यह कमांड hmmer2 है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
HMMER - प्रोफ़ाइल छिपा हुआ मार्कोव मॉडल सॉफ़्टवेयर
SYNOPSIS
हम्म2संरेखित करें
प्रोफ़ाइल HMM में एकाधिक अनुक्रम संरेखित करें।
हम्म2बिल्ड
किसी दिए गए एकाधिक अनुक्रम संरेखण से एक प्रोफ़ाइल HMM बनाएं।
हम्म2कैलिब्रेट
किसी प्रोफ़ाइल एचएमएम पूर्व के लिए उपयुक्त सांख्यिकीय महत्व पैरामीटर निर्धारित करें
डेटाबेस खोज करने के लिए.
हम्म2कन्वर्ट
HMMER प्रोफ़ाइल HMM को अन्य प्रारूपों, जैसे GCG प्रोफ़ाइल, में कनवर्ट करें।
हम्म2emit
प्रोफ़ाइल HMM से संभावित रूप से अनुक्रम उत्पन्न करें।
हम्म2फ़ेच
HMM डेटाबेस से HMM पुनर्प्राप्त करें
हम्म2सूचकांक
HMM डेटाबेस के लिए बाइनरी SSI इंडेक्स बनाएं
हम्म2pfam
एक अनुक्रम के साथ एक प्रोफ़ाइल एचएमएम डेटाबेस खोजें (यानी, विभिन्न प्रकार की व्याख्या करें)।
क्वेरी अनुक्रम में डोमेन)।
हम्म2खोज
प्रोफ़ाइल एचएमएम के साथ एक अनुक्रम डेटाबेस खोजें (यानी, इसके अतिरिक्त समरूप खोजें)।
एक आदर्श परिवार)।
वर्णन
ये प्रोग्राम प्राथमिक मॉडल के लिए प्रोफ़ाइल छिपे हुए मार्कोव मॉडल (प्रोफ़ाइल एचएमएम) का उपयोग करते हैं
प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड अनुक्रमों के एक परिवार की संरचना सर्वसम्मति।
विकल्प
सब हम्मर प्रोग्राम अपने कमांड-लाइन सिंटैक्स और विकल्पों का संक्षिप्त सारांश देते हैं
बिना किसी तर्क के आह्वान किया गया। जब एकल तर्क के साथ आह्वान किया जाता है, -h (अर्थात, सहायता), ए
प्रोग्राम अधिक वर्बोज़ कमांड-लाइन उपयोग जानकारी की रिपोर्ट करेगा, जिसमें शायद ही कभी उपयोग किया गया हो,
प्रायोगिक और विशेषज्ञ विकल्प। -h संस्करण संख्याओं की रिपोर्ट करेगा जो आपके लिए उपयोगी हैं
मुझे किसी बग या समस्या की रिपोर्ट करने की आवश्यकता है।
से प्रत्येक हम्मर प्रोग्राम का अपना स्वयं का मैन पेज है जो संक्षेप में कमांड लाइन उपयोग का सारांश देता है। वहाँ है
सॉफ़्टवेयर वितरण के साथ आई एक उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका भी, जिसमें एक ट्यूटोरियल शामिल है
कार्यक्रमों का परिचय और अधिक विस्तृत विवरण।
देख http://hmmer.janelia.org/ ऑन-लाइन दस्तावेज़ीकरण और वर्तमान HMMER रिलीज़ के लिए।
सामान्य तौर पर, शुरुआती उपयोगकर्ताओं को किसी कमांड लाइन विकल्प की आवश्यकता नहीं होनी चाहिए। डिफ़ॉल्ट हैं
अधिकांश स्थितियों में इष्टतम प्रदर्शन के लिए सेट अप करें। विकल्प जो एकल लोअरकेस हैं
अक्षर (उदा. -a ) "सामान्य" विकल्प हैं जिनका बार-बार उपयोग होने की उम्मीद है और होंगे
कई अनुप्रयोगों में महत्वपूर्ण हो. विकल्प जो एकल अपरकेस अक्षर हैं (उदा. -B )
आमतौर पर कम आम विकल्प होते हैं, लेकिन कुछ अनुप्रयोगों में यह महत्वपूर्ण भी हो सकते हैं। विकल्प
वे पूर्ण शब्द हैं (उदा. --शब्दशः ) या तो शायद ही कभी उपयोग किए जाते हैं, प्रयोगात्मक होते हैं, या विशेषज्ञ होते हैं
विकल्प. कुछ प्रयोगात्मक विकल्प केवल मेरे अपने चल रहे प्रयोगों के लिए हैं
HMMER, और पर्याप्त रूप से समर्थित या प्रलेखित नहीं किया जा सकता है।
दृश्य फ़ाइल प्रारूप
सामान्य रूप में, हम्मर अधिकांश सामान्य जैविक अनुक्रम फ़ाइल स्वरूपों को पढ़ने का प्रयास। यह
फ़ाइल के प्रारूप का स्वतः पता लगाता है। यह स्वचालित रूप से यह भी पता लगाता है कि अनुक्रम प्रोटीन हैं या नहीं
या न्यूक्लिक एसिड. सामान्य IUPAC डिजनरेसी कोड के अतिरिक्त मानक IUPAC डिजेनरेसी कोड की अनुमति है
4-अक्षर या 20-अक्षर कोड।
असंरेखित दृश्यों
असंरेखित अनुक्रम फ़ाइलें FASTA, स्विसप्रोट, EMBL, जेनबैंक, PIR, में हो सकती हैं
इंटेलिजेनेटिक्स, स्ट्राइडर, या जीसीजी प्रारूप। इन प्रारूपों को प्रलेखित किया गया है
उपयोगकर्ता की मार्गदर्शिका।
अनुक्रम संरेखण
एकाधिक अनुक्रम संरेखण CLUSTALW, SELEX, या GCG MSF प्रारूप में हो सकते हैं। इन
प्रारूप उपयोगकर्ता की मार्गदर्शिका में प्रलेखित हैं।
वातावरण चर
बड़े स्थिर अनुक्रम और एचएमएम डेटाबेस का उपयोग करने में आसानी के लिए, हम्मर अनुक्रम फ़ाइलों की तलाश करता है
और वर्तमान कार्यशील निर्देशिका के साथ-साथ निर्दिष्ट सिस्टम निर्देशिकाओं में HMM फ़ाइलें
पर्यावरण चर द्वारा.
ब्लास्टडीबी
अनुक्रम डेटाबेस की निर्देशिका स्थान निर्दिष्ट करता है। उदाहरण: /सेकलिब्स/विस्फोट-
डीबी/. BLAST सॉफ़्टवेयर का उपयोग करने वाले इंस्टॉलेशन में, यह पर्यावरण चर संभव है
पहले से ही सेट किया जाना है.
HMMERDB
HMM डेटाबेस का निर्देशिका स्थान निर्दिष्ट करता है। उदाहरण: /seqlibs/pfam/.
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके hmmer2 का ऑनलाइन उपयोग करें
