फीचरकाउंट्स - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

फीचरकाउंट्स - एक अत्यधिक कुशल और सटीक रीड सारांश कार्यक्रम

उपयोग

फीचर काउंट्स [विकल्प] -a -o input_file1 [input_file2]
...

आवश्यक तर्क:

-a
एक एनोटेशन फ़ाइल का नाम। डिफ़ॉल्ट रूप से जीटीएफ प्रारूप। देखो -F अधिक प्रारूपों के लिए विकल्प।

-o
पठन गणना सहित आउटपुट फ़ाइल का नाम। सारांश सहित एक अलग फ़ाइल
परिणामों की गणना के आंकड़े भी आउटपुट में शामिल हैं (` ।सारांश')

इनपुट_फाइल्स
बीएएम या एसएएम प्रारूप में इनपुट फाइलों की सूची। उपयोगकर्ताओं को यह निर्दिष्ट करने की आवश्यकता नहीं है कि यह BAM है या
सैम.

वैकल्पिक तर्क:

-A
एक अल्पविराम सीमांकित फ़ाइल का नाम जिसमें क्रोमोसोम उपनामों का मिलान किया जाता है
बीएएम/एसएएम इनपुट में उपयोग किए गए लोगों के साथ एनोटेशन में प्रयुक्त गुणसूत्र नाम, यदि वे हैं
विभिन्न। फ़ाइल स्वरूप के लिए उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें।

-F
प्रदान की गई एनोटेशन फ़ाइल का प्रारूप निर्दिष्ट करें। स्वीकार्य प्रारूपों में 'जीटीएफ' और . शामिल हैं
'एसएएफ'। डिफ़ॉल्ट रूप से 'जीटीएफ'। SAF प्रारूप के विवरण के लिए उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें।

-t
GTF एनोटेशन में फ़ीचर प्रकार निर्दिष्ट करें। डिफ़ॉल्ट रूप से 'एक्सॉन'। पढ़ने के लिए उपयोग की जाने वाली सुविधाएँ
दिए गए मान का उपयोग करके एनोटेशन से गिनती निकाली जाएगी।

-g
GTF एनोटेशन में विशेषता प्रकार निर्दिष्ट करें। डिफ़ॉल्ट रूप से `gene_id'। मेटा-सुविधाओं का इस्तेमाल किया
पढ़ने की गिनती के लिए दिए गए मान का उपयोग करके एनोटेशन से निकाला जाएगा।

-f फीचर स्तर पर रीड काउंटिंग करें (उदाहरण के लिए, एक्सॉन के बजाय रीडिंग की गिनती करें
जीन)।

-O असाइन करें उनके सभी अतिव्यापी मेटा-सुविधाओं को पढ़ता है (या सुविधाएँ if -f is
निर्दिष्ट)।

-s
स्ट्रैंड-विशिष्ट रीड काउंटिंग करें। संभावित मान: 0 (अनस्ट्रैंडेड), 1
(फंसे) और 2 (विपरीत रूप से फंसे)। 0 डिफ़ॉल्ट रूप से।

-M मल्टी-मैपिंग रीड्स को भी गिना जाएगा। मल्टीमैपिंग पढ़ने के लिए, इसकी सभी रिपोर्ट
संरेखण की गणना की जाएगी। BAM/SAM इनपुट में `NH' टैग का पता लगाने के लिए प्रयोग किया जाता है
मल्टी-मैपिंग पढ़ता है।

-Q
गणना किए जाने के लिए न्यूनतम मैपिंग गुणवत्ता स्कोर को एक पठन को संतुष्ट करना चाहिए। के लिये
युग्मित अंत पढ़ता है, कम से कम एक छोर को इस मानदंड को पूरा करना चाहिए। 0 डिफ़ॉल्ट रूप से।

-T
धागों की संख्या। 1 डिफ़ॉल्ट रूप से।

-v कार्यक्रम का आउटपुट संस्करण।

-J प्रत्येक एक्सॉन-एक्सॉन जंक्शन का समर्थन करने वाले रीड्स की संख्या की गणना करें। जंक्शन थे
उन एक्सॉन-स्पैनिंग से पहचाना जाता है जो इनपुट में पढ़ता है (जिसमें CIGAR . में 'N' होता है)
डोरी)। गिनती के परिणाम 'नाम की फ़ाइल में सहेजे जाते हैं .jcounts'

-G
फास्टा फ़ाइल जिसमें संदर्भ जीनोम होता है जिसका उपयोग इनपुट एसएएम या . उत्पन्न करने में किया जाता है
बीएएम फाइलें। इस तर्क की आवश्यकता केवल जंक्शनों की गिनती करते समय होती है।

