gmx-make_ndx - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-make_ndx - इंडेक्स फ़ाइलें बनाएं

SYNOPSIS

जीएमएक्स मेक_एनडीएक्स [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natoms ] [-[नहीं जीत]

वर्णन

सूचकांक समूह लगभग हर GROMACS कार्यक्रम के लिए आवश्यक हैं। ये सभी प्रोग्राम कर सकते हैं
डिफ़ॉल्ट सूचकांक समूह उत्पन्न करें। आपको ही उपयोग करना है GMX make_ndx जब आपको विशेष की आवश्यकता हो
सूचकांक समूह. पूरे सिस्टम के लिए एक डिफ़ॉल्ट इंडेक्स समूह है, 9 डिफ़ॉल्ट इंडेक्स समूह
प्रोटीन के लिए, और प्रत्येक अन्य अवशेष नाम के लिए एक डिफ़ॉल्ट सूचकांक समूह उत्पन्न होता है।

जब कोई अनुक्रमणिका फ़ाइल भी आपूर्ति नहीं की जाती है GMX make_ndx डिफ़ॉल्ट समूह उत्पन्न करेगा. साथ
सूचकांक संपादक आप परमाणु, अवशेष और श्रृंखला के नाम और संख्याओं पर चयन कर सकते हैं। जब एक रन
इनपुट फ़ाइल आपूर्ति की गई है, आप परमाणु प्रकार पर भी चयन कर सकते हैं। आप NOT, AND और OR का उपयोग कर सकते हैं
समूहों को श्रृंखलाओं, अवशेषों या परमाणुओं में विभाजित कर सकता है। आप समूहों को हटा सकते हैं और उनका नाम बदल सकते हैं.

संपादक और सूचकांक फ़ाइल में परमाणु क्रमांकन 1 से शुरू होता है।

RSI -जुड़वां स्विच ऑफसेट के साथ सभी इंडेक्स समूहों को डुप्लिकेट करता है -natoms, जो उपयोगी है
कम्प्यूटेशनल इलेक्ट्रोफिजियोलॉजी डबल-लेयर मेम्ब्रेन सेटअप के लिए।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (वैकल्पिक)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-natoms (0)
परमाणुओं की संख्या निर्धारित करें (डिफ़ॉल्ट: समन्वय या सूचकांक फ़ाइल से पढ़ें)

-[नहीं जीत (नहीं)
-natoms की ऑफसेट के साथ सभी सूचकांक समूहों को डुप्लिकेट करें

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