faidx - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

faidx - FASTA से अनुक्रम प्राप्त करें

SYNOPSIS

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {बिस्तर, क्रोमसाइज़, न्यूक्लियोटाइड, ट्रांसपोज़्ड}] [-c] [-r] [-n |
-एफ] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -एम] [--संस्करण] उपवास
[क्षेत्र [क्षेत्र ...]]

वर्णन

FASTA से अनुक्रम प्राप्त करें। यदि कोई क्षेत्र निर्दिष्ट नहीं है, तो इनपुट फ़ाइल में सभी प्रविष्टियाँ हैं
लौटा हुआ। इनपुट FASTA फ़ाइल लगातार लाइन-रैपिंग और आउटपुट की लाइन रैपिंग होनी चाहिए
इनपुट लाइन की लंबाई पर आधारित है।

विकल्प

अवस्था का तर्क
फास्टा फास्टा फाइल

क्षेत्रों
अनुक्रम के अंतरिक्ष से अलग क्षेत्रों को लाने के लिए जैसे chr1:1-1000

ऐच्छिक तर्क
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

-b बिस्तर, --बिस्तर BED
क्षेत्रों की बिस्तर फ़ाइल

-o बाहर, --बाहर बाहर
आउटपुट फ़ाइल नाम (डिफ़ॉल्ट: स्टडआउट)

-i {बिस्तर, क्रोमसाइज़, न्यूक्लियोटाइड, ट्रांसपोज़्ड}, --रूपांतरण
{बिस्तर, क्रोमसाइज, न्यूक्लियोटाइड, स्थानांतरित}
अनुरोधित क्षेत्रों को दूसरे प्रारूप में बदलें। डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं

-c, --पूरक हैं
अनुक्रम को पूरक करें। डिफ़ॉल्ट: गलत

-r, --उलटना
अनुक्रम को उलट दें। डिफ़ॉल्ट: गलत

-n, --नो-नाम
आउटपुट से अनुक्रम नाम छोड़ें। डिफ़ॉल्ट: गलत

-f, --पुरे नाम
विवरण सहित आउटपुट पूर्ण नाम। डिफ़ॉल्ट: गलत

-x, --विभाजित फ़ाइलें
प्रत्येक क्षेत्र को एक अलग फ़ाइल में लिखें (नाम क्षेत्रों से लिए गए हैं)

-l, --काम चोर
भरें --डिफ़ॉल्ट-seq लापता श्रेणियों के लिए। डिफ़ॉल्ट: गलत

-s DEFAULT_SEQ, --डिफ़ॉल्ट-seq DEFAULT_SEQ
लापता पदों और मास्किंग के लिए डिफ़ॉल्ट आधार। डिफ़ॉल्ट: नहीं

-d सीमांकक, --सीमांकक परिसीमक
नामों को कई मानों में विभाजित करने के लिए सीमांकक (डुप्लिकेट नाम होंगे
बाहर किया हुआ)। डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं

-g रेगेक्स, --रेगेक्स regex
गैर-मिलान अनुक्रम नामों को फ़िल्टर करने के लिए नियमित अभिव्यक्ति। चूक जाना: ।*

-m, --मास्क-साथ-डिफ़ॉल्ट-seq
FASTA फ़ाइल का उपयोग करके मास्क करें --डिफ़ॉल्ट-seq डिफ़ॉल्ट: गलत

-M, --मास्क-दर-मामला
FASTA फ़ाइल को लोअरकेस में बदलकर मास्क करें। डिफ़ॉल्ट: गलत

--संस्करण
प्रिंट pyfaidx संस्करण संख्या

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