-R प्रत्येक पढ़ने के लिए आउटपुट विस्तृत असाइनमेंट परिणाम। के लिए एक टेक्स्ट फ़ाइल तैयार की जाएगी
प्रत्येक इनपुट फ़ाइल, जिसमें रीड्स और मेटा-फीचर्स/फीचर्स रीड्स के नाम शामिल हैं, थे
को सौंपना। अधिक विवरण के लिए उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें।

--सबसे बड़ा ओवरलैप
असाइन करें एक मेटा-फीचर/फीचर को पढ़ता है जिसमें ओवरलैपिंग की सबसे बड़ी संख्या होती है
आधार।

--मिनओवरलैप
पठन और a . के बीच आवश्यक अतिव्यापी आधारों की न्यूनतम संख्या निर्दिष्ट करें
मेटा-फीचर/फीचर जिसे पढ़ा गया है। 1 डिफ़ॉल्ट रूप से।

--read2pos <5:3>
रीड्स को उनके 5' सबसे बेस या 3' सबसे बेस पर रिड्यूस करें। पढ़ने की गिनती तब की जाती है
एकल आधार के आधार पर पठन को घटाया जाता है।

--readExtension5 पठन को अपस्ट्रीम द्वारा बढ़ाया जाता है उनके आधार से
5' अंत।

--readExtension3 पठन को अपस्ट्रीम द्वारा बढ़ाया जाता है उनके आधार से
3' अंत।

--अंश
प्रत्येक रिपोर्ट किए गए संरेखण के लिए, 1 (एक) गणना के बजाय भिन्नात्मक गणना 1/n का उपयोग करें
रीड काउंटिंग में पढ़ी गई मल्टी-मैपिंग की। n रिपोर्ट किए गए संरेखण की कुल संख्या है
बहु-मानचित्रण पढ़ने के लिए। इस विकल्प का उपयोग '-M' विकल्प के साथ किया जाना चाहिए।

--मुख्य
केवल प्राथमिक संरेखण की गणना करें। बिट 0x100 in . का उपयोग करके प्राथमिक संरेखण की पहचान की जाती है
सैम/बीएएम फ्लैग फील्ड।

--अनदेखाडुप
रीड काउंटिंग में डुप्लिकेट रीड्स पर ध्यान न दें। बिट का उपयोग करके डुप्लिकेट रीड की पहचान की जाती है
BAM/SAM FLAG क्षेत्र में Ox400। पूरे पढ़े गए जोड़े को अनदेखा कर दिया जाता है यदि उनमें से एक पढ़ा जाता है
युग्मित अंत डेटा के लिए एक डुप्लिकेट पढ़ा गया।

--केवल काउंटस्प्लिटएलाइनमेंट्स केवल विभाजन संरेखण की गणना करें (अर्थात संरेखण के साथ
सिगार स्ट्रिंग जिसमें `एन' है)। स्प्लिट एलाइनमेंट का एक उदाहरण है एक्सॉन-स्पैनिंग रीड
RNA-seq डेटा में।

-p अलग-अलग पठन के बजाय अंशों की गणना करें (जोड़े पढ़ें)। प्रत्येक पढ़ी गई जोड़ी के लिए, इसका
BAM/SAM इनपुट में दो रीड एक-दूसरे से सटे होने चाहिए।

-P पढ़े गए जोड़े की गिनती करते समय युग्मित-अंत दूरी की वैधता की जाँच करें। उपयोग -d और -D सेवा मेरे
दहलीज निर्धारित करें।

-d
न्यूनतम टुकड़ा/टेम्पलेट लंबाई, डिफ़ॉल्ट रूप से 50।

-D
अधिकतम टुकड़ा/टेम्पलेट लंबाई, डिफ़ॉल्ट रूप से 600।

-B पढ़े गए युग्मों की गणना करें जिनके दोनों सिरों को केवल सफलतापूर्वक संरेखित किया गया है।

-S
एक ही जोड़ी से दो रीड्स का ओरिएंटेशन निर्दिष्ट करें, डिफ़ॉल्ट रूप से 'fr'
(आगे पीछे)।

-C पढ़े गए युग्मों की गणना न करें जिनके दो सिरे अलग-अलग गुणसूत्रों के लिए मानचित्रण करते हैं
या एक ही गुणसूत्र पर मानचित्रण लेकिन विभिन्न किस्में पर।

--डोनोटसॉर्ट
BAM/SAM इनपुट में रीड्स को सॉर्ट न करें। ध्यान दें कि एक ही जोड़ी से पढ़ना आवश्यक है
इनपुट में एक दूसरे के बगल में स्थित होना।

--मैक्समोप
एक सिगार स्ट्रिंग में अधिकतम 'एम' संचालन की अनुमति है। डिफ़ॉल्ट रूप से 10. दोनों
'एक्स' और '=' को 'एम' के रूप में माना जाता है और आसन्न 'एम' संचालन को सिगार में मिला दिया जाता है
स्ट्रिंग.

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