fmcs - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एफएमसीएस - एफएमसीएस

वर्णन

उपयोग: fmcs [-h] [--अधिकतम {परमाणु, बांड}] [--मिनट-संख्या-परमाणु INT]

[--तुलना करें {टोपोलॉजी, तत्व, प्रकार}] [--परमाणु-तुलना {कोई, तत्व, समस्थानिक}]
[--bond-तुलना {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--पूर्ण-अंगूठी-केवल] [--चयन का चयन करें] [--समय समाप्त सेकंड] [--आउटपुट FILENAME]
[--आउटपुट-फॉर्मेट {स्मार्ट्स, फ्रैगमेंट-स्माइल्स, फ्रैगमेंट-एसडीएफ, कम्प्लीट-एसडीएफ}] [--आउटपुट-ऑल]
[--सेव-एटम-क्लास-टैग टैग] [--सेव-काउंट-टैग टैग] [--सेव-एटम-इंडिसेस-टैग टैग]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] फ़ाइल नाम

संरचनाओं के एक सेट के अधिकतम सामान्य उप-संरचना का पता लगाएं

अवस्था का तर्क:
फ़ाइल का नाम
SDF या SMILES फ़ाइल

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--मैक्सिमाइज {परमाणु, बंधन}
एमसीएस में 'परमाणु' या 'बॉन्ड' की संख्या को अधिकतम करें। (डिफ़ॉल्ट: बांड)

--मिनट-संख्या-परमाणु INT
एमसीएस में परमाणुओं की न्यूनतम संख्या (डिफ़ॉल्ट: 2)

--तुलना करना {टोपोलॉजी, तत्व, प्रकार}
'--परमाणु-किसी की तुलना करें' के लिए आशुलिपि के रूप में 'टोपोलॉजी' का प्रयोग करें --बंधन-तुलना कोई भी',
'तत्व' है '--परमाणु-तत्वों की तुलना करें --बंधन-तुलना कोई भी', और 'प्रकार' is
'--परमाणु तत्वों की तुलना करें --बंधन-तुलना बॉन्डटाइप' (डिफ़ॉल्ट: प्रकार)

--परमाणु-तुलना {कोई, तत्व, आइसोटोप}
परमाणु तुलना विधि निर्दिष्ट करें। 'किसी' के साथ, प्रत्येक परमाणु एक दूसरे से मेल खाता है
परमाणु। 'तत्व' के साथ, परमाणु तभी मेल खाते हैं जब उनमें एक ही तत्व हो। साथ में
'आइसोटोप', परमाणु तभी मेल खाते हैं जब उनके पास समान आइसोटोप संख्या हो; तत्त्व
जानकारी पर ध्यान नहीं दिया जाता है इसलिए [5सी] और [5पी] समान हैं। यह करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित परमाणु टाइपिंग को लागू करें। (डिफ़ॉल्ट: तत्व)

--बंधन-तुलना {कोई भी,बॉन्डटाइप}
बांड तुलना विधि निर्दिष्ट करें। 'किसी' के साथ, हर बंधन एक दूसरे से मेल खाता है
गहरा संबंध। 'बॉन्डटाइप्स' के साथ, बॉन्ड तभी समान होते हैं जब उनके बॉन्ड प्रकार समान हों।
(डिफ़ॉल्ट: बॉन्डटाइप)

--परमाणु-वर्ग-टैग टैग
'TAG' क्षेत्र से परमाणु वर्ग के कार्यों का प्रयोग करें। टैग डेटा में एक स्थान होना चाहिए
1-10000 की सीमा में पूर्णांकों की अलग सूची, प्रत्येक परमाणु के लिए एक। परमाणु हैं
समरूप यदि और केवल यदि उनके संगत परमाणु वर्ग समान हों। ध्यान दें कि
'003' और '3' को समान मान माना जाता है। (डिफ़ॉल्ट रूप से उपयोग नहीं किया जाता है)

--रिंग-मैचों-रिंग-ओनली
बॉन्ड तुलना को संशोधित करें ताकि रिंग बॉन्ड केवल रिंग बॉन्ड और चेन बॉन्ड से मेल खा सकें
केवल चेन बॉन्ड से मेल खाते हैं। (रिंग परमाणु अभी भी गैर-रिंग परमाणुओं से मेल खा सकते हैं।)

--पूर्ण-अंगूठी-केवल
यदि एक बांड इनपुट संरचनाओं में एक रिंग बांड है और एक बांड एमसीएस में है तो
बांड भी एमसीएस में रिंग में होना चाहिए। इस विकल्प को चुनने से भी सक्षम होता है
--रिंग-मैचों-रिंग-ओनली.

