जीएमएपी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीमैप - जीनोमिक मैपिंग और संरेखण कार्यक्रम

SYNOPSIS

परियोजनाएं [विकल्प...] <FASTA फ़ाइलों...>, or बिल्ली | जीएमएपी [विकल्प...]

विकल्प

निवेश विकल्पों (जरूर शामिल -d or -g)
-D, --दिरो=डायरेक्टरी
जीनोम निर्देशिका. डिफ़ॉल्ट (जैसा निर्दिष्ट किया गया है) --with-gmapdb कॉन्फ़िगर प्रोग्राम के लिए)
is /var/cache/gmap

-d, --डीबी=STRING है
जीनोम डेटाबेस. यदि तर्क '?' है (उद्धरण के साथ), यह आदेश सूचीबद्ध करता है
उपलब्ध डेटाबेस.

-k, --किमर=INT
जीनोम डेटाबेस में उपयोग के लिए किमीर आकार (अनुमत मान: 16 या उससे कम)। अगर नहीं
निर्दिष्ट, प्रोग्राम जीनोम में उच्चतम उपलब्ध किमीर आकार ढूंढेगा
डेटाबेस

--सैंपलिंग=INT
जीनोम डेटाबेस में उपयोग के लिए नमूनाकरण। यदि निर्दिष्ट नहीं है, तो प्रोग्राम ढूंढ लेगा
चयनित के-मेर आकार के भीतर जीनोम डेटाबेस में सबसे छोटा उपलब्ध नमूना मूल्य

-G, --जीनोमफुल
पूर्ण जीनोम का उपयोग करें (सभी ASCII वर्णों की अनुमति है; सेटअप के दौरान स्पष्ट रूप से निर्मित), नहीं
संपीड़ित संस्करण

-g, --जीएसईजी=फ़ाइल का नाम
उपयोगकर्ता द्वारा प्रदत्त जीनोमिक खंड

-1, --स्वयं संरेखण
stdin के माध्यम से FASTA प्रारूप में एक अनुक्रम को अपने विरुद्ध संरेखित करें (प्राप्त करने के लिए उपयोगी)।
न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम का प्रोटीन अनुवाद)

-2, --जोड़ी संरेखण
FASTA प्रारूप में stdin के माध्यम से दो अनुक्रमों को संरेखित करें, पहला जीनोमिक और दूसरा
एक सीडीएनए है

--cmdline=STRING है,डोरी
कमांड लाइन पर दिए गए इन दो अनुक्रमों को संरेखित करें, पहला जीनोमिक और
दूसरा सीडीएनए है

-q, --भाग=INT/आईएनटी
प्रत्येक n अनुक्रमों में से केवल i-वें को संसाधित करें, उदाहरण के लिए, 0/100 या 99/100 (के लिए उपयोगी)
कंप्यूटर फ़ार्म में नौकरियाँ वितरित करना)।

--इनपुट-बफर-आकार=INT
इनपुट बफ़र का आकार (प्रोग्राम दक्षता के लिए एक समय में इतने सारे अनुक्रम पढ़ता है)
(डिफ़ॉल्ट 1000)

गणना विकल्प

-B, --बैच=INT
बैच मोड (डिफ़ॉल्ट = 2)

मोड ऑफसेट स्थिति जीनोम
0 नोट एमएमएपी एमएमएपी देखें
1 नोट एमएमएपी और प्रीलोड एमएमएपी देखें
(डिफ़ॉल्ट) 2 नोट एमएमएपी और प्रीलोड एमएमएपी और प्रीलोड देखें
3 नोट देखें एमएमएपी और प्रीलोड आवंटित करें
4 नोट देखें आवंटित करें आवंटित करें
5 विस्तार करें आवंटित करें आवंटित करें

नोट: एकल अनुक्रम के लिए, सभी डेटा संरचनाएँ mmap का उपयोग करती हैं
यदि एमएमएपी उपलब्ध नहीं है और आवंटन नहीं चुना गया है, तो फाइलियो का उपयोग किया जाएगा (बहुत धीमी गति से)

के बारे में ध्यान दें --बैच और ऑफसेट: ऑफसेट के विस्तार को नियंत्रित किया जा सकता है
द्वारा स्वतंत्र रूप से --विस्तार-ऑफ़सेट झंडा। NS --बैच=5 विकल्प के बराबर है
--बैच=4 प्लस --विस्तार-ऑफ़सेट=1

