समतलता - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

अवतलता - संरचना और संरक्षण से प्रोटीन लिगैंड बाइंडिंग साइट्स का भविष्यवक्ता

SYNOPSIS

अवतलता [विकल्प] PDBFILE OUTPUT_NAME

वर्णन

ConCavity विकासवादी अनुक्रम के संयोजन से प्रोटीन लिगैंड बाइंडिंग साइटों की भविष्यवाणी करता है
संरक्षण और 3 डी संरचना।

ConCavity इनपुट के रूप में एक PDB प्रारूप प्रोटीन संरचना लेता है पीडीबीफ़ाइल और वैकल्पिक रूप से फ़ाइलें जो
संरचना फ़ाइल में जंजीरों के विकासवादी अनुक्रम संरक्षण को चिह्नित करें।

निम्न परिणाम फ़ाइलें डिफ़ॉल्ट रूप से उत्पन्न होती हैं:

· प्रत्येक श्रृंखला के लिए अवशेष लिगैंड बाइंडिंग भविष्यवाणियां (*.स्कोर)।

· एक पीडीबी प्रारूप फ़ाइल में अवशेष लिगैंड बाध्यकारी भविष्यवाणियां (अवशेष स्कोर में रखा गया है
अस्थायी फ़ैक्टर फ़ील्ड, *_residue.pdb)।

· एक DX प्रारूप फ़ाइल (*.dx) में पॉकेट पूर्वानुमान स्थान।

पूर्वानुमानों की कल्पना करने के लिए PyMOL स्क्रिप्ट (*.pml)।

PyMol में भविष्यवाणियों की कल्पना करने के लिए (यदि यह आपके सिस्टम पर स्थापित है), स्क्रिप्ट लोड करें
प्रॉम्प्ट पर "pymol 1G6C_test1.pml" टाइप करके या इसे pymol के माध्यम से लोड करके
interface.

पीडीबी और डीएक्स फाइलें अगर पसंद की जाती हैं तो अन्य आणविक दर्शकों में इनपुट किया जा सकता है। कई
अतिरिक्त आउटपुट स्वरूप उपलब्ध हैं; निचे देखो। ध्यान दें कि अवशेष संख्या
.scores फ़ाइलें PDB फ़ाइल से मेल नहीं खा सकती हैं।

ConCavity दृष्टिकोण तीन वैचारिक चरणों में आगे बढ़ता है: ग्रिड निर्माण, पॉकेट
निष्कर्षण, और अवशेष मानचित्रण (कागज में तरीके देखें)। सबसे पहले, संरचनात्मक और
आसपास के एक नियमित 3डी ग्रिड बनाने के लिए प्रोटीन के विकासवादी गुणों का उपयोग किया जाता है
प्रोटीन जिसमें प्रत्येक ग्रिड बिंदु से जुड़ा स्कोर एक अनुमानित का प्रतिनिधित्व करता है
संभावना है कि यह एक बाध्य लिगैंड परमाणु को ओवरलैप करता है। दूसरा, सन्निहित, उच्च के समूह-
स्कोरिंग ग्रिड पॉइंट्स को पॉकेट निकालने के लिए क्लस्टर किया जाता है जो दिए गए आकार और आकार का पालन करते हैं
प्रतिबंध। अंत में, प्रत्येक प्रोटीन अवशेष को इस अनुमान के साथ स्कोर किया जाता है कि इसकी कितनी संभावना है
निकाले गए जेबों के निकटता के आधार पर एक लिगैंड को बांधने के लिए।

इन चरणों के लिए वर्णित प्रत्येक एल्गोरिदम को अंतराल में लागू किया गया है। देखें
उदाहरण।

संदर्भ

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M, और Funkhouser TA(2009) प्रोटीन की भविष्यवाणी
इवोल्यूशनरी सीक्वेंस कंजर्वेशन और 3डी स्ट्रक्चर को मिलाकर लिगैंड बाइंडिंग साइट्स।
पीएलओएस कंप्यूट बायोल, 5(12).

