डाइसल्फ़िंडर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

डाइसल्फ़िंडर - सिस्टीन डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग स्थिति और कनेक्टिविटी भविष्यवक्ता

SYNOPSIS

डाइसल्फ़िंडर [विकल्प]

वर्णन

'डिसल्फ़िंडर' सिस्टीन और उनके डाइसल्फ़ाइड बंधन स्थिति की भविष्यवाणी करने के लिए है
डाइसल्फ़ाइड कनेक्टिविटी अकेले अनुक्रम से शुरू होती है। डाइसल्फ़ाइड पुल एक प्रमुख भूमिका निभाते हैं
कई प्रोटीनों के लिए तह प्रक्रिया के स्थिरीकरण में। डाइसल्फ़ाइड की भविष्यवाणी
इसलिए अकेले अनुक्रम से पुल संरचनात्मक और कार्यात्मक अध्ययन के लिए उपयोगी है
विशिष्ट प्रोटीन के गुण. इसके अलावा, डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग स्थिति के बारे में ज्ञान
सिस्टीन का प्रयोग प्रायोगिक संरचना निर्धारण प्रक्रिया में मदद कर सकता है और उपयोगी हो सकता है
अन्य जीनोमिक एनोटेशन कार्यों में। 'डिसल्फ़िंडर' दो में डाइसल्फ़ाइड पैटर्न की भविष्यवाणी करता है
कम्प्यूटेशनल चरण: (1) प्रत्येक सिस्टीन की डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग स्थिति की भविष्यवाणी की जाती है
बीआरएनएन-एसवीएम बाइनरी क्लासिफायरियर; (2) सिस्टीन जो निर्माण में भाग लेने के लिए जाने जाते हैं
कनेक्टिविटी पैटर्न प्राप्त करने के लिए पुलों को एक पुनरावर्ती तंत्रिका नेटवर्क द्वारा जोड़ा जाता है।

संदर्भ

ए. सेरोनी, ए. पसेरिनी, ए. वुल्लो और पी. फ्रैस्कोनी। डाइसल्फ़िन्ड: एक डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग अवस्था
और सिस्टीन कनेक्टिविटी प्रेडिक्शन सर्वर, न्यूक्लिक एसिड रिसर्च, 34 (वेब ​​सर्वर)।
अंक):W177-W181, 2006।

डाइसल्फ़ाइड कनेक्टिविटी भविष्यवक्ता के लिए देखें:

ए. वुल्लो और पी. फ्रैस्कोनी। रिकर्सिव न्यूरल का उपयोग करके डाइसल्फ़ाइड कनेक्टिविटी भविष्यवाणी
नेटवर्क और विकासवादी सूचना, जैव सूचना विज्ञान, 20, 653-659, 2004।

सिस्टीन बॉन्डिंग राज्य भविष्यवक्ता के लिए देखें:

पी. फ्रैस्कोनी, ए. पासेरिनी, और ए. वुल्लो। भविष्यवाणी के लिए दो चरणों वाला एसवीएम आर्किटेक्चर
डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग स्टेट ऑफ़ सिस्टीन, प्रोक। सिग्नल के लिए तंत्रिका नेटवर्क पर आईईईई कार्यशाला
प्रसंस्करण, पृ.25-34, 2002.
ए.सेरोनी, पी.फ्रैस्कोनी, ए.पासेरिनी और ए.वुलो। डाइसल्फ़ाइड बॉन्डिंग स्थिति की भविष्यवाणी करना
कर्नेल मशीनों के संयोजन के साथ सिस्टीन, वीएलएसआई सिग्नल प्रोसेसिंग जर्नल, 35,
287-295, 2003।

विकल्प

-ए, --विकल्प=नंबर
वैकल्पिक कनेक्टिविटी पैटर्न (डिफ़ॉल्ट=3)

-ओ, --आउटपुट=डीआईआर
आउटपुट डीआईआर जहां पूर्वानुमान सहेजे जाएंगे (डिफ़ॉल्ट=$पीडब्ल्यूडी)

-पी, --पीएसआई2=फ़ाइल|डीआईआर
पीएसआई2 प्रारूप में इनपुट (एएससीआईआई में पीएसआई-ब्लास्ट मैट्रिक्स), या तो एक फ़ाइल या ए
निर्देशिका(?)। इसे "blastpgp -j -Q FILE" के साथ जेनरेट करें जहां N >= 2 है।

-r, --rootdir =डीआईआर
कार्य निर्देशिका (डिफ़ॉल्ट=~/डिसल्फ़िंडर)

-k, --pkgdatadir=डीआईआर
मॉडल युक्त पैकेज डेटा निर्देशिका (डिफ़ॉल्ट=/usr/शेयर/डिसल्फ़िंडर)

-F, --format={html|ascii}
आउटपुट स्वरूप प्रकार (डिफ़ॉल्ट=ascii)

-d --blastdb=डीआईआर
ब्लास्टपीजीपी -डी विकल्प (डिफ़ॉल्ट=/डेटा/एसपी+ट्रेम्बल)

-सी, --क्लीनप्रेड
मध्यवर्ती पूर्वानुमान फ़ाइलें साफ़ करें (डिफ़ॉल्ट=गलत)

-पी, --यूसेप्सएसएम
प्रोफ़ाइल के लिए गिनती के बजाय pssm का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट=गलत)

-सी, --ज्ञातबॉन्डिंगस्टेट
मान लें कि बॉन्डिंग स्थिति ज्ञात है (निर्देशिका में प्रत्येक श्रृंखला के लिए एक फ़ाइल
/भविष्यवाणियां/बॉन्डस्टेट/विटरबी) (डिफ़ॉल्ट=गलत)

-वी, --संस्करण
डिसल्फिंडर संस्करण

-?, --मदद
सहायता स्क्रीन

उदाहरण

"डिसल्फ़िंडर -ए 1 -p /usr/share/doc/डिसल्फ़िंडर/उदाहरण/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

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