अमिट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

अमिट - जैविक विकास का शक्तिशाली और लचीला सिम्युलेटर

SYNOPSIS

अमिट

कमांडलाइन के माध्यम से कोई विकल्प पारित नहीं किया जा सकता है।

वर्णन

अमिट बहु-विभाजित न्यूक्लियोटाइड, अमीनो-एसिड या कोडन के विकास का अनुकरण कर सकता है
डेटा निरंतर सम्मिलन, विलोपन और प्रतिस्थापन की प्रक्रियाओं के माध्यम से सेट होता है
समय। सभी सामान्य विकासवादी मॉडल समर्थित हैं।

के लिए पूर्ण दस्तावेज अमिट के तहत उपलब्ध है
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

विन्यास

अमिट नामित फ़ाइल से चलने वाले सिमुलेशन के लिए सेटिंग्स को पढ़ता है control.txt में
वर्तमान निर्देशिका। फ़ाइल को ब्लॉकों में विभाजित किया गया है, प्रत्येक ब्लॉक एक को नियंत्रित करता है
अनुकरण का विशेष पहलू. ब्लॉक में अतिरिक्त उप-ब्लॉक हो सकते हैं। टिप्पणियाँ कर सकते हैं
C या C++ शैली में दिया जाए। अगर अमिट बिना किसी नियंत्रण फ़ाइल के निष्पादित किया जाता है, a
उदाहरण फ़ाइल उत्पन्न होती है.

[प्रकार] टाइप
प्रत्येक नियंत्रण फ़ाइल को a से प्रारंभ होना चाहिए TYPE अवरोध पैदा करना। संभावित प्रकार हैं न्यूक्लियोटाइड,
एमिनो एसिड, तथा कोडोन.

[समायोजन]
यह ब्लॉक गैर-आवश्यक उपयोगकर्ता प्राथमिकताओं जैसे आउटपुट फ़ाइल प्रकार और को निर्दिष्ट करता है
प्रारूप, यादृच्छिक संख्या जनरेटर के लिए बीज, और विस्तृत आउटपुट देना है या नहीं
रिपोर्ट.

[नमूना] मॉडल नाम
यह ब्लॉक सिमुलेशन के लिए उपयोग किए जाने वाले एक नए विकासवादी मॉडल को शुरू करता है।
प्रतिस्थापन मॉडल, इंडेल-रेट्स और कोडन-साइट सहित विशेष पैरामीटर
मॉडलों को सबमॉडल के माध्यम से नियंत्रित किया जाता है। मॉडल नाम आपकी पसंद का कोई भी नाम हो सकता है।

[पेड़] ट्रीनेम न्यूविक
इस ब्लॉक का उपयोग दिए गए नाम के साथ एक गाइड-ट्री निर्दिष्ट करने के लिए किया जाता है पेड़ का नाम.
विकासवादी दूरियों को पेड़ की शाखा की लंबाई के रूप में दर्शाया जाता है NEWICK
प्रारूप.

[शाखाएँ]
इन ब्लॉकों का उपयोग गैर-स्थिर और गैर-समरूप प्रक्रियाओं को अनुकरण करने के लिए किया जाता है।
गाइड-ट्री की विभिन्न शाखाओं पर अलग-अलग मॉडल निर्दिष्ट किए जा सकते हैं
शाखाओं में प्रतिस्थापन, इंडेल लंबाई वितरण, दर के विभिन्न मॉडल होंगे
विविधता, आधार रचना आदि।

[विभाजन] विभाजननाम
प्रत्येक रन के दौरान अनेक अनुक्रम विभाजनों का अनुकरण किया जा सकता है। प्रत्येक विभाजन के लिए
गाइड-ट्री, विकासवादी मॉडल और अनुक्रम लंबाई निर्दिष्ट करनी होगी।

[विकसित होना]
इस ब्लॉक के भीतर एक विभाजन की कई प्रतिकृतियाँ उत्पन्न की जा सकती हैं।

कॉपीराइट

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यह मुफ्त सॉफ्टवेयर है: आप इसे बदलने और पुनर्वितरित करने के लिए स्वतंत्र हैं। कोई वारंटी नहीं है,
कानून द्वारा अनुमत सीमा तक. पूर्ण लाइसेंस पाठ यहां उपलब्ध है
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

स्वीकृतियां

विलियम फ्लेचर और ज़िहेंग यांग (2009)। अमिट: जैविक का एक लचीला सिम्युलेटर
अनुक्रम विकास, आणविक जीव विज्ञान और विकास, 26(8): 1879-1888।

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