--विस्तार-ऑफ़सेट=INT
क्या जीनोमिक ऑफसेट इंडेक्स का विस्तार करना है मान: 0 (नहीं, डिफ़ॉल्ट), या 1 (हाँ)।
विस्तार तेज़ संरेखण देता है, लेकिन अधिक मेमोरी की आवश्यकता होती है

--नोस्प्लिसिंग
स्प्लिसिंग को बंद कर देता है (जीनोम पर जीनोमिक अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए उपयोगी)

--min-intronlength=INT
एक आंतरिक इंट्रॉन के लिए न्यूनतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट 9)। इस आकार के नीचे, एक जीनोमिक अंतर
इंट्रॉन के बजाय विलोपन माना जाएगा।

-K, --इंट्रोलेंथ=INT
एक आंतरिक इंट्रॉन के लिए अधिकतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट 200000)

-w, --localsplicedist=INT
अनुक्रम के अंत में ज्ञात ब्याह स्थलों के लिए अधिकतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट 2000000)

-L, --कुल लंबाई=INT
अधिकतम कुल इंट्रॉन लंबाई (डिफ़ॉल्ट 2400000)

-x, --चिमेरा-मार्जिन=INT
असंरेखित अनुक्रम की मात्रा जो शेष अनुक्रम की खोज को ट्रिगर करती है
(डिफ़ॉल्ट 30). काइमेरिक रीड्स के संरेखण को सक्षम बनाता है, और कुछ में मदद कर सकता है
गैर-काइमेरिक पढ़ता है। बंद करने के लिए, शून्य पर सेट करें.

--नो-चिमेरस
काइमेरा ढूँढना बंद कर देता है। वैसा ही प्रभाव --चिमेरा-मार्जिन=0

-t, --nthreads=INT
कार्यकर्ता धागों की संख्या

-c, --chrsubset=स्ट्रिंग
खोज को दिए गए गुणसूत्र तक सीमित करें

-z, --दिशा=STRING है
सीडीएनए दिशा (सेंस_फोर्स, एंटीसेंस_फोर्स, सेंस_फिल्टर, एंटीसेंस_फिल्टर, या
स्वचालित (डिफ़ॉल्ट))

-H, --trimendexons=INT
दी गई संख्या से कम मिलान वाले एंड एक्सॉन को ट्रिम करें (एनटी में, डिफ़ॉल्ट 9)

--विहित-मोड=INT
विहित और अर्ध-विहित इंट्रोन्स के लिए इनाम 0=कम इनाम, 1=उच्च इनाम
(डिफ़ॉल्ट), 2=उच्च-पहचान अनुक्रमों के लिए कम इनाम और अन्यथा उच्च इनाम

--क्रॉस-प्रजाति
कैनोनिकल स्प्लिसिंग के लिए अधिक संवेदनशील खोज का उपयोग करें, जो विशेष रूप से मदद करता है
क्रॉस-प्रजाति संरेखण और अन्य कठिन मामले

--अनुमति-बंद-इंडल्स=INT
सम्मिलन और विलोपन को एक दूसरे के निकट अनुमति दें (0=नहीं, 1=हाँ (डिफ़ॉल्ट), 2=केवल
उच्च गुणवत्ता वाले संरेखण के लिए)

--माइक्रोएक्सॉन-स्प्लिसप्रोब=फ्लोट
माइक्रोएक्सॉन को केवल तभी अनुमति दें जब ब्याह स्थल की संभावनाओं में से एक इससे अधिक हो
मान (डिफ़ॉल्ट 0.95)

--cmetdir=STRING है
मिथाइलसिटोसिन इंडेक्स फ़ाइलों के लिए निर्देशिका (cmetindex का उपयोग करके बनाई गई) (डिफ़ॉल्ट है
का उपयोग करके निर्दिष्ट जीनोम इंडेक्स फ़ाइलों का स्थान -D, -V, तथा -d)

--atoidir=STRING है
ए-टू-आई आरएनए संपादन इंडेक्स फ़ाइलों के लिए निर्देशिका (एटोइंडेक्स का उपयोग करके बनाई गई) (डिफ़ॉल्ट है
का उपयोग करके निर्दिष्ट जीनोम इंडेक्स फ़ाइलों का स्थान -D, -V, तथा -d)

--तरीका=STRING है
संरेखण मोड: मानक (डिफ़ॉल्ट), सीमेट-स्ट्रैंडेड, सीमेट-नॉनस्ट्रैंडेड, एटोई-स्ट्रैंडेड,
एटीओआई-नॉनस्ट्रैंडेड, टीटीसी-स्ट्रैंडेड, या टीटीसी-नॉनस्ट्रैंडेड। गैर-मानक मोड की आवश्यकता है
आपको पहले cmetindex या atoiindex प्रोग्राम चलाना होगा (जिसमें यह भी शामिल है)।
जीनोम पर ttoc मोड)।

