किंग-प्रोब - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

किंग-प्रोब - प्रोटीन इंटरटॉमिक पैकिंग का मूल्यांकन और कल्पना करें

वर्णन

सिंटैक्स: जांच इनपुट.पीडीबी >> आउट.किन

या: जांच [झंडे] "src पैटर्न" ["लक्ष्य पैटर्न"] pdbfiles... >> out.kin

झंडे:
-खुद स्वयं प्रतिच्छेदन: src -> src (डिफ़ॉल्ट)

-दोनों दोनों तरीकों से प्रतिच्छेद करें: src <=> targ

-एक बार एकल चौराहा: src -> targ

-बाहर स्रोत की बाहरी वैन डेर वाल्स सतह (विलायक संपर्क सतह)

-ऑटोबॉन्ड्रोट फ़ाइल का नाम
ऑटोबॉन्ड्रोट फ़ाइल को पढ़ें और संसाधित करें

शॉर्टकट:

< >इसी प्रकार: -4H -एमसी -हेटो -खुद "altA ogt33"

-डिफ़ॉल्ट्स
के समान: < >, लेकिन कुछ अन्य झंडों की अनुमति देता है

-एस.सी.सतह के समान: ड्रॉप -रेड1.4 -बाहर "पानी नहीं"

-अनावृत
के समान: ड्रॉप -रेड1.4 -बाहर (नोट: उपयोगकर्ता आपूर्ति पैटर्न)

-एक सतह
के समान: ड्रॉप -रेड0.0 -जोड़ें1.4 -बाहर "पानी नहीं"

-पहुँच
के समान: ड्रॉप -रेड0.0 -जोड़ें1.4 -बाहर (नोट: उपयोगकर्ता आपूर्ति पैटर्न)

-स्कैन0 के समान: -4H -एमसी -खुद "अल्टा बीएलटी40 ओजीटी33"

-स्कैन1 के समान: -4H -एक बार "एससी अल्टा बीएलटी40 ओजीटी33" "अल्टा बीएलटी40 ओजीटी65, (पानी नहीं ओजीटी33)"

-DUMPAtominfo
चयन में परमाणुओं की गिनती करें: src

(ध्यान दें कि BOTH और ONCE को दो पैटर्न की आवश्यकता होती है

OUT, SELF और DUMPATOMINFO को केवल एक पैटर्न की आवश्यकता है)

-अंतर्निहित
अंतर्निहित हाइड्रोजन

-स्पष्ट
स्पष्ट हाइड्रोजन (डिफ़ॉल्ट)

-घनत्व#
बिंदु घनत्व सेट करें (डिफ़ॉल्ट 16 बिंदु/वर्ग ए)

-त्रिज्या#.#
जांच त्रिज्या सेट करें (डिफ़ॉल्ट 0.25 ए)

-ADDvdw#.#
वैन डेर वाल्स रेडी में ऑफसेट जोड़ा गया (डिफ़ॉल्ट 0.0)

-स्केलvdw#.# वैन डेर वाल्स रेडी के लिए स्केल फ़ैक्टर (डिफ़ॉल्ट 1.0)

-COSCale#.#
स्केल सी=ओ कार्बन वैन डेर वाल्स रेडी (डिफ़ॉल्ट 0.94)

-नोकदार चीज़ बिंदुओं के बजाय स्पाइक बनाएं (डिफ़ॉल्ट)

-नोकदार चीज़#.#
स्पाइक स्केल सेट करें (डिफ़ॉल्ट=0.5)

-नोस्पाइक
केवल बिंदु बनाएं

-एचबीनियमित#.# नियमित एचबॉन्ड के लिए अधिकतम ओवरलैप(डिफ़ॉल्ट=0.6)

-एचबीचार्ज्ड#.# चार्ज किए गए Hbonds के लिए अधिकतम ओवरलैप (डिफ़ॉल्ट = 0.8)

-रखना अचयनित परमाणु रखें (डिफ़ॉल्ट)

-बूँद अचयनित परमाणुओं को गिराएँ

-सीमा चुंबन करते समय बम्प बिंदुओं को अधिकतम दूरी तक सीमित करें (डिफ़ॉल्ट)

-कोई सीमा नहीं
बम्प डॉट्स को सीमित न करें

-लेंस परिजन फ़ाइल में लेंस कीवर्ड जोड़ें

-NOLENS
Kin फ़ाइल में लेंस कीवर्ड न जोड़ें (डिफ़ॉल्ट)

-एमसी मेनचेन->मेनचेन इंटरैक्शन शामिल करें

-HETs गैर-जल HET समूहों में बिंदु शामिल करें (डिफ़ॉल्ट)

-NOHETS
गैर-जल एचईटी समूहों से बिंदुओं को बाहर करें

-वाटर्स
पानी में बिंदु शामिल करें (डिफ़ॉल्ट)

-नाउटर्स
पानी में बिन्दुओं को हटा दें

-WAT2wat
पानी के बीच बिंदु दिखाएँ

-DUMPH2O
पानी एच शामिल करें? आउटपुट में वेक्टर सूची

-4H H के लिए बॉन्ड चेन डॉट रिमूवल को 4 तक बढ़ाएं (डिफ़ॉल्ट)

