macs2_callpeak - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

macs2_callpeak - ChIP-अनुक्रमण के लिए मॉडल-आधारित विश्लेषण

वर्णन

उपयोग: macs2 कॉलपीक [-h] -t टीफाइल [टीफाइल ...] [-सी [सीफाइल [सीफाइल ...]]]

[-एफ {ऑटो, बीएएम, सैम, बिस्तर, ईलैंड, एलैंडमल्टी, एलैंडएक्सपोर्ट, बॉटी, बामपे}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n नाम] [-B] [--verbose वर्बोज़] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
बीडब्ल्यू] [-एम एमफोल्ड एमफोल्ड] [--फिक्स-बिमोडल] [--नोमॉडल] [--शिफ्ट शिफ्ट] [--एक्सट साइज
EXTSIZE] [-q QVALUE | -p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad]
[--ब्रॉड-कटऑफ़ ब्रॉडकटऑफ़] [--कटऑफ़-विश्लेषण] [--कॉल-समिट] [--फ़े-कटऑफ़
फेकुटॉफ़]

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

निवेश फ़ाइलों तर्क:
-t टीफ़ाइल [टीफ़ाइल...], --इलाज टीफ़ाइल [टीफ़ाइल...]
ChIP-seq उपचार फ़ाइल। यदि एकाधिक फ़ाइलें '-t AB C' के रूप में दी गई हैं, तो वे
सभी को एक साथ पढ़ा और एकत्र किया जाना चाहिए। आवश्यक।

-c [सीफाइल [सीफाइल ...]], --नियंत्रण [सीफाइल [सीफाइल ...]]
नियंत्रण फ़ाइल। यदि एकाधिक फ़ाइलें '-c AB C' के रूप में दी गई हैं, तो उन्हें पूल किया जाएगा
ChIP-seq पृष्ठभूमि शोर का अनुमान लगाएं.

-f {ऑटो, बीएएम, सैम, बेड, ईलैंड, एलैंडमल्टी, एलैंडएक्सपोर्ट, बॉटी, बाम्पे}, --प्रारूप
{ऑटो, बीएएम, सैम, बिस्तर, ईलैंड, ईलैंडमल्टी, एलैंडएक्सपोर्ट, बॉटी, बाम्पे}
टैग फ़ाइल का प्रारूप, "ऑटो", "बेड" या "ईलैंड" या "ईलैंडमल्टी" या "ईलैंडएक्सपोर्ट" या
"SAM" या "BAM" या "BOWTIE" या "BAMPE"। डिफ़ॉल्ट AUTO विकल्प MACS को निर्णय लेने देगा।
फ़ाइल किस प्रारूप में है. यदि आप चाहें तो कृपया README फ़ाइल में परिभाषा की जाँच करें
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. डिफ़ॉल्ट: "ऑटो"

-g जीएसआईजेई, --gsize जी आकार
प्रभावी जीनोम आकार। यह 1.0e+9 या 1000000000, या मानव के लिए शॉर्टकट:'hs' हो सकता है
(2.7e9), माउस के लिए 'mm' (1.87e9), C. एलिगेंस के लिए 'ce' (9e7) और फ्रूटफ्लाई के लिए 'dm'
(1.2e8), डिफ़ॉल्ट: एचएस

--रखें-डुबकी रखें डुप्लिकेट रखें
यह ठीक उसी स्थान पर डुप्लिकेट टैग के प्रति MACS व्यवहार को नियंत्रित करता है --
समान समन्वय और समान स्ट्रैंड। 'ऑटो' विकल्प MACS को गणना करने देता है
द्विपद वितरण के आधार पर सटीक समान स्थान पर अधिकतम टैग
1e-5 को pvalue कटऑफ के रूप में सेट करें; और 'all' विकल्प सभी टैग्स को बनाए रखता है। यदि कोई पूर्णांक
दिए गए टैग की अधिकतम संख्या एक ही स्थान पर रखी जाएगी। डिफ़ॉल्ट
एक टैग को एक ही स्थान पर रखना है। डिफ़ॉल्ट: 1

--बफर आकार बफर आकार
पठन को संग्रहीत करने के लिए आंतरिक सरणी आकार को क्रमिक रूप से बढ़ाने के लिए बफर आकार
संरेखण जानकारी। अधिकांश मामलों में, आपको इस पैरामीटर को बदलने की आवश्यकता नहीं है।
हालाँकि, यदि आपके शरीर में गुणसूत्रों/कंटिग्स/स्कैफोल्ड्स की संख्या अधिक है, तो
संरेखण, इसे कम करने के लिए एक छोटे बफर आकार को निर्दिष्ट करने की सिफारिश की जाती है
मेमोरी उपयोग (लेकिन संरेखण फ़ाइलों को पढ़ने में अधिक समय लगेगा)। न्यूनतम मेमोरी
संरेखण फ़ाइल पढ़ने के लिए अनुरोधित संख्या लगभग # CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 2 है
बाइट्स. डिफ़ॉल्ट: 100000

उत्पादन तर्क:
--बाहर बाहर
यदि निर्दिष्ट किया गया है तो सभी आउटपुट फ़ाइलें उस निर्देशिका में लिखी जाएंगी। डिफ़ॉल्ट:
वर्तमान कार्यशील निर्देशिका

-n नाम, --नाम नाम
प्रयोग का नाम, जिसका उपयोग आउटपुट फ़ाइल नाम बनाने के लिए किया जाएगा। डिफ़ॉल्ट: "NA"

-B, --बीडीजी
विस्तारित फ़्रेग्मेंट पाइलअप और स्थानीय लैम्ब्डा ट्रैक (दो) को सहेजना है या नहीं
फ़ाइलें) को हर बीपी पर एक बेडग्राफ़ फ़ाइल में डालें। डिफ़ॉल्ट: ग़लत

