़ावा देता हूं
-L फ़ाइल का नाम
लॉग फ़ाइल
-M फ़ाइल का नाम
मैक्रो फ़ाइल
-N str स्ट्र में झंडे के अनुसार लिंक साफ करें:
o ओवरलैप द्वारा CDS mRNA को लिंक करें
पी उत्पाद द्वारा सीडीएस एमआरएनए लिंक करें
r सुविधा आईडी पुन: असाइन करें
f लापता पारस्परिक सुविधा आईडी को ठीक करें
सी फीचर आईडी साफ़ करें
-P प्रकाशन विकल्प:
a सभी प्रकाशन हटाएं
s सीरियल नंबर निकालें
f फिगर, नंबरिंग और नाम हटाएं
आर निकालें टिप्पणी
u केवल PMID प्रकाशन अपडेट करें
# अप्रकाशित को PMID से बदलें
-Q str रिपोर्ट:
सी रिकॉर्ड गिनती
आर एएसएन.1 बीएसईसी रिपोर्ट
एस एएसएन.1 एसएसईसी रिपोर्ट
एन एनओआरएम बनाम एसएसईसी रिपोर्ट
e PopPhyMutEco AutoDef रिपोर्ट
ओ ओवरलैप रिपोर्ट
l अक्षांश-देशांतर देश भिन्न
डी लॉग एसएसईसी मतभेद
जी जेनबैंक एसएसईसी अंतर
f asn2gb/asn2flat अंतर
एच सेग-टू-डेल्टा जेनबैंक डिफरेंशियल
वी सत्यापनकर्ता एसएसईसी अंतर
एम जीन/आरएनए/पीसीआर का आधुनिकीकरण
यू अप्रकाशित पब लुकअप
p प्रकाशित पब लुकअप
जे अनइंडेक्स्ड जर्नल रिपोर्ट
एक्स कस्टम स्कैन
-R आईडी से रिमोट फ़ेचिंग (एनसीबीआई अनुक्रम डेटाबेस)
-S str चयनात्मक अंतर फ़िल्टर (बड़े अक्षर छोड़ें)
एस एसएसईसी
बी बीएसईसी
एक लेखक
पी प्रकाशन
एल स्थान
आर आरएनए
क्यू क्वालिफायर सॉर्ट ऑर्डर
जी जेनबैंक ब्लॉक
k पैकेज CdRegion या भागों की विशेषताएं
एम मूव प्रकाशन
o डुप्लीकेट बायोसेक प्रकाशन छोड़ें
डी स्वचालित परिभाषा लाइन
ई पॉप/Phy/मट/इको सेट परिभाषा लाइन
-T टैक्सोनॉमी लुकअप
-U str स्ट्र में झंडे के अनुसार आधुनिकीकरण करें:
जी जीन
आर आरएनए
पी पीसीआर प्राइमर्स
-V str सत्यापनकर्ता गंभीरता से सुविधाओं को निकालें:
आर अस्वीकार
ई त्रुटि
डब्ल्यू चेतावनी
मैं जानकारी
-X str विविध विकल्प, प्रति स्ट्र:
डी स्वचालित परिभाषा लाइन
ई पॉप/Phy/मट/इको सेट परिभाषा लाइन
एन इंस्टेंट नेकां शीर्षक
एम तत्काल एनएम खिताब
एक्स स्पेशल एक्सएम टाइटल
पी तत्काल प्रोटीन शीर्षक
सी कोडिंग अनुक्रमों के लिए एमआरएनए बनाएं
f पारस्परिक प्रोटीन_आईडी/प्रतिलेख_आईडी को ठीक करें
-Z str संकेतित उपयोगकर्ता-वस्तु निकालें
-a str ASN.1 प्रकार
कोई भी (डिफ़ॉल्ट)
ई सेक-एंट्री
बी बायोसेक
एस बायोसेक-सेट
एम सेक-सबमिट
टी बैच प्रसंस्करण [स्ट्रिंग]
-b इनपुट ASN.1 बाइनरी है
-c इनपुट ASN.1 संपीड़ित है
-d str स्रोत डेटाबेस
कोई भी (डिफ़ॉल्ट)
जी जेनबैंक
ई ईएमबीएल
डी डीडीबीजे
बी ईएमबीएल या डीडीबीजे
आर रेफसेक
एन एनसीबीआई
v केवल खंडित अनुक्रम
w खंडित अनुक्रमों को छोड़ दें
x ईएमबीएल/डीडीबीजे को छोड़ दें
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts को छोड़ दें
-f str सबस्ट्रिंग फ़िल्टर
-i फ़ाइल का नाम
एकल इनपुट फ़ाइल (stdin के लिए डिफ़ॉल्ट)
-j फ़ाइल का नाम
पहला फ़ाइल नाम
-k फ़ाइल का नाम
अंतिम फ़ाइल नाम
-m str फ्लैटफाइल मोड:
आर रिलीज
ई Entrez
एस सेक्विन
d डंप
-n पथ
asn2flat निष्पादन योग्य (डिफ़ॉल्ट है /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)
-o फ़ाइल का नाम
एकल आउटपुट फ़ाइल (stdout के लिए डिफ़ॉल्ट)
-p पथ
सभी मेल खाने वाली फाइलों को प्रोसेस करें पथ
-q पथ
ffdiff निष्पादन योग्य (डिफ़ॉल्ट है /नेटॉप/जेनबैंक/सबटूल/बिन/ffdiff)
-r पथ
परिणामों के लिए पथ
-v पथ
असनवाल निष्पादन योग्य (डिफ़ॉल्ट है /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)
-x ext के साथ प्रयोग के लिए फ़ाइल चयन प्रत्यय -p (डिफ़ॉल्ट करने के लिए .ent)
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन सफाई का उपयोग करें