-3 बॉन्ड चेन डॉट रिमूवल को 3 तक सीमित करें

-2 बॉन्ड चेन डॉट रिमूवल को 2 तक सीमित करें

-1 बॉन्ड चेन डॉट रिमूवल को 1 तक सीमित करें

-अनदेखा करना "पैटर्न" स्पष्ट गिरावट: पैटर्न द्वारा चयनित परमाणुओं को अनदेखा करें

-डोचो
CH..O Hbonds को पहचानें

-सीएचओ#.#
CH..O Hbond स्कोर के लिए स्केल फ़ैक्टर (डिफ़ॉल्ट=0.5)

-ध्रुवीयएच
ध्रुवीय हाइड्रोजन की छोटी त्रिज्या का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट)

-NOPolarH
ध्रुवीय हाइड्रोजन की त्रिज्या को छोटा न करें

-NOFACEhbond HBonds को सुगंधित चेहरों से न पहचानें

-नाम "नाम" समूह का नाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट "डॉट्स")

-डॉटमास्टर
समूह का नाम सूचियों पर अतिरिक्त मास्टर={नाम} के रूप में उपयोग किया जाता है

-नोग्रुप
.kin फॉर्मेट आउटपुट में @group स्टेटमेंट जेनरेट न करें

-किनेमेज
.kin प्रारूप आउटपुट के शीर्ष पर @kinemage 1 स्टेटमेंट जोड़ें

-गिनती बिंदु
बिंदुओं की गिनती उत्पन्न करें-बिंदुसूची नहीं

-असंरचित
आउटपुट रॉ डॉट जानकारी

नाम: पैट: प्रकार: srcAtom: targAtom: मिंगैप: गैप: spX:
spY:spZ:spikeLen:स्कोर:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-ओफ़ॉर्मेट
O में प्रदर्शन के लिए आउटपुट डॉट जानकारी स्वरूपित की गई

-XVप्रारूप
XtalView में प्रदर्शन के लिए आउटपुट डॉट जानकारी स्वरूपित की गई

-एक लकीर
आउटपुट एक पंक्ति:संपर्क:द्वारा:गंभीरता:प्रकार:

-गैपरंग
अंतराल राशि के अनुसार रंग बिंदु (डिफ़ॉल्ट)

-एटमरंग
परमाणु प्रकार के अनुसार रंग बिंदु

-आधारभूत रंग
न्यूक्लिक एसिड बेस प्रकार द्वारा रंग बिंदु

-रंगआधार
गैप और न्यूक्लिक एसिड बेस प्रकार के अनुसार रंग बिंदु

-आउटकलर "नाम" के लिए बिंदु रंग निर्दिष्ट करें -बाहर (डिफ़ॉल्ट "ग्रे")

-गैपवजन#
अंतराल स्कोर करने के लिए वजन निर्धारित करें (डिफ़ॉल्ट 0.25)

-बंपवजन# स्कोरिंग बम्प के लिए सापेक्ष पैमाना सेट करें (डिफ़ॉल्ट 10.0)

-एचबीवजन#
Hbonds को स्कोर करने के लिए सापेक्ष पैमाना सेट करें (डिफ़ॉल्ट 4.0)

-DIVकम#.#
बम्प श्रेणियों के लिए प्रभाग (डिफ़ॉल्ट -0.4)

-डिवहाई#.#
संपर्क श्रेणियों के लिए प्रभाग (डिफ़ॉल्ट 0.25)

-MINOCCupancy#.#
इसके नीचे अधिभोग शून्य के समान है (डिफ़ॉल्ट 0.02)

-तत्व
किन आउटपुट में विभिन्न तत्वों के लिए मास्टर बटन जोड़ें

-नहींके बारे में
HBonds के लिए संपर्क आउटपुट न करें

-नोक्लाशाउट
झड़पों के लिए संपर्क आउटपुट न करें

-NOVDWOUT
वैन डेर वाल्स इंटरैक्शन के लिए संपर्क आउटपुट न करें

-केवलबाउट
ओनलीबैडआउट आउटपुट खराब क्लैश (गंभीर ओवरलैप संपर्क)

-सारांश
संपर्कों और टकरावों की आउटपुट सारांश सूची

-एक लकीर
ऑनलाइन पर आउटपुट सारांश सूची

-नोटिक्स
प्रसंस्करण के दौरान अवशेष नाम टिकर प्रदर्शित न करें

-STDBONDS
मानक अवशेषों में केवल मानक बॉन्डिंग पैटर्न मानें

-नोपेरेंट
मूल भारी परमाणुओं की तालिका के आधार पर हाइड्रोजन को बंधित न करें

-सेगिड अवशेषों के बीच अंतर करने के लिए पीडीबी सेगआईडी फ़ील्ड का उपयोग करें

-ओल्डु पुरानी शैली उत्पन्न करें -u आउटपुट: KissEdge2BullsEye, आदि

-वेर्बोज़
वर्बोज़ मोड (डिफ़ॉल्ट)

-संदर्भ
संदर्भ स्ट्रिंग प्रदर्शित करें

-परिवर्तन
प्रोग्राम परिवर्तनों की सूची प्रदर्शित करें

-शांत शांत मोड

-मदद विस्तारित सहायता सूचना दिखाएँ (अन्य झंडे शामिल हैं)

-संस्करण
स्टडआउट करने के लिए एक पंक्ति संस्करण

पैटर्न तत्व: (कमांड लाइन पर उद्धरण चिह्नों में रखा जाना चाहिए)

फ़ाइल# फ़ाइल के अंदर #

मॉडल# मॉडल के भीतर #

चैना
श्रृंखला के भीतर ए

सेगाआ
खंड पहचानकर्ता आआ (जहां _ रिक्त का प्रतिनिधित्व करता है)

ALTa वैकल्पिक संरचना ए

ATOMAA
परमाणु नाम आआ (जहाँ _ रिक्त को दर्शाता है) (सभी 4 वर्णों का उपयोग किया गया है इसलिए H होगा
एटीओएम_एच__)

रेसा अवशेष आ

# अवशेष #

#एक अवशेष#, एक डालें

#-# अवशेष सीमा # (कोड डालने पर ध्यान नहीं दिया गया)

एक अक्षर कोड द्वारा एक अवशेष प्रकार (उदाहरण के लिए y)

तीन अक्षर कोड द्वारा एएए अवशेष प्रकार (उदाहरण के लिए टीआईआर)

सभी, प्रोटीन, एमसी, एससी, बेस, अल्फा, बीटा, नाइट्रोजन, कार्बन,
ऑक्सीजन, सल्फर, फास्फोरस, हाइड्रोजन, धातु, ध्रुवीय,
अध्रुवीय, आवेशित, दाता, स्वीकर्ता, ऐरोमैटिक, मिथाइल, HET, जल, डीएनए, आरएनए

सभी या परमाणुओं का एक उपसमूह

OLT# अधिभोग # से कम (पूर्णांक प्रतिशत)

OGT# अधिभोग # से अधिक (पूर्णांक प्रतिशत)

बीएलटी# बी-मान # से कम (पूर्णांक)

बीजीटी# बी-मान # से अधिक (पूर्णांक)

आईएनएसए कोड ए डालें (जहाँ _ रिक्त को दर्शाता है)

#.# के #.#, #.#, #.# के अंदर
बिंदु से दूरी के भीतर परमाणु

पैटर्न को अल्पविराम से अलग की गई सूचियों में जोड़ा जा सकता है जैसे "टीआरपी,पीएचई,टीआईआर" अर्थ
टीआरपी या पीएचई या टीवाईआर।

जो पैटर्न रिक्त स्थान से अलग किए गए हैं वे सभी सत्य होने चाहिए जैसे कि "चेनबी 1-5" अर्थ
श्रृंखला बी में अवशेष 1 से 5 तक।

आप पैटर्न को कोष्ठक के साथ समूहित भी कर सकते हैं, कई पैटर्न को | के साथ अलग कर सकते हैं
जिसका अर्थ है 'या' और NOT के साथ पूरक चुनें जैसा कि "not file1" में है जिसका अर्थ अंदर नहीं है
फ़ाइल 1.

एक ऑटोबॉन्ड्रोट फ़ाइल अन्य पीडीबी इनपुट फ़ाइलों के समान है लेकिन इसमें जानकारी शामिल है
घूर्णन और अन्य परिवर्तनों के अधीन परमाणुओं की पहचान करना।

कैल्फा-सीबीटा बांड रोटेशन और एक आवधिक को दर्शाने वाला उदाहरण ऑटोबॉन्ड्रोट फ़ाइल टुकड़ा
इस रोटेशन के लिए मरोड़ दंड समारोह

एटम 1 सीबी टायर 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

बॉन्ड्रोट:ची1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

क्योंकि:-3:60:3: एटम 1 1एचबी टायर 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
एटम 1 2एचबी टायर 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 एटम 1 सीजी
टायर 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

ऑटोबॉन्ड्रोट कमांड मानों को अलग करने के लिए कोलन का उपयोग करते हैं परिवर्तन:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

शून्य # डमी

पूर्वाग्रह कार्य:
COS:पैमाना:चरणऑफसेट:आवृत्ति POLY:पैमाना:ऑफसेट:बहुपदडिग्री CONST:मान

शाखाकरण:
सहेजें और पुनर्स्थापित करें या "(" और ")"

(उदाहरण के लिए आइसोल्यूसीन के लिए प्रत्येक ची और मिथाइल को घुमाना

अनुक्रम है: रोटची1/सेव/रोटची2/रोटसीडी1/रिस्टोर/रोटसीजी2)

ओरिएंटेशन सेट करें: GO:कोण1:कोण2:... फ़ाइलें शामिल करें: @फ़ाइलनाम टिप्पणियाँ:
# टिप्पणी पाठ

जांच: संस्करण 2.13.110909, कॉपीराइट 1996-2011, जे. माइकल वर्ड

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