--शब्दशः वाचाल
रनटाइम संदेश का वर्बोज़ स्तर सेट करें। 0: केवल महत्वपूर्ण संदेश दिखाएं, 1: दिखाएं
अतिरिक्त चेतावनी संदेश, 2: प्रक्रिया की जानकारी दिखाएं, 3: डीबग संदेश दिखाएं।
डिफ़ॉल्ट: 2

--ट्रैकलाइन
MACS को bedGraph फ़ाइलों के साथ ट्रैकलाइन शामिल करने के लिए कहता है। इस ट्रैकलाइन को शामिल करने के लिए
यूसीएससी जीनोम ब्राउज़र पर बेडग्राफ प्रदर्शित करते समय, नाम और विवरण दिखा सकता है
फ़ाइल भी। हालाँकि मेरा सुझाव है कि bedGraph को bigWig में बदलें, फिर दिखाएँ
यूसीएससी जीनोम ब्राउज़र पर छोटी और तेज़ बाइनरी बिगविग फ़ाइल, साथ ही
डाउनस्ट्रीम विश्लेषण की आवश्यकता है। -B सेट किया जाना है। डिफ़ॉल्ट: ट्रैकलाइन शामिल नहीं है।

--एसपीएमआर यदि सत्य है, तो MACS फ्रेगमेंट पाइलअप प्रोफाइल के लिए प्रति मिलियन रीड्स सिग्नल को सहेजेगा।
आवश्यकता होती है -B सेट किया जाना है। डिफ़ॉल्ट: गलत

स्थानांतरण आदर्श तर्क:
-s आकार, --tsize आकार
टैग आकार। यह स्वतः पहचाने गए टैग आकार को ओवरराइड कर देगा। डिफ़ॉल्ट: सेट नहीं

--बीडब्ल्यू BW
खंड आकार की गणना करने के लिए क्षेत्रों को चुनने के लिए बैंड की चौड़ाई। यह मान केवल उपयोग किया जाता है
स्थानांतरण मॉडल का निर्माण करते समय। डिफ़ॉल्ट: 300

-m एमफोल्ड एमफोल्ड, --mfold एमफोल्ड एमफोल्ड
उच्च आत्मविश्वास संवर्धन अनुपात के एमएफओएलडी रेंज के भीतर के क्षेत्रों का चयन करें
मॉडल बनाने के लिए पृष्ठभूमि। क्षेत्रों में तह-संवर्धन ऊपरी से कम होना चाहिए
सीमा, और निचली सीमा से अधिक। "-एम 10 30" के रूप में प्रयोग करें। डिफ़ॉल्ट: 5 50

--फिक्स-बायमोडल
क्या ऑटो पेयर मॉडल प्रक्रिया चालू है? अगर सेट किया गया है, तो जब MACS बनाने में विफल हो जाए
युग्मित मॉडल, यह नोमॉडल सेटिंग्स का उपयोग करेगा, --एक्ससाइज़ विस्तार करने के लिए पैरामीटर
प्रत्येक टैग 3' दिशा की ओर है। इस स्वचालित निर्धारण का उपयोग न करें, यह एक डिफ़ॉल्ट है
व्यवहार अभी. डिफ़ॉल्ट: ग़लत

--नोमॉडल
शिफ्टिंग मॉडल बनाना है या नहीं। अगर सही है, तो MACS मॉडल नहीं बनाएगा।
डिफ़ॉल्ट रूप से इसका मतलब है आकार = 100 बदलना, इसे बदलने के लिए extsize सेट करने का प्रयास करें। डिफ़ॉल्ट:
झूठा

--खिसक जाना SHIFT
(विरासत नहीं --शिफ्टसाइज़ विकल्प!) रक्तचाप में मनमाना बदलाव। विवेक का प्रयोग करें
इसे डिफ़ॉल्ट मान के अलावा किसी अन्य मान पर सेट करते समय। जब NOMODEL सेट किया जाता है, तो MACS इसका उपयोग करेगा
कटिंग सिरों (5') को 5'->3' दिशा की ओर ले जाने के लिए मान, फिर EXTSIZE लागू करें
उन्हें टुकड़ों तक बढ़ाएँ। जब यह मान ऋणात्मक होता है, तो सिरे की ओर ले जाया जाएगा
3'->5' दिशा। ChIP-Seq डेटासेट के लिए इसे डिफ़ॉल्ट 0 के रूप में रखने की अनुशंसा की जाती है, या -1
* समृद्ध कटिंग लोकी का पता लगाने के लिए EXTSIZE विकल्प के साथ EXTSIZE का आधा भाग
जैसे कि कुछ DNAseI-Seq डेटासेट। ध्यान दें, अगर
युग्मित-अंत डेटा के लिए प्रारूप BAMPE है। डिफ़ॉल्ट: 0.

--extsize विस्तार
मनमाना एक्सटेंशन आकार (bp में)। जब nomodel सत्य हो, तो MACS इस मान का उपयोग करेगा।
प्रत्येक रीड को 3' के अंत तक बढ़ाने के लिए टुकड़ों के आकार के अनुसार, फिर उन्हें ढेर कर दें। यह
अप्रचलित SHIFTSIZE की संख्या का ठीक दोगुना। पिछली भाषा में, प्रत्येक रीड
5'->3' दिशा में 1/2 दिन तक टुकड़े के मध्य तक ले जाया गया, फिर दोनों तक बढ़ाया गया
1/2 डी के साथ दिशा। यह कहने के बराबर है कि प्रत्येक रीड को आगे बढ़ाया जाता है
विज्ञापन आकार खंड में 5'->