cmemit - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

cmemit - सहप्रसरण मॉडल से नमूना अनुक्रम

SYNOPSIS

सेमीमिट [विकल्प]

वर्णन

RSI सेमीमिट कार्यक्रम सहप्रसरण मॉडल(मॉडलों) से अनुक्रमों के नमूने (उत्सर्जित) करता है , और
उन्हें आउटपुट के लिए लिखता है। नमूनाकरण अनुक्रम विभिन्न उद्देश्यों के लिए उपयोगी हो सकते हैं,
जिसमें बेंचमार्क या परीक्षणों के लिए सिंथेटिक वास्तविक सकारात्मकताएँ बनाना शामिल है।

डिफ़ॉल्ट प्रत्येक सीएम से दस असंरेखित अनुक्रम का नमूना लेना है। वैकल्पिक रूप से, के साथ -c
विकल्प, आप एकल बहुमत-नियम सर्वसम्मति अनुक्रम का उत्सर्जन कर सकते हैं; या के साथ -a विकल्प, आप
एक संरेखण उत्सर्जित कर सकता है।

RSI इसमें सीएम की एक लाइब्रेरी हो सकती है, ऐसी स्थिति में प्रत्येक सीएम का उपयोग बारी-बारी से किया जाएगा।

हो सकता है '-' (डैश), जिसका अर्थ है इस इनपुट को पढ़ना stdin एक फ़ाइल के बजाय।

शून्य बेसपेयर वाले मॉडल के लिए, अनुक्रमों का नमूना प्रोफ़ाइल एचएमएम फ़िल्टर से लिया जाता है
सीएम का. हालाँकि, चूंकि ये मॉडल लगभग समान होंगे (जब तक कि विशेष विकल्प न हों)।
में इस्तेमाल किया गया सेमीबिल्ड इसे रोकने के लिए), सीएम के बजाय एचएमएम का उपयोग करने से परिवर्तन नहीं होगा
एक महत्वपूर्ण तरीके से आउटपुट, जब तक कि -l विकल्प का प्रयोग किया जाता है. साथ -एल, एचएमएम होगा
समसंभाव्य मॉडल आरंभ और अंत स्थिति के लिए कॉन्फ़िगर किया गया है, जबकि सीएम नहीं करेगा। तुम कर सकते हो
मजबूर सेमीमिट हमेशा सीएम से नमूना लेने के लिए --नोहमोनली विकल्प.

विकल्प

-h मदद करना; कमांड लाइन उपयोग और उपलब्ध विकल्पों का एक संक्षिप्त अनुस्मारक प्रिंट करें।

-o फ़ाइल में सिंथेटिक अनुक्रम सहेजें उन्हें स्टडआउट करने के लिए लिखने के बजाय।

-N उत्पन्न करें क्रम. के लिए डिफ़ॉल्ट मान एक्सएनएनएक्स है।

-u उत्पन्न अनुक्रमों को असंरेखित प्रारूप (FASTA) में लिखें। यह डिफ़ॉल्ट है
व्यवहार.

-a सर्वसम्मति से उत्पन्न अनुक्रमों को एक संरेखित प्रारूप (स्टॉकहोम) में लिखें
FASTA के बजाय संरचना एनोटेशन। अन्य आउटपुट प्रारूप इसके साथ संभव हैं
--आउटफ़ॉर्मेट विकल्प.

-c नमूनाकरण अनुक्रमों के बजाय एकल बहुमत-नियम सर्वसम्मति अनुक्रम की भविष्यवाणी करें
सीएम के संभाव्यता वितरण से। अत्यधिक संरक्षित अवशेष (आधार युग्मित)।
वे अवशेष जो 3.0 बिट्स से अधिक स्कोर करते हैं, या एकल फंसे हुए अवशेष जो स्कोर करते हैं
1.0 बिट से अधिक) अपर केस में दिखाए गए हैं; अन्य को छोटे अक्षर में दिखाया गया है।

