जीएमएक्स-स्पोल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-स्पॉल - विलेय के चारों ओर विलायक द्विध्रुवीय अभिविन्यास और ध्रुवीकरण का विश्लेषण करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स स्पोल [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-डीटी ] [-[अभी]
[-xvg ] [-[नहीं]कॉम] [-रेफ़ैट ] [-रमिन ]
[-आरमैक्स ] [-डुबोना ] [-बस ]

वर्णन

GMX स्पोल किसी विलेय के चारों ओर द्विध्रुव का विश्लेषण करता है; यह ध्रुवीकरण योग्य पानी के लिए विशेष रूप से उपयोगी है।
संदर्भ परमाणुओं का एक समूह, या द्रव्यमान संदर्भ का केंद्र (विकल्प)। -कॉम) और का एक समूह
विलायक परमाणुओं की आवश्यकता है. कार्यक्रम विलायक परमाणुओं के समूह को अणुओं में विभाजित करता है।
प्रत्येक विलायक अणु के लिए संदर्भ समूह में निकटतम परमाणु से दूरी
COM निर्धारित है. इन दूरियों का संचयी वितरण आलेखित किया जाता है। प्रत्येक के लिए
बीच की दूरी -रमिन और -आरमैक्स दूरी वेक्टर और द्विध्रुव का आंतरिक उत्पाद
विलायक अणु का निर्धारण किया जाता है। शुद्ध आवेश (आयनों) वाले विलायक अणुओं के लिए
प्रत्येक आयन के चयन में सभी परमाणुओं से आयन का शुद्ध आवेश समान रूप से घटाया जाता है।
इन द्विध्रुवीय घटकों का औसत मुद्रित किया जाता है। ध्रुवीकरण के लिए भी यही किया जाता है,
जहां औसत द्विध्रुव को तात्क्षणिक द्विध्रुव से घटा दिया जाता है। का परिमाण
औसत द्विध्रुव विकल्प के साथ सेट किया गया है -डुबोना, दिशा वेक्टर द्वारा परिभाषित की गई है
चयनित विलायक समूह में पहला परमाणु दूसरे और के मध्य बिंदु तक
तीसरा परमाणु.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xvg>] (एससीडीएसटी.एक्सवीजी)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[नहीं]कॉम (नहीं)
संदर्भ स्थिति के रूप में द्रव्यमान के केंद्र का उपयोग करें

-रेफ़ैट (1)
विलायक अणु का संदर्भ परमाणु

-रमिन (0)
अधिकतम दूरी (एनएम)

-आरमैक्स (0.32)
अधिकतम दूरी (एनएम)

-डुबोना (0)
औसत द्विध्रुव (डी)

-बस (0.01)
बिन की चौड़ाई

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