यह कमांड हम्मलिग्न है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
हम्मलिग्न - अनुक्रमों को प्रोफ़ाइल में संरेखित करें एचएमएम
SYNOPSIS
हम्मालिग्न् [विकल्प]
वर्णन
सभी अनुक्रमों का एकाधिक अनुक्रम संरेखण निष्पादित करें उन्हें संरेखित करके
प्रोफ़ाइल HMM में व्यक्तिगत रूप से . नया संरेखण आउटपुट है stdout in
स्टॉकहोम प्रारूप.
RSI केवल एक ही प्रोफ़ाइल होनी चाहिए. यदि इसमें अधिक है, तो केवल पहला
फ़ाइल में प्रोफ़ाइल का उपयोग किया जाएगा.
भी or (लेकिन दोनों नहीं) '-' (डैश) हो सकता है, जिसका अर्थ है इसे पढ़ना
से इनपुट stdin एक फ़ाइल के बजाय।
में अनुक्रम यूनीहिट स्थानीय संरेखण मोड में संरेखित हैं। इसलिए वे
पहले से ही ज्ञात होना चाहिए कि इसमें केवल एक डोमेन (या एक का एक टुकड़ा) शामिल है।
इष्टतम संरेखण कुछ अवशेषों को गैर-समरूप (एन और सी राज्यों) के रूप में निर्दिष्ट कर सकता है, जिसमें
मामले में ये अवशेष अभी भी परिणामी संरेखण में शामिल हैं, लेकिन बाहरी तरफ धकेल दिए गए हैं
किनारों. परिणाम से इन असंरेखित गैर-समजात अवशेषों को ट्रिम करने के लिए, देखें --ट्रिम
विकल्प.
विकल्प
-h मदद; कमांड लाइन उपयोग और सभी उपलब्ध विकल्पों का एक संक्षिप्त अनुस्मारक प्रिंट करें।
-o आउटपुट संरेखण को फ़ाइल की ओर निर्देशित करें , बजाय करने के लिए स्टडआउट
--मापाली
फ़ाइल में मौजूदा संरेखण को मर्ज करें परिणाम में, कहाँ बिलकुल यही है
वही संरेखण जिसका उपयोग मॉडल बनाने के लिए किया गया था . यह a का उपयोग करके किया जाता है
आम सहमति प्रोफ़ाइल स्थितियों के लिए संरेखण कॉलम का मानचित्र जो इसमें संग्रहीत है
. में एकाधिक संरेखण इसका हूबहू पुनरुत्पादन किया जाएगा
सर्वसम्मति कॉलम (प्रोफ़ाइल द्वारा परिभाषित), लेकिन प्रदर्शित संरेखण
सम्मिलित कॉलम बदले जा सकते हैं, क्योंकि किसी प्रोफ़ाइल से संबंधित प्रविष्टियाँ होती हैं
कन्वेंशन द्वारा असंरेखित डेटा माना जाता है।
--ट्रिम गैर-समजात अवशेषों को ट्रिम करें (इष्टतम संरेखण में एन और सी राज्यों को सौंपा गया)
परिणामी एकाधिक संरेखण आउटपुट से।
--अमीनो
निर्दिष्ट करें कि सभी अनुक्रम प्रोटीन हैं. डिफ़ॉल्ट रूप से, वर्णमाला प्रकार है
अवशेष संरचना को देखने से स्वतः पता चल जाता है।
--डीएनए निर्दिष्ट करें कि सभी अनुक्रम डीएनए हैं।
--rna निर्दिष्ट करें कि सभी अनुक्रम आरएनए हैं।
--सूचना
घोषणा करें कि इनपुट प्रारूप में है . स्वीकृत अनुक्रम फ़ाइल स्वरूप
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, और SELEX शामिल हैं। डिफ़ॉल्ट है
फ़ाइल के प्रारूप को स्वतः पहचानें।
--आउटफ़ॉर्मेट
निर्दिष्ट करें कि आउटपुट एकाधिक संरेखण प्रारूप में है . वर्तमान में
स्वीकृत एकाधिक संरेखण अनुक्रम फ़ाइल स्वरूपों में केवल स्टॉकहोम और SELEX शामिल हैं।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन hmmmagline का उपयोग करें