-e सीएम उत्सर्जित अनुक्रमों को लंबाई के एक बड़े यादृच्छिक रूप से उत्पन्न अनुक्रम में एम्बेड करें
एक एचएमएम से उत्पन्न जिसे विभिन्न के साथ वास्तविक जीनोमिक अनुक्रमों पर प्रशिक्षित किया गया था
जीसी सामग्री (वही एचएमएम जिसका उपयोग किया जाता है सेमीकैलिब्रेट)। आप का उपयोग कर सकते हैं --आईआईडी विकल्प
इसके बजाय 25% ए, सी, जी और यू अनुक्रम उत्पन्न करें। सीएम उत्सर्जित क्रम शुरू हो जाएगा
बड़े अनुक्रम के भीतर एक यादृच्छिक स्थिति में और इसमें शामिल किया जाएगा
संपूर्णता जब तक कि --u5p or --u3p विकल्पों का प्रयोग किया जाता है। कब -e में प्रयोग किया जाता है
के साथ संयोजन --u5p, सीएम उत्सर्जित अनुक्रम हमेशा स्थिति 1 से शुरू होगा
बड़ा अनुक्रम और 5' छोटा कर दिया जाएगा। जब संयोजन में उपयोग किया जाता है --u3p सी.एम
उत्सर्जित अनुक्रम हमेशा स्थिति पर समाप्त होगा बड़े क्रम का और होगा
3' काट दिया गया।

-l अनुक्रम उत्सर्जित करने से पहले सीएम को स्थानीय मोड में कॉन्फ़िगर करें। डिफ़ॉल्ट रूप से मॉडल
ग्लोबल मोड में होगा. स्थानीय मोड में, बड़े सम्मिलन और विलोपन अधिक होते हैं
वैश्विक मोड की तुलना में सामान्य।

विकल्प के लिए छोटा उत्सर्जित दृश्यों

--u5p सभी उत्सर्जित अनुक्रमों को यादृच्छिक रूप से चुनी गई प्रारंभ स्थिति में छोटा करें , केवल . द्वारा
से शुरू होने वाले अवशेषों का आउटपुट . एक भिन्न प्रारंभ बिंदु यादृच्छिक रूप से चुना जाता है
प्रत्येक क्रम के लिए.

--u3p सभी उत्सर्जित अनुक्रमों को यादृच्छिक रूप से चुने गए अंतिम स्थान पर छोटा करें , केवल . द्वारा
अवशेषों को स्थिति तक आउटपुट करना . एक भिन्न अंतिम बिंदु यादृच्छिक रूप से चुना जाता है
प्रत्येक क्रम के लिए.

--ए5पी
के संयोजन में -a विकल्प, उत्सर्जित संरेखण को यादृच्छिक रूप से छोटा करें
प्रारंभ मैच स्थिति चुनी गई , पदों के लिए केवल संरेखण कॉलम आउटपुट करके
मैच के बाद की स्थिति - 1. 0 और सर्वसम्मति के बीच एक पूर्णांक होना चाहिए
मॉडल की लंबाई (जिसे इसका उपयोग करके निर्धारित किया जा सकता है सेमीस्टैट कार्यक्रम. एक विशेष के रूप में
केस, 0 के रूप में उपयोग करना इसका परिणाम बेतरतीब ढंग से चुनी गई आरंभ स्थिति में होगा।

--ए3पी
के संयोजन में -a विकल्प, उत्सर्जित संरेखण को यादृच्छिक रूप से छोटा करें
अंतिम मिलान स्थिति चुनी गई , पदों के लिए केवल संरेखण कॉलम आउटपुट करके
मैच से पहले की स्थिति + 1 1 और सर्वसम्मति के बीच एक पूर्णांक होना चाहिए
मॉडल की लंबाई (जिसे इसका उपयोग करके निर्धारित किया जा सकता है सेमीस्टैट प्रोग्राम). के तौर पर
विशेष मामला, 0 के रूप में उपयोग करना परिणामस्वरूप यादृच्छिक रूप से चुनी गई अंतिम स्थिति प्राप्त होगी।

