जीएमएक्स-डायंडोम - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-डायंडोम - इंटरपोलेट और एक्सट्रपोलेट संरचना घुमाव

SYNOPSIS

जीएमएक्स डायंडोम [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-फर्स्टएंगल ] [-लास्टेंगल ] [-एनफ़्रेम ]
[-मैक्सएंगल ] [-ट्रांस ] [-सिर ]
[-पूँछ ]

वर्णन

GMX dyndom एक पढ़ता है .पीडीबी DynDom से फ़ाइल आउटपुट (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/)। यह
निर्देशांक, घूर्णन अक्ष के निर्देशांक और एक सूचकांक फ़ाइल को पढ़ता है
डोमेन. इसके अलावा, यह एरो फ़ाइल के पहले और आखिरी परमाणु को कमांड के रूप में लेता है
पंक्ति तर्क (सिर और पूंछ) और अंत में यह अनुवाद वेक्टर (में दिया गया) लेता है
DynDom जानकारी फ़ाइल) और रोटेशन का कोण (कमांड लाइन तर्क के रूप में भी)। यदि कोण
डायनडोम द्वारा निर्धारित किया गया है, किसी को उपयोग की जाने वाली दूसरी संरचना को पुनर्प्राप्त करने में सक्षम होना चाहिए
डायनडोम आउटपुट उत्पन्न करना। सीमित संख्यात्मक सटीकता के कारण ऐसा होना चाहिए
ऑल-एटम आरएमएसडी (का उपयोग करके) की गणना करके सत्यापित किया गया GMX कन्फर्म्स) फ़ाइल तुलना के बजाय
(अंतर का उपयोग करके)।

इस कार्यक्रम का उद्देश्य जैसा कि पाया गया है, रोटेशन को प्रक्षेपित और एक्सट्रपलेशन करना है
डायनडोम। परिणामस्वरूप लंबे या छोटे बंधनों, या अतिव्यापी परमाणुओं वाली अभौतिक संरचनाएँ
उत्पादित किया जा सकता है. सत्यापन के लिए दृश्य निरीक्षण और ऊर्जा न्यूनीकरण आवश्यक हो सकता है
ढांचा।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.pdb>] (डायंडम.पीडीबी)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xtc/.trr/...>] (घुमाया गया.xtc)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र gro g96 पीडीबी TNG

अन्य विकल्प:

-फर्स्टएंगल (0)
घूर्णन सदिश के परितः घूर्णन का कोण

-लास्टेंगल (0)
घूर्णन सदिश के परितः घूर्णन का कोण

-एनफ़्रेम (11)
पथ पर चरणों की संख्या

-मैक्सएंगल (0)
DymDom ने घूर्णन वेक्टर के बारे में घूर्णन का कोण निर्धारित किया

-ट्रांस (0)
रोटेशन वेक्टर के साथ अनुवाद (एंगस्ट्रॉम) (DynDom जानकारी फ़ाइल देखें)

-सिर (0 0 0)
तीर वेक्टर का पहला परमाणु

-पूँछ (0 0 0)
तीर वेक्टर का अंतिम परमाणु

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