डीसिम्युलेटर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

डीसिम्युलेटर - एक यादृच्छिक जीनोम के लिए सिंथेटिक रीड्स उत्पन्न करता है

SYNOPSIS

dsimulator जेनलेन:डबल [-cदोगुना(20.)] [-bडबल(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eडबल(.15)][-Mपट्टिका]

वर्णन

dsimulator पहले आकार का एक नकली जीनोम तैयार करता है जेनलेन*1एमबी लंबा, जिसमें एटी-बायस है
-b. इसके बाद यह माध्य लंबाई का नमूना रीड उत्पन्न करता है -m लॉग-सामान्य लंबाई से
मानक विचलन के साथ वितरण -s, लेकिन इससे कम लंबाई की रीडिंग को नजरअंदाज कर देता है -x. यह
जीनोम को कवर करने के लिए पर्याप्त रीडिंग एकत्र करता है -c समय और परिचय -e में भिन्न त्रुटियाँ
प्रत्येक को पढ़ा जाता है जहां सम्मिलन, विलोपन और प्रतिस्थापन का अनुपात परिभाषित द्वारा निर्धारित किया जाता है
generate.c के भीतर स्थिरांक INS_RATE (डिफ़ॉल्ट 73%) और DEL_RATE (डिफ़ॉल्ट 20%)। कर सकते हैं
उस दर को भी नियंत्रित करें जिस पर आगे और पीछे के स्ट्रैंड से रीडिंग ली जाती है
परिभाषित स्थिरांक FLIP_RATE (डिफ़ॉल्ट 50/50) सेट करना। -r विकल्प यादृच्छिक बीज
जीनोम की पीढ़ी के लिए संख्या जनरेटर ताकि कोई पुन: उत्पादन कर सके
नमूना लेने के लिए वही अंतर्निहित जीनोम। यदि यह पैरामीटर गायब है, तो जॉब आईडी
आह्वान का बीज यादृच्छिक संख्या जनरेटर है। आउटपुट मानक को भेजा जाता है
आउटपुट (अर्थात यह एक UNIX पाइप है)। आउटपुट Pacbio .fasta प्रारूप में है जो इनपुट के रूप में उपयुक्त है
सेवा मेरे fasta2DB(1). अंततः -M विकल्प अनुरोध करता है कि निर्देशांक जिससे प्रत्येक पढ़ा जाता है
नमूना लिया गया है संकेतित फ़ाइल में लिखा गया है, प्रति पंक्ति एक पंक्ति, ASCII एन्कोडेड।
यह "मैप" फ़ाइल अनिवार्य रूप से यह बताती है कि प्रत्येक रीड असेंबली में कहां है और बहुत है
डिबगिंग और परीक्षण उद्देश्यों के लिए उपयोगी। यदि एक पढ़ा गया जोड़ा b,e है तो यदि b < e the है
रीड को आगे की दिशा में [बी,ई] से नमूना लिया गया था, और यदि बी > ई को [ई,बी] से नमूना लिया गया था
विपरीत दिशा।

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