जीएमएक्स-सासा - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-एसएएसए - विलायक सुलभ सतह क्षेत्र की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स सासा [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-ओडीजी [<.xvg>]] [या [<.xvg>]] [-ओए [<.xvg>]]
[टीवी [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-आप ] [-xvg ] [- [नहीं] आरएमपीबीसी]
[- [नहीं] पीबीसी] [-एसएफ ] [-सेलरपोस ] [-जांच ]
[-एनडॉट्स ] [-[नहीं] विरोध] [-डीजीएस ]
[-सतह ] [आउटपुट ]

वर्णन

GMX याद कर रहे हैं विलायक सुलभ सतह क्षेत्रों की गणना करता है। आइज़ेनहाबर एफ, लिजनज़ाद पी, आर्गोस देखें
पी, सैंडर सी, और शर्फ एम (1995) जे. कंप्यूट। रसायन. प्रयुक्त एल्गोरिथम के लिए 16, 273-284। साथ
-q, कोनोली सतह को एक में भी उत्पन्न किया जा सकता है .पीडीबी फ़ाइल जहां नोड्स हैं
परमाणुओं के रूप में दर्शाया गया है और निकटतम नोड्स को जोड़ने वाले किनारों को CONECT रिकॉर्ड के रूप में दर्शाया गया है। -ओडीजी
प्रति-परमाणु सॉल्वेशन ऊर्जाओं से सॉल्वेशन मुक्त ऊर्जा का अनुमान लगाने की अनुमति देता है
उजागर सतह क्षेत्र.

प्रोग्राम को निर्दिष्ट की जाने वाली सतह गणना के लिए चयन की आवश्यकता होती है
-सतह. इसमें हमेशा सिस्टम के सभी गैर-विलायक परमाणु शामिल होने चाहिए। का क्षेत्रफल
इस समूह की हमेशा गणना की जाती है. वैकल्पिक रूप से, आउटपुट अतिरिक्त चयन निर्दिष्ट कर सकते हैं,
जो गणना समूह का सबसेट होना चाहिए। इनके लिए विलायक-सुलभ क्षेत्र
समूह भी पूरी सतह से निकाले जाते हैं।

प्रक्षेपवक्र पर क्षेत्र के औसत और मानक विचलन की गणना प्रति की जा सकती है
अवशेष और परमाणु (विकल्प) या और -ओए).

उसके साथ टीवी विकल्प से अणु की कुल मात्रा और घनत्व की गणना की जा सकती है। साथ
-पीबीसी (डिफ़ॉल्ट), आपको यह सुनिश्चित करना होगा कि आपका अणु/सतह समूह विभाजित न हो
पीबीसी. अन्यथा, आपको निरर्थक परिणाम मिलेंगे। कृपया इस पर भी विचार करें कि क्या
इस मामले में सामान्य जांच त्रिज्या उपयुक्त है या आप इसका उपयोग करेंगे, उदाहरण के लिए, 0।
यह ध्यान रखना अच्छा है कि आयतन और घनत्व के परिणाम बहुत अनुमानित हैं।
उदाहरण के लिए, बर्फ के छिद्रों में पानी के अणुओं को आसानी से फिट किया जा सकता है, जिससे पानी निकलता है
एक आयतन जो बहुत कम है, और सतह क्षेत्र और घनत्व जो दोनों बहुत अधिक हैं।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी) (वैकल्पिक)
इनपुट प्रक्षेपवक्र या एकल विन्यास: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
इनपुट संरचना: TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अतिरिक्त सूचकांक समूह

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (क्षेत्र.xvg)
समय के फलन के रूप में कुल क्षेत्रफल

-ओडीजी [<.xvg>] (डीजीएसओएल.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
समय के फलन के रूप में अनुमानित सॉल्वेशन मुक्त ऊर्जा

या [<.xvg>] (resarea.xvg) (वैकल्पिक)
प्रति अवशेष औसत क्षेत्रफल

-ओए [<.xvg>] (atomarea.xvg) (वैकल्पिक)
प्रति परमाणु औसत क्षेत्रफल

टीवी [<.xvg>] (वॉल्यूम.xvg) (वैकल्पिक)
समय के फलन के रूप में कुल आयतन और घनत्व

-q [<.pdb>] (कोनोली.पीडीबी) (वैकल्पिक)
कोनोली सतह के लिए पीडीबी फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें यदि टी एमओडी डीटी == पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (एक्सएमजीग्रेस)
प्लॉट स्वरूपण: कोई नहीं, xmgrace, xmgr

- [नहीं] आरएमपीबीसी (हाँ)
प्रत्येक फ्रेम के लिए अणु पूरे करें

- [नहीं] पीबीसी (हाँ)
दूरी गणना के लिए आवधिक सीमा शर्तों का प्रयोग करें

-एसएफ
फाइलों से चयन प्रदान करें

-सेलरपोस (परमाणु)
चयन संदर्भ स्थिति: परमाणु, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
पूरे_रेस_कॉम, पूरे_रेस_कोग, पूरे_मोल_कॉम, पूरे_मोल_कोग, part_res_com,
पार्ट_रेस_कॉग, पार्ट_मोल_कॉम, पार्ट_मोल_कॉग, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-जांच (0.14)
विलायक जांच की त्रिज्या (एनएम)

-एनडॉट्स (24)
प्रति गोले बिंदुओं की संख्या, अधिक बिंदुओं का अर्थ है अधिक सटीकता

-[नहीं] विरोध (हाँ)
प्रोटीन को कोनोली में आउटपुट करें .पीडीबी फ़ाइल भी

-डीजीएस (0)
प्रति क्षेत्र सॉल्वेशन मुक्त ऊर्जा के लिए डिफ़ॉल्ट मान (kJ/mol/nm^2)

-सतह
भूतल गणना चयन

आउटपुट
आउटपुट चयन

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