--चुनते हैं चुनते हैं
संसाधित करने के लिए इनपुट रिकॉर्ड का एक सबसेट चुनें। उदाहरण: 1-10,13,20,50- (डिफ़ॉल्ट:
'1-', जो सभी संरचनाओं का चयन करता है)

--समय समाप्त सेकंड
अधिकतम 'समयबाह्य' सेकंड तक चलने के बाद सर्वोत्तम समाधान की रिपोर्ट करें। 'कोई नहीं' का प्रयोग करें
बिना टाइमआउट के। (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)

--आउटपुट फ़ाइल का नाम, -o फ़ाइल का नाम
FILENAME को परिणाम लिखें (डिफ़ॉल्ट: stdout का उपयोग करें)

--आउटपुट स्वरूप {स्मार्ट, फ्रैगमेंट-स्माइल, फ्रैगमेंट-एसडीएफ, कम्प्लीट-एसडीएफ}
'स्मार्ट' परमाणु और बंधन मानदंड सहित SMARTS पैटर्न लिखता है।
'टुकड़ा-मुस्कान' एक मेल खाने वाले टुकड़े को एक SMILES स्ट्रिंग के रूप में लिखता है। 'टुकड़ा-एसडीएफ'
एक एसडी फ़ाइल के रूप में एक मेल खाने वाला टुकड़ा लिखता है; देख --बचाओ-परमाणु-वर्ग विवरण के लिए कैसे
परमाणु वर्ग की जानकारी सहेजी जाती है। 'पूर्ण-sdf' के साथ संपूर्ण SD फ़ाइल लिखता है
द्वारा निर्दिष्ट टैग में संग्रहीत खंड जानकारी --सेव-टुकड़ा-सूचकांक-टैग.
(डिफ़ॉल्ट: स्मार्ट)

--आउटपुट-सभी
डिफ़ॉल्ट रूप से संरचना आउटपुट स्वरूप केवल पहले इनपुट के लिए एक एमसीएस दिखाते हैं
संरचना। यदि यह विकल्प सक्षम है तो सभी संरचनाओं के लिए एक एमसीएस है
दिखाया गया है।

--सेव-एटम-क्लास-टैग टैग
यदि परमाणु वर्ग निर्दिष्ट हैं (के माध्यम से --वर्ग-टैग) और आउटपुट स्वरूप है
'टुकड़ा-sdf' फिर उप-संरचना परमाणु वर्गों को टैग TAG में, खंड में सहेजें
परमाणु क्रम। डिफ़ॉल्ट रूप से यह का मान है --एटमक्लास-टैग.

--सेव-काउंट्स-टैग टैग
फ़्रैगमेंट काउंट, एटम काउंट और बॉन्ड काउंट को निर्दिष्ट एसडी टैग के रूप में सहेजें
अंतरिक्ष से अलग किए गए पूर्णांक, जैसे '1 9 8'। (टुकड़े की संख्या इससे बड़ी नहीं होगी
1 जब तक fmcs डिस्कनेक्ट किए गए MCSes का समर्थन नहीं करता।)

--सेव-परमाणु-सूचकांक-टैग टैग
यदि परमाणु वर्ग निर्दिष्ट हैं और आउटपुट स्वरूप 'पूर्ण-sdf' है तो सहेजें
एमसीएस क्रम में एमसीएस टुकड़ा परमाणु सूचकांक टैग को टैग करता है। (डिफ़ॉल्ट: एमसीएस-परमाणु)

--सेव-स्मार्ट-टैग टैग
एमसीएस स्मार्ट को निर्दिष्ट एसडी टैग में सहेजें। यदि कोई एमसीएस नहीं है तो '-' का उपयोग करता है

--सहेजें-मुस्कान-टैग टैग
खंड SMILES को निर्दिष्ट SD टैग में सहेजें। यदि कोई एमसीएस नहीं है तो '-' का उपयोग करता है

-- टाइम्स
समय की जानकारी को stderr . पर प्रिंट करें

-v, --शब्दशः
प्रगति के आंकड़ों को stderr पर प्रिंट करें। उच्च वाचालता के लिए दो बार प्रयोग करें।

--संस्करण

इन विकल्पों के बारे में अधिक जानकारी के लिए देखें https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

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