फास्टैक-फ़िल्टर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

Fastaq_filter - उनमें से एक सबसेट प्राप्त करने के लिए अनुक्रमों को फ़िल्टर करें

वर्णन

उपयोग: Fastaq_filter [विकल्प]

अनुक्रम फ़ाइल को अनुक्रम लंबाई और/या नियमित अभिव्यक्ति से मेल खाने वाले नाम से फ़िल्टर करता है

अवस्था का तर्क:
infile फ़िल्टर की जाने वाली इनपुट फ़ाइल का नाम

आउटफाइल
आउटपुट फ़ाइल का नाम

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--min_लंबाई INT
रखने के लिए अनुक्रम की न्यूनतम लंबाई [0]

--अधिकतम लंबाई INT
[inf] रखने के लिए अनुक्रम की अधिकतम लंबाई

--रेगेक्स regex
यदि दिया गया है, तो केवल रेगुलर एक्सप्रेशन से मेल खाने वाले नाम के साथ ही पठन रखा जाएगा

--ids_file फ़ाइल का नाम
यदि दिया गया है, तो केवल वही पढ़ता है जिसकी आईडी दी गई फ़ाइल में है, का उपयोग किया जाएगा। प्रति पंक्ति एक आईडी
फ़ाइल.

-v, -- पलटना
केवल वही क्रम रखें जो फ़िल्टर से मेल नहीं खाते

दोस्त पट्टिका एसटी पढ़ना जोड़े विकल्प हैं:
--mate_in फ़ाइल का नाम
साथी इनपुट फ़ाइल का नाम। यदि उपयोग किया जाता है, तो भी प्रदान करना चाहिए --साथी_बाहर

--साथी_बाहर फ़ाइल का नाम
साथी आउटपुट फ़ाइल का नाम

--दोनों_साथी_पास
डिफ़ॉल्ट रूप से, यदि या तो मेट फ़िल्टर पास करता है, तो दोनों आउटपुट पढ़ते हैं। इस ध्वज का प्रयोग करें
आवश्यकता है कि एक जोड़ी के दोनों पठन फ़िल्टर पास करें

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