विकल्प

पीडीबीफ़ाइल पीडीबी प्रारूप में एक प्रोटीन संरचना फ़ाइल है। OUTPUT_NAME आउटपुट का हिस्सा बन जाता है
फ़ाइल नाम और इसमें "/" नहीं हो सकता है। आउटपुट वर्तमान निर्देशिका में लिखा गया है।

निवेश
-संरक्षण पथ
यदि "-संरक्षण" विकल्प नहीं दिया जाता है, तो संरक्षण सूचना नहीं है
माना। ध्यान दें कि प्रत्येक प्रोटीन श्रृंखला के लिए अलग-अलग संरक्षण फाइलें हैं
संरचना, और -संरक्षण विकल्प में इनपुट इन फ़ाइलों का उपसर्ग है।
ConCavity पर लगभग संपूर्ण PQS के लिए उपलब्ध पूर्व-गणना संरक्षण फ़ाइलें
वेबसाइट। यदि आप अपने लिए अनुक्रम संरक्षण मूल्यों की गणना करना चाहते हैं
संरेखण, हम JSD एल्गोरिथम की अनुशंसा करते हैं:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, के रूप में उपलब्ध स्कोर_संरक्षण(1)
संरक्षण-कोड पैकेज से।

ग्रिड निर्माण
-ग्रिड_विधि लिगसाइट|सर्फनेट|पॉकेटफाइंडर|कस्टम
-संकल्प int int int
ग्रिड रिज़ॉल्यूशन सेट करें।

- रिक्ति नाव
ग्रिड रिक्ति सेट करें।

जेब निष्कर्षण
-निष्कर्षण_विधि खोज|टॉपन|कस्टम
-एक्सट्रैक्शन_थ्रेशोल्ड_रेंज_कटऑफ फ्लोट
पुनरावृत्ति बंद करो यहाँ खोजें विधि जब बाइनरी सर्च विंडो का व्यास कम होता है
से -एक्सट्रैक्शन_थ्रेशोल्ड_रेंज_कटऑफ * ऊपरी_दहलीज। अनुशंसित मूल्य: 1e-+०००२३६२८६१.
चूक: 0.

छाछ मैपिंग
-res_map_method धुंधला|जिला|जिला-थ्रेश|कस्टम

इनमें से प्रत्येक एल्गोरिदम को पाठ में वर्णित किया गया है, और प्रत्येक में कई अतिरिक्त हैं
पैरामीटर जो उनके व्यवहार को बदलते हैं। "कस्टम" विकल्प आपको मान सेट करने की अनुमति देता है
प्रत्येक चरण के लिए सभी मापदंडों का स्वयं। प्रीसेट (जैसे लिगसाइट, सर्च, ब्लर) हो सकता है
कमांड लाइन पर आपके द्वारा सेट किए गए मानों को ओवरराइड करें, इसलिए पूर्ण नियंत्रण के लिए "कस्टम" का उपयोग करें।

उत्पादन
कई आउटपुट स्वरूप विकल्प भी हैं। पॉकेट भविष्यवाणी ग्रिड मान आउटपुट हो सकते हैं
निम्नलिखित स्वरूपों में:

-प्रिंट_ग्रिड_डीएक्स 0 | 1
डीएक्स प्रारूप। यह है 1 डिफ़ॉल्ट रूप से

-प्रिंट_ग्रिड_पीडीबी 0 | 1
पीडीबी प्रारूप। अवशेष पूर्वानुमान अवशेष स्कोर के साथ पीडीबी फ़ाइल के रूप में आउटपुट होते हैं
अस्थायी के लिए मैप किया गया। अवशेष अनुक्रम क्षेत्र के लिए कारक फ़ील्ड और पॉकेट नंबर।

-प्रिंट_ग्रिड_txt 0 | 1
कच्चा पाठ।

-v वाचाल प्रकार।

उदाहरण

नोट: आपको उदाहरण डेटा फ़ाइलों को चलाने से पहले कॉपी और असम्पीडित करना पड़ सकता है
निम्नलिखित उदाहरण।

1. यह डिफ़ॉल्ट मानों के साथ अवतलता चलाएगा (कागज में ConCavity^L के बराबर)
संरचना 1G6C.pdb पर और में पाए गए संरक्षण मूल्यों पर विचार करें
संरक्षण_डेटा/. भविष्यवाणियों के इस सेट को "टेस्ट1" कहा जाएगा। यह पैदा करता है
वर्तमान निर्देशिका में निम्न डिफ़ॉल्ट परिणाम फ़ाइलें:

अवतल -संरक्षण /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. उदाहरण के लिए ConCavity_Pocketfinder, Search, और के साथ संरचना 1G6C.pdb स्कोर करने के लिए
धुंधला, आप टाइप करेंगे:

अवतल -संरक्षण /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method पॉकेटफाइंडर -extraction_method search -res_map_method धुंध /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

टिप्पणियाँ

लेखक मुख्य रूप से विज़ुअलाइज़ेशन के लिए PyMol और Chimera का उपयोग करते हैं, लेकिन आउटपुट रेंज
स्वरूपों का अर्थ है कि आप डेटा को अधिकांश संरचनात्मक विश्लेषण कार्यक्रम में आयात करने में सक्षम होना चाहिए।
हमें बताएं कि क्या अन्य आउटपुट स्वरूप हैं जिन्हें आप देखना चाहते हैं।

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