यह कमांड डेल्टा-फ़िल्टर है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
डेल्टा-फ़िल्टर - न्यूमर या प्रोमर से डेल्टा संरेखण फ़ाइल पढ़ें और फ़िल्टर करें
संरेखण
SYNOPSIS
डेल्टा-फ़िल्टर [विकल्प]
वर्णन
-1 1-से-1 संरेखण पुनर्व्यवस्था के लिए अनुमति देता है (प्रतिच्छेदन)। -r और -q संरेखण)
-g 1-टू-1 वैश्विक संरेखण पुनर्व्यवस्था की अनुमति नहीं दे रहा है
-h सहायता जानकारी प्रदर्शित करें
-i नाव
न्यूनतम संरेखण पहचान [0, 100], डिफ़ॉल्ट 0 सेट करें
-l int न्यूनतम संरेखण लंबाई सेट करें, डिफ़ॉल्ट 0
-m अनेक-से-अनेक संरेखण पुनर्व्यवस्था (संघ) की अनुमति देता है -r और -q संरेखण)
-q प्रत्येक क्वेरी की प्रत्येक स्थिति को संदर्भ में उसके सर्वोत्तम हिट के अनुसार मैप करता है, जिससे इसकी अनुमति मिलती है
संदर्भ ओवरलैप होता है
-r प्रत्येक संदर्भ की प्रत्येक स्थिति को क्वेरी में उसके सर्वोत्तम हिट के अनुसार मैप करता है, जिससे इसकी अनुमति मिलती है
क्वेरी ओवरलैप होती है
-u फ़्लोट न्यूनतम संरेखण विशिष्टता, यानी प्रतिशत निर्धारित करें
अद्वितीय संदर्भ और क्वेरी अनुक्रम से मेल खाने वाला संरेखण [0, 100], डिफ़ॉल्ट 0
-o नाव
के लिए अधिकतम संरेखण ओवरलैप सेट करें -r और -q के प्रतिशत के रूप में विकल्प
संरेखण लंबाई [0, 100], डिफ़ॉल्ट 100
-v फ़िल्टर पास करने वाले संरेखण के बजाय छोड़े गए संरेखण को प्रिंट करें
-b मानचित्रों का दोहराव (XOR) -r और -q संरेखण, एक या दूसरा लेकिन दोनों नहीं)
न्यूमर या प्रोमर से डेल्टा संरेखण फ़ाइल को पढ़ता है और संरेखण के आधार पर फ़िल्टर करता है
कमांड-लाइन स्विच पर, केवल वांछित संरेखण को छोड़कर जो आउटपुट हैं
इनपुट के समान डेल्टा प्रारूप में स्टडआउट करें। एकाधिक स्विचों के लिए, संचालन का क्रम
इस प्रकार है: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. यदि किसी संरेखण को पूर्ववर्ती द्वारा बाहर रखा गया है
ऑपरेशन, इसे बाद के ऑपरेशनों द्वारा अनदेखा कर दिया जाएगा।
के बीच एक महत्वपूर्ण अंतर -g विकल्प और -1 और -m विकल्प वह है -g
संरेखण को उनके क्रम में पारस्परिक रूप से सुसंगत होना आवश्यक है, जबकि -1 और -m
विकल्पों को परस्पर सुसंगत होना आवश्यक नहीं है और इसलिए स्थानान्तरण को सहन करना आवश्यक नहीं है,
उलटाव, आदि। सामान्य मामलों में, -m हालाँकि, विकल्प सर्वोत्तम विकल्प है -1 हो सकता है
एसएनपी खोज जैसे अनुप्रयोगों के लिए उपयोगी जिसके लिए 1-टू-1 मैपिंग की आवश्यकता होती है। अंत में, के लिए
किसी संदर्भ जीनोम में क्वेरी कॉन्टिग्स को मैप करना, या अनुक्रमण पढ़ना, उपयोग करें -q।
के साथ मुद्रित प्रतिलिपियाँ -b विकल्प हैं -r और -q संरेखण जो मौजूद नहीं हैं
1-से-1 संरेखण. ये संरेखण भी बीच का अंतर हैं -1 और -m
संरेखण
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन डेल्टा-फ़िल्टर का उपयोग करें