अन्य विकल्प

--बीज
यादृच्छिक संख्या जनरेटर को सीड करें , एक पूर्णांक >= 0. यदि शून्येतर है,
अनुक्रमों का स्टोकेस्टिक नमूनाकरण प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य होगा; वही आदेश देगा
वही परिणाम. अगर 0 है, यादृच्छिक संख्या जनरेटर मनमाने ढंग से बीजित है,
और स्टोकेस्टिक नमूने एक ही कमांड के रन दर रन अलग-अलग होंगे।
डिफ़ॉल्ट बीज 0 है.

--आईआईडी - -e, प्रत्येक ए, सी, जी और यू के 25% के रूप में बड़े अनुक्रम उत्पन्न करें।

--rna निर्दिष्ट करें कि उत्सर्जित अनुक्रम आरएनए अनुक्रम के रूप में आउटपुट होंगे। यह सच है
चूक।

--डीएनए निर्दिष्ट करें कि उत्सर्जित अनुक्रम डीएनए अनुक्रम के रूप में आउटपुट होंगे। डिफ़ॉल्ट रूप से,
आउटपुट वर्णमाला आरएनए है।

--idx
निर्दिष्ट करें कि उत्सर्जित अनुक्रमों का नाम प्रारंभ से रखा जाए . . By
चूक एक्सएनएनएक्स है।

--आउटफ़ॉर्मेट
- -ए आउटपुट संरेखण प्रारूप को इस प्रकार निर्दिष्ट करें . स्वीकार्य प्रारूप हैं: Pfam,
एएफए, ए2एम, क्लस्टल, और फ़िलिप। एएफए तेजी से संरेखित है। केवल Pfam और स्टॉकहोम
संरेखण प्रारूपों में सर्वसम्मति संरचना एनोटेशन शामिल होगा।

--tफ़ाइल
फ़ाइल में प्रत्येक उत्सर्जित अनुक्रम के लिए सारणीबद्ध अनुक्रम पार्सट्रीज़ (ट्रेसबैक) डंप करें
. मुख्य रूप से डिबगिंग के लिए उपयोगी है।

--ऍक्स्प
सीएम की उत्सर्जन और संक्रमण संभावनाओं को घातांकित करें और फिर
अनुक्रम उत्सर्जित करने से पहले उन वितरणों को पुनः सामान्यीकृत करें। यह विकल्प बदल देता है
डिफ़ॉल्ट के सापेक्ष पार्सट्रीज़ का सीएम संभाव्यता वितरण। साथ की तुलना में कम
1.0 उत्सर्जित अनुक्रमों के संरेखण पर कम बिट स्कोर होंगे
सेमी। साथ 1.0 से अधिक होने पर, उत्सर्जित अनुक्रमों का बिट अधिक होगा
सीएम के साथ संरेखण पर स्कोर। जैसे-जैसे यह बिट स्कोर अंतर बढ़ता जाएगा
किसी भी दिशा में 1.0 से और दूर चला जाता है। अगर यह विकल्प 1.0 के बराबर है
डिफ़ॉल्ट के सापेक्ष कोई प्रभाव नहीं पड़ता. यह विकल्प अनुक्रम उत्पन्न करने के लिए उपयोगी है
वह या तो अधिक कठिन हैं ( <1.0) या आसान ( > 1.0) सीएम के लिए
पृष्ठभूमि, यादृच्छिक अनुक्रम से सजातीय के रूप में अंतर करें।

--हमोनली
फ़िल्टर प्रोफ़ाइल से सीएम के बजाय एचएमएम उत्सर्जित करें।

--नोहमोनली
फ़िल्टर प्रोफ़ाइल से कभी भी एचएमएम उत्सर्जित न करें, हमेशा सीएम का उपयोग करें, यहां तक ​​कि मॉडलों के लिए भी
शून्य बेसपेयर.

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