-p, --प्रूनलेवल
छंटाई स्तर: 0=कोई छंटाई नहीं (डिफ़ॉल्ट), 1=खराब अनुक्रम, 2=दोहराव वाले क्रम, 3=खराब और
बार - बार आने वाला

आउटपुट प्रकार

-S, --सारांश
केवल संरेखण का सारांश दिखाएँ

-A, --संरेखण
संरेखण दिखाएँ

-3, --निरंतर
तीन सतत पंक्तियों में संरेखण दिखाएँ

-4, --निरंतर-दर-एक्सॉन
प्रति एक्सॉन तीन पंक्तियों में संरेखण दिखाएं

-Z, --संकुचित करें
संपीड़ित प्रारूप में आउटपुट प्रिंट करें

-E, --एक्सॉन=STRING है
प्रिंट एक्सॉन ("सीडीएनए" या "जीनोमिक")

-P, --प्रोटीन_डीएनए
प्रिंट प्रोटीन अनुक्रम (सीडीएनए)

-Q, --protein_gen
प्रिंट प्रोटीन अनुक्रम (जीनोमिक)

-f, --प्रारूप=INT
आउटपुट के लिए अन्य प्रारूप (यह भी नोट करें -A और -S विकल्प और अन्य विकल्प सूचीबद्ध हैं
आउटपुट प्रकार के अंतर्गत):
पीएसएल (या 1) = पीएसएल (बीएलएटी) प्रारूप,
gff3_gene (या 2) = GFF3 जीन प्रारूप,
gff3_match_cdna (या 3) = GFF3 cDNA_match प्रारूप,
gff3_match_est (या 4) = GFF3 EST_match प्रारूप,
स्प्लिसेसाइट्स (या 6) = स्प्लिसेसाइट्स आउटपुट (जीएसएनएपी स्प्लिसिंग फ़ाइल के लिए),
इंट्रोन्स = इंट्रोन्स आउटपुट (जीएसएनएपी स्प्लिसिंग फ़ाइल के लिए),
मैप_एक्सॉन (या 7) = आईआईटी फास्टा एक्सॉन मानचित्र प्रारूप,
मैप_रेंज (या 8) = आईआईटी फास्टा रेंज मैप प्रारूप,
कोर्ड्स (या 9) = तालिका प्रारूप में कोर्ड्स,
sampe = SAM प्रारूप (ध्वज में युग्मित_रीड बिट सेट करना),
samse = SAM प्रारूप (युग्मित_रीड बिट सेट किए बिना)

आउटपुट विकल्प

-n, --npaths=INT
दिखाने के लिए पथों की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट 5). यदि 1 पर सेट किया गया है, तो GMAP रिपोर्ट नहीं करेगा
काइमेरिक संरेखण, क्योंकि वे दो पथ दर्शाते हैं। यदि आप एकल संरेखण चाहते हैं
प्लस काइमेरिक संरेखण, फिर इसे 0 पर सेट करें।

- उप-इष्टतम-स्कोर=INT
केवल उन्हीं पथों की रिपोर्ट करें जिनका स्कोर सर्वोत्तम पथ के इस मान के भीतर है। डिफ़ॉल्ट रूप से,
यदि यह विकल्प प्रदान नहीं किया गया है,
प्रोग्राम पाए गए सभी पथों को प्रिंट करता है।

-O, --आदेश दिया गया
आउटपुट को इनपुट के समान क्रम में प्रिंट करें (केवल तभी प्रासंगिक जब एक से अधिक कर्मचारी हों
धागा)

-5, --एमडी5
प्रत्येक क्वेरी अनुक्रम के लिए MD5 चेकसम प्रिंट करें

-o, --चिमेरा-ओवरलैप
कल्पना ब्रेकप्वाइंट पर, यदि कोई हो, दिखाने के लिए ओवरलैप करें

--असफल
केवल विफल संरेखण प्रिंट करें, जिनका कोई परिणाम नहीं है

--नोफेल
विफल संरेखण की छपाई को छोड़ें

-V, --snpsdir=STRING है
एसएनपी इंडेक्स फ़ाइलों के लिए निर्देशिका (स्नपिंडेक्स का उपयोग करके बनाई गई) (डिफ़ॉल्ट का स्थान है
जीनोम इंडेक्स फ़ाइलों का उपयोग करके निर्दिष्ट किया गया है -D और -d)

