यह gmod_bulk_load_pubmed.plp कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि Ubuntu ऑनलाइन, Fedora ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या MAC OS ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके OnWorks मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
gmod_bulk_load_pubmed.pl - डेटाबेस में pubmed प्रविष्टियाँ संग्रहीत करता है
वर्णन
उपयोग: perl gmod_bulk_load_pubmed.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -i फ़ाइल
पैरामीटर
-H डेटाबेस के लिए होस्टनाम
-D डेटाबेस नाम
-i इनपुट फ़ाइल [आवश्यक]
-v वर्बोज़ आउटपुट
-t परीक्षण मोड। किसी भी स्टोर ऑपरेशन को बिल्कुल भी न करें।
-जी जीएमओडी डेटाबेस प्रोफ़ाइल नाम (होस्ट और डीबी नाम प्रदान कर सकता है) डिफ़ॉल्ट: 'डिफ़ॉल्ट'
If नहीं का उपयोग a जीएमओडी डेटाबेस प्रोफाइल (विकल्प -जी) फिर इसलिए आप चाहिए प्रदान करना la निम्नलिखित
पैरामीटर
-u उपयोगकर्ता नाम
-d डेटाबेस ड्राइवर नाम (अर्थात पोस्टग्रेज के लिए 'Pg')
-p आपके उपयोगकर्ता के लिए डेटाबेस से कनेक्ट करने हेतु पासवर्ड
स्क्रिप्ट पबमेड प्रविष्टियों को डेटाबेस में संग्रहीत करती है। मौजूदा प्रविष्टियों को अनदेखा किया जाता है। इनपुट फ़ाइल
pubmed आईडी की सूची होनी चाहिए। फिर एक नया प्रकाशन ऑब्जेक्ट
(Bio::Chado::Schema::Pub::Pub) accession= PMID के साथ, प्रकाशन विवरण प्राप्त किये जाते हैं
Entrez से (eUtils का उपयोग करके) जो प्रकाशन ऑब्जेक्ट में विभिन्न फ़ील्ड सेट करता है।
प्रकाशन संग्रहीत होने से पहले, एक नया dbxref पहले संग्रहीत किया जाता है (चाडो जनरल मॉड्यूल देखें)
इस लिपि कार्य साथ में Chado योजना और पहुँच la निम्नलिखित टेबल:
पब
पबलेखक
पबप्रॉप
dbxref
pub_dbxref
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gmod_bulk_load_pubmed.plp का ऑनलाइन उपयोग करें
