macs2_bdgdiff - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

macs2_bdgdiff - चिप-अनुक्रमण के लिए मॉडल-आधारित विश्लेषण

वर्णन

उपयोग: macs2 bdgdiff [-h] --t1 टी1बीडीजी --t2 टी2बीडीजी --सी1 C1BDG --सी2 C2BDG

[-सी कटऑफ] [-एल मिनलेन] [-जी मैक्सगैप] [--डी1 गहराई1]
[--डी2 गहराई2] [--बाहर बाहरी] (--ओ-उपसर्ग ओपरेफिक्स | -o ओफ़ाइल ओफ़ाइल ओफ़ाइल)

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

--t1 टी1बीडीजी
स्थिति 1 के लिए एमएसीएस पाइलअप बेडग्राफ। कॉलपीक के साथ असंगत --एसपीएमआर उत्पादन.
आवश्यक

--t2 टी2बीडीजी
स्थिति 2 के लिए एमएसीएस पाइलअप बेडग्राफ। कॉलपीक के साथ असंगत --एसपीएमआर उत्पादन.
आवश्यक

--सी1 C1BDG
स्थिति 1 के लिए एमएसीएस नियंत्रण लैम्ब्डा बेडग्राफ़। कॉलपीक के साथ असंगत --एसपीएमआर
आउटपुट. आवश्यक

--सी2 C2BDG
स्थिति 2 के लिए एमएसीएस नियंत्रण लैम्ब्डा बेडग्राफ़। कॉलपीक के साथ असंगत --एसपीएमआर
आउटपुट. आवश्यक

-C कट जाना, --कट जाना कट जाना
लॉगएलआर कटऑफ। डिफ़ॉल्ट: 3 (संभावना अनुपात=1000)

-l मिनलेन, --मिन-लेन मिनलेन
विभेदक क्षेत्र की न्यूनतम लंबाई. छोटे क्षेत्रों को हटाने के लिए बड़े मान का प्रयास करें।
डिफ़ॉल्ट: 200

-g मैक्सगैप, --अधिकतम-अंतराल मैक्सगैप
निकटवर्ती विभेदक क्षेत्रों को मिलाने के लिए अधिकतम अंतर। व्यापक के लिए व्यापक अंतर पर विचार करें
निशान। अधिकतम अंतर न्यूनतम लंबाई से छोटा होना चाहिए (-g). डिफ़ॉल्ट: 100

--d1 गहराई1, --गहराई1 गहराई1
शर्त 1 के लिए अनुक्रमण गहराई (मिलियन में गैर-अनावश्यक रीड्स की संख्या) यह होगी
के साथ प्रयोग किया जाता है --d2. इसके लिए विवरण देखें --d2 उन्हें कैसे असाइन करें, इसके लिए नीचे दिया गया है।
डिफ़ॉल्ट: 1

--d2 गहराई2, --गहराई2 गहराई2
शर्त 2 के लिए अनुक्रमण गहराई (मिलियन में गैर-अनावश्यक रीड्स की संख्या) यह होगी
के साथ प्रयोग किया जाता है --d1. स्केलिंग की गणना के लिए DEPTH1 और DEPTH2 का उपयोग किया जाएगा
प्रत्येक नमूने के लिए कारक, बड़े नमूने को छोटे नमूने के स्तर तक कम करने के लिए।
उदाहरण के लिए, 10 मिलियन स्थिति 1 और 20 मिलियन स्थिति 2 की तुलना करते समय, उपयोग करें
--d1 10 --d2 20, फिर स्थिति 2 के लिए बेडग्राफ़ में पाइलअप मान को विभाजित किया जाएगा
2. डिफ़ॉल्ट: 1

--बाहर बाहर
यदि निर्दिष्ट किया गया है तो सभी आउटपुट फ़ाइलें उस निर्देशिका में लिखी जाएंगी। डिफ़ॉल्ट:
वर्तमान कार्यशील निर्देशिका

--ओ-उपसर्ग ओप्रिफ़िक्स
आउटपुट फ़ाइल उपसर्ग. वास्तविक फ़ाइलों को PREFIX_cond1.bed नाम दिया जाएगा,
PREFIX_cond2.bed और PREFIX_common.bed। के साथ परस्पर अनन्य -o/--फाइल.

-o ओफ़ाइल ओफ़ाइल ओफ़ाइल, --ओफाइल ओफ़ाइल ओफ़ाइल ओफ़ाइल
आउटपुट फ़ाइल नाम. क्रम में तीन तर्क देने होंगे: 1. अद्वितीय क्षेत्रों के लिए फ़ाइल
शर्त 1; 2. शर्त 2 में अद्वितीय क्षेत्रों के लिए फ़ाइल; 3. सामान्य क्षेत्रों के लिए फ़ाइल
दोनों स्थितियों में. नोट: परस्पर अनन्य --ओ-उपसर्ग.

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