किसप्लिस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

किसप्लिस - आरएनए-सीक्यू डेटा में बहुरूपता का पता लगाना।

SYNOPSIS

किसप्लिस -एच
किसप्लिस [विकल्प] [-आर रीडफ़ाइल्स]

वर्णन

READFILES (in) से वैकल्पिक स्प्लिसिंग घटनाओं और अन्य प्रकार के बहुरूपताओं का पता लगाता है
FASTA या FASTQ प्रारूप)।

विकल्प

-एच, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें।

-r पढ़ेंफ़ाइलें
इनपुट fasta/q रीड फ़ाइलें (एकाधिक, जैसे "-r file1 -r फ़ाइल2...").

-k केवल
के-मेर आकार (डिफ़ॉल्ट=25)।

-l एलएलएमएक्स
छोटे पथ की अधिकतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट: 2k-1).

-m LL_MIN
छोटे पथ की न्यूनतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट 2k-8)।

-M UL_मैक्स
सबसे लंबे पथ की अधिकतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट 1000), UL_MAX से अधिक लंबे एक्सॉन को छोड़ दिया गया
रिपोर्ट नहीं किये जाते.

-g GRAPH_PREFIX
पूर्व-निर्मित डी ब्रुइज़न ग्राफ़ का पथ और उपसर्ग (.edges/.nodes द्वारा प्रत्यय) यदि संयुक्त रूप से
साथ उपयोग करना -r, ग्राफ़ का उपयोग बुलबुलों और रीडिंग को खोजने के लिए किया जाता है जिसका उपयोग मात्रा निर्धारण के लिए किया जाता है।

-o OUT_DIR
परिणामों को संग्रहीत करने का पथ (डिफ़ॉल्ट = ./परिणाम)।

-d PATH_TO_TMP
विशिष्ट निर्देशिका (पूर्ण पथ) जहां अस्थायी फ़ाइलें बनानी हैं (डिफ़ॉल्ट
अस्थायी निर्देशिका अन्यथा)।

-t एनबीपीआरओसीएस
कोर की संख्या (भौतिक कोर की <= संख्या होनी चाहिए)।

-s एसएनपी आउटपुट न करें (समय की बचत होती है)।

-v वाचाल प्रकार।

-u अधूरी गुप्त प्रतिलिपियों के लिए नोड्स/एज फ़ाइल रखें।

-c MIN_COV
के-मेर्स को त्यागें जो कि इस संख्या से बिल्कुल कम बार मौजूद हैं
डेटासेट (डिफ़ॉल्ट 2).

-C MIN_RELATIVE_COV
MIN_RELATIVE_COV के नीचे सापेक्ष कवरेज वाले किनारों को हटा दें, जिसे a के रूप में व्यक्त किया गया है
[0,1) में प्रतिशत। (डिफ़ॉल्ट 0.02)।

-z जीनोम_आकार
डी-ब्रुइन ग्राफ़ में नोड्स की अनुमानित संख्या। (डिफ़ॉल्ट = 1000000000).

-e MIN_EDIT_DIST
उन बुलबुलों को अचूक दोहराव के रूप में वर्गीकृत करें जिनके पथ की संपादन दूरी छोटी है
MIN_EDIT_DIST (डिफ़ॉल्ट 3) से अधिक।

-y अधिकतम_चक्र
प्रत्येक बीसीसी में बबल गणनाओं की अधिकतम संख्या। यदि इससे अधिक हो जाए, तो कोई बुलबुला आउटपुट नहीं होता है
गुप्त प्रतिलिपि के लिए (डिफ़ॉल्ट 10000)।

--समय समाप्त TIMEOUT
प्रत्येक बीसीसी में बुलबुले की गणना करने में बिताया गया अधिकतम समय (सेकंड में)। अगर
पार हो गया, बीसीसी के लिए कोई बुलबुला आउटपुट नहीं है (डिफ़ॉल्ट 900)।

--संस्करण
कार्यक्रम की संस्करण संख्या प्रदर्शित करें और बाहर निकलें।

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