macs2_bdgopt - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

macs2_bdgopt - चिप-अनुक्रमण के लिए मॉडल-आधारित विश्लेषण

वर्णन

उपयोग: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {गुणा करें, जोड़ें,p2q}]

[-p [एक्स्ट्रापैरम [एक्स्ट्रापैरम...]]] [--आउटडिर आउटडिर] -o
कार्यालय

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

-i इफ़ाइल, --iफ़ाइल IFILE
बेडग्राफ में एमएसीएस स्कोर। ध्यान दें: यह संपूर्ण को कवर करने वाली एक बेडग्राफ़ फ़ाइल होनी चाहिए
जीनोम. आवश्यक

-m {गुणा करें, जोड़ें, p2q}, --तरीका {गुणा करें, जोड़ें, p2q}
बेडग्राफ फ़ाइल के स्कोर कॉलम को संशोधित करने की विधि। उपलब्ध विकल्प हैं:
गुणा करें, जोड़ें या p2q. 1) गुणा करें, एक्स्ट्रापैरम आवश्यक है और होगा
स्कोर कॉलम में गुणा किया गया। यदि आप स्कोर कॉलम को X से विभाजित करना चाहते हैं, तो इसका उपयोग करें
एक्स्ट्रापैरम के रूप में 1/X का मान। 2) जोड़ें, EXTRAPARAM आवश्यक है और इसमें जोड़ा जाएगा
स्कोर कॉलम. यदि आप स्कोर कॉलम को X से घटाने का इरादा रखते हैं, तो का मान उपयोग करें -X
एक्स्ट्रापैरम के रूप में। 3) p2q, इसका उपयोग करके p-वैल्यू स्कोर को q-वैल्यू स्कोर में बदल दिया जाएगा
बेन्जामिनी-होचबर्ग प्रक्रिया. एक्स्ट्रापैरम की आवश्यकता नहीं है. यह विधि मानती है
स्कोर हैं -लॉग10 MACS2 से पी-मान। किसी अन्य प्रकार के स्कोर का कारण होगा
अप्रत्याशित त्रुटियाँ.

-p [अतिरिक्तपरम [अतिरिक्तपरम...]], --अतिरिक्त-परम [अतिरिक्तपरम [अतिरिक्तपरम...]]
METHOD के लिए अतिरिक्त पैरामीटर. का विवरण जांचें -m विकल्प.

--बाहर बाहर
यदि निर्दिष्ट किया गया है तो सभी आउटपुट फ़ाइलें उस निर्देशिका में लिखी जाएंगी। डिफ़ॉल्ट:
वर्तमान कार्यशील निर्देशिका

-o ओफ़ाइल, --ओफाइल कार्यालय
आउटपुट BEDग्राफ़ फ़ाइल नाम।

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