-v, --उपयोग-एसएनपीएस=STRING है
ज्ञात एसएनपी (इन) वाले डेटाबेस का उपयोग करें .iit, पहले उपयोग करके बनाया गया
एसएनपी के प्रति सहनशीलता के लिए एसएनपिनडेक्स)।

--स्प्लिट-आउटपुट=STRING है
एकाधिक-फ़ाइल आउटपुट के लिए बेसनाम, नॉमैपिंग के लिए अलग से,
यूनिक, मल्टी, (और चिमेरा, यदि --चिमेरा-मार्जिन चयनित है)

--विफल-इनपुट=STRING है
दिए गए इनपुट FASTA या FASTQ प्रारूप के रूप में पूरी तरह से विफल संरेखण प्रिंट करें
फ़ाइल। यदि --स्प्लिट-आउटपुट फ़्लैग भी दिया गया है, यह फ़ाइल इसके अतिरिक्त जनरेट की गई है
.nomapping फ़ाइल में आउटपुट के लिए।

--एपेंड-आउटपुट
. --स्प्लिट-आउटपुट or --failedinput दिया गया है, यह फ़्लैग आउटपुट को इसमें जोड़ देगा
मौजूदा फ़ाइलें. अन्यथा, डिफ़ॉल्ट नई फ़ाइलें बनाना है।

--आउटपुट-बफर-आकार=INT
आउटपुट थ्रेड के लिए प्रश्नों में बफ़र आकार (डिफ़ॉल्ट 1000)। जब की संख्या
मुद्रित किए जाने वाले परिणाम इस आकार से अधिक हो जाते हैं, तब तक वर्कर थ्रेड रोक दिए जाते हैं
बैकलॉग साफ़ हो गया है

-F, --पूर्ण लंबाई
मेट से शुरू करते हुए, पूर्ण-लंबाई वाले प्रोटीन की कल्पना करें

-a, --cdsstart=INT
दिए गए न्यूक्लियोटाइड से कोडन का अनुवाद करें (1-आधारित)

-T, --छंटनी
पूर्ण-लंबाई वाले प्रोटीन के चारों ओर ट्रंकेट संरेखण, मेट टू स्टॉप इम्प्लीज़ -F झंडा।

-Y, --सहिष्णु
फ्रेमशिफ्ट के लिए सुधार के साथ सीडीएनए का अनुवाद करता है

GFF3 आउटपुट के लिए विकल्प

--gff3-विभाजक जोड़ें=INT
प्रत्येक क्वेरी अनुक्रम के बाद ### विभाजक जोड़ना है या नहीं मान: 0 (नहीं), 1 (हाँ,
चूक)

एसएएम आउटपुट के लिए विकल्प

--नो-सैम-हेडर
'@' से शुरू होने वाले हेडर प्रिंट न करें

--सैम-उपयोग-0एम
पिकार्ड द्वारा आवश्यक आसन्न सम्मिलन और विलोपन के बीच CIGAR में 0M डालें,
लेकिन अन्य उपकरणों में त्रुटियाँ उत्पन्न कर सकता है

--बल-xs-dir
RNA-Seq संरेखण के लिए, XS:A: को अस्वीकार करता है? जब इंद्रिय की दिशा अस्पष्ट हो, और
इस मान को मनमाने ढंग से XS:A:+ से बदल देता है। जैसे कुछ कार्यक्रमों के लिए उपयोगी हो सकता है
कफ़लिंक के रूप में, जो XS:A:? को संभाल नहीं सकता। हालाँकि, यदि आप इस ध्वज का उपयोग करते हैं, तो
इन मामलों में XS:A:+ का सूचित मूल्य सार्थक नहीं होगा।

--एमडी-लोअरकेस-एसएनपी
एमडी स्ट्रिंग में, जब ज्ञात एसएनपी द्वारा दिए जाते हैं -v झंडा,
अंतर न्यूक्लियोटाइड को लोअर-केस के रूप में प्रिंट करता है जब वे,
संदर्भ से भिन्न लेकिन ज्ञात वैकल्पिक एलील से मेल खाता है

--क्रिया-यदि-सिगार-त्रुटि
यदि सिगार लंबाई और अनुक्रम लंबाई के बीच कोई असहमति है तो कार्रवाई की जाएगी
अनुमत मान: अनदेखा करें, चेतावनी दें (डिफ़ॉल्ट), निरस्त करें

--पढ़ें-समूह-आईडी=STRING है
रीड-ग्रुप आईडी (आरजी-आईडी) फ़ील्ड में डालने का मान

--पढ़ें-समूह-नाम=STRING है
रीड-ग्रुप नाम (आरजी-एसएम) फ़ील्ड में डालने का मान

--पढ़ें-समूह-लाइब्रेरी=STRING है
रीड-ग्रुप लाइब्रेरी (आरजी-एलबी) फ़ील्ड में डालने का मान

--पढ़ें-समूह-मंच=STRING है
रीड-ग्रुप लाइब्रेरी (आरजी-पीएल) फ़ील्ड में डालने का मान

गुणवत्ता स्कोर के लिए विकल्प

--गुणवत्ता-प्रोटोकॉल=STRING है
इनपुट गुणवत्ता स्कोर के लिए प्रोटोकॉल। अनुमत मान: इलुमिना (ASCII 64-126)
(के बराबर -J 64 -j -31) सेंगर (ASCII 33-126) (के बराबर)। -J 33 -j 0)

डिफ़ॉल्ट सेंगर है (कोई गुणवत्ता प्रिंट शिफ्ट नहीं)
एसएएम आउटपुट फाइलों में सेंगर प्रोटोकॉल में गुणवत्ता स्कोर होना चाहिए

या आप इस ध्वज के साथ प्रिंट शिफ्ट निर्दिष्ट कर सकते हैं:

-j, --गुणवत्ता-प्रिंट-शिफ्ट=INT
आउटपुट में FASTQ गुणवत्ता स्कोर को इस राशि से स्थानांतरित करें (सेंगर के लिए डिफ़ॉल्ट 0 है
शिष्टाचार; इलुमिना इनपुट को सेंगर आउटपुट में बदलने के लिए, चुनें -31)

बाहरी मानचित्र फ़ाइल विकल्प

-M, --मैपदिर=डायरेक्टरी
मानचित्र निर्देशिका

-m, --नक्शा=iitfile
मानचित्र फ़ाइल. यदि तर्क '?' है (उद्धरण के साथ),
यह उपलब्ध मानचित्र फ़ाइलों को सूचीबद्ध करता है।

-e, --मैपेक्सन्स
प्रत्येक एक्सॉन को अलग से मैप करें

-b, --मानचित्रदोनों
जीनोम के दोनों पहलुओं से रिपोर्ट हिट

-u, --फ़्लैंकिंग=INT
फ़्लैंकिंग हिट दिखाएँ (डिफ़ॉल्ट 0)

--प्रिंट-टिप्पणी
प्रत्येक हिट के लिए टिप्पणी पंक्ति दिखाएँ

संरेखण आउटपुट विकल्प

-N, --कोई लंबाई नहीं
संरेखण में कोई इंट्रॉन लंबाई नहीं

-I, --इनवर्टमोड=INT
जीनोमिक (-) स्ट्रैंड के संरेखण के लिए मोड: 0=सीडीएनए को उल्टा न करें (डिफ़ॉल्ट)
1=सीडीएनए को उल्टा करें और जीनोमिक प्रिंट करें (-) स्ट्रैंड 2=सीडीएनए को उल्टा करें और जीनोमिक को प्रिंट करें (+)
किनारा

-i, --इंट्रोंगैप=INT
इंट्रॉन के प्रत्येक छोर पर दिखाने के लिए न्यूक्लियोटाइड (डिफ़ॉल्ट 3)

-l, --आवरण लंबाई=INT
संरेखण के लिए लपेट की लंबाई (डिफ़ॉल्ट 50)

फ़िल्टरिंग आउटपुट विकल्प

--न्यूनतम-छंटनी-कवरेज=फ्लोट
इस मान से कम कवरेज वाले संरेखण को प्रिंट न करें (डिफ़ॉल्ट=0.0, जो
मतलब कोई फ़िल्टरिंग नहीं) ध्यान दें कि काइमेरिक संरेखण इस पर ध्यान दिए बिना आउटपुट होगा
फ़िल्टर

--न्यूनतम-पहचान=फ्लोट
इस मान से कम पहचान वाले संरेखण को प्रिंट न करें (डिफ़ॉल्ट=0.0, जिसका अर्थ है नहीं
फ़िल्टरिंग) ध्यान दें कि काइमेरिक संरेखण इस फ़िल्टर की परवाह किए बिना आउटपुट होंगे
मदद के विकल्प

--जाँच
संकलक मान्यताओं की जाँच करें

--संस्करण
संस्करण दिखाएं

--मदद यह सहायता संदेश दिखाएं

GMAP सुइट के अन्य उपकरण /usr/lib/gmap में स्थित हैं

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन gmap का उपयोग करें