go2rdfp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - कन्वर्ज़न टूल और इसके रैपर

SYNOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ऑन्कोलॉजी/*.ऑन्टोलॉजी
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ऑन्कोलॉजी/gene_ontology.obo

वर्णन

किसी भी GO/OBO शैली की ऑन्कोलॉजी फ़ाइल को पार्स करता है और एक अलग प्रारूप के रूप में लिखता है

बहस
-e एररफाइल

एक्सएमएल में पार्स त्रुटियां लिखता है - एसटीडीईआरआर के लिए डिफ़ॉल्ट (अच्छी तरह से कोई पार्स त्रुटियां नहीं होनी चाहिए
गठित फ़ाइलें)

-p FORMAT

निर्धारित करता है कि किस पार्सर का उपयोग करना है; यदि अनिर्दिष्ट छोड़ दिया जाता है, तो फ़ाइल के आधार पर अनुमान लगाएगा
प्रत्यय प्रारूपों के लिए नीचे देखें

-w|लेखक FORMAT

आउटपुट के लिए प्रारूप - सूची के लिए नीचे देखें

-|एक्सएसएलटी XSLT

XSLT ट्रांसफ़ॉर्म का नाम या फ़ाइल नाम

यह या तो फाइल सिस्टम पर कहीं भी फाइल के लिए एक पूर्ण पथ हो सकता है, या यह सिर्फ
xslt का नाम हो; जैसे

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

यदि नाम निर्दिष्ट है, तो सबसे पहले $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl खोजा जाएगा; अगर
GO_ROOT सेट नहीं है, तो पर्ल मॉड्यूल dir जहां GO स्थापित है, खोजा जाएगा (the
यदि आप सामान्य इंस्टॉल प्रक्रिया का पालन करते हैं तो xslts स्वचालित रूप से यहां इंस्टॉल हो जाएगा)

-उपयोग_कैश
यदि यह स्विच निर्दिष्ट है, तो कैशिंग मोड चालू है।

कैशिंग मोड के साथ, जब आप पहली बार किसी फ़ाइल को पार्स करते हैं, तो एक अतिरिक्त फ़ाइल होगी
एक विशेष प्रारूप में निर्यात किया जाता है जो पार्स करने के लिए तेज़ है। इस फ़ाइल का एक ही फ़ाइल नाम होगा
मूल फ़ाइल के रूप में, सिवाय इसके कि इसमें ".cache" प्रत्यय होगा।

अगली बार जब आप फ़ाइल को पार्स करेंगे, तो यह प्रोग्राम स्वतः ही अस्तित्व की जाँच करेगा
".cache" फ़ाइल का। यदि यह मौजूद है, और आपके द्वारा निर्दिष्ट फ़ाइल से अधिक हाल का है, तो यह
इसके बजाय पार्स किया गया है। यदि यह मौजूद नहीं है, तो इसे फिर से बनाया जाता है।

यह b . के लिए गति में सुधार लाएगा नीचे दिए गए आउटपुट स्वरूपों में से (जैसे
पथ सूची)। अधिकांश आउटपुट स्वरूप ईवेंट-आधारित पार्सिंग के साथ काम करते हैं, इसलिए ऑब्जेक्ट को कैशिंग करना लाता है
कोई लाभ नहीं होगा और वास्तव में कैश को बायपास करने से धीमा होगा

प्रारूप
लिखने योग्य प्रारूप हैं

go_ont
प्रत्यय ".ontology" के साथ फ़ाइलें

ये ऑन्कोलॉजी डीएजी को स्टोर करते हैं

go_def
प्रत्यय ".defs" के साथ फ़ाइलें

go_xref
GO शर्तों के लिए बाहरी डेटाबेस संदर्भ

प्रत्यय "2go" वाली फ़ाइलें (जैसे ec2go, metacyc2go)

go_assoc
GO . का उपयोग कर जीन या जीन उत्पादों की व्याख्या

उपसर्ग "जीन-एसोसिएशन" वाली फ़ाइलें।

ओबो_टेक्स्ट
प्रत्यय ".obo" वाली फ़ाइलें

यह मौजूदा GO फ्लैट फ़ाइल स्वरूपों के लिए एक नया फ़ाइल स्वरूप प्रतिस्थापन है। यह
ऑन्कोलॉजी, परिभाषाओं और xrefs को संभालता है (लेकिन संघ नहीं)

ओबो_एक्सएमएल
प्रत्यय ".obo.xml" या ".obo-xml" वाली फ़ाइलें

यह उपरोक्त OBO फ्लैट फ़ाइल स्वरूप का XML संस्करण है

प्रस्तावना
प्रोलॉग तथ्य - इनका उपयोग करने के लिए आपको प्रोलॉग कंपाइलर/दुभाषिया की आवश्यकता होगी। आप ऐसा कर सकते हैं
ओबोल या आगामी बायो-एलपी परियोजना का उपयोग करके इन तथ्यों पर तर्क करें

टीबीएल सरल (हानिकारक) सारणीबद्ध प्रतिनिधित्व

सारांश
ऑन्कोलॉजी फाइलों और एसोसिएशन फाइलों दोनों पर इस्तेमाल किया जा सकता है

पथसूची
जड़ तक के सारे रास्ते दिखाता है

उल्लू OWL प्रारूप (डिफ़ॉल्ट: OWL-DL)

ओडब्लूएल ऑन्कोलॉजी के लिए एक W3C मानक प्रारूप है

इसे चलाने के लिए आपको पूर्ण गो-देव वितरण से एक्सएसएल फाइलों की आवश्यकता होगी; एक्सएमएल देखें
अनुभाग मेंhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
GO::Model::Graph ऑब्जेक्ट का YAML प्रतिनिधित्व

obj_storable
पर्ल गो :: मॉडल :: ग्राफ़ ऑब्जेक्ट का डंप। इसके लिए आपको CPAN से Storable की आवश्यकता है
काम। इसका उद्देश्य तेजी से पहुंच के लिए फाइल सिस्टम पर वस्तुओं को कैश करना है। NS
obj_storable प्रतिनिधित्व पोर्टेबल नहीं हो सकता है

text_html
एक html-ified OBO आउटपुट स्वरूप

Godb_prestore
XML जो सीधे GODB रिलेशनल स्कीमा में मैप करता है (फिर इसका उपयोग करके लोड किया जा सकता है
हरिण-storenode.pl)

chododb_prestore
एक्सएमएल जो सीधे चाडो रिलेशनल स्कीमा में मैप करता है (फिर इसका उपयोग करके लोड किया जा सकता है
हरिण-storenode.pl)

प्रलेखन
<http://www.godatabase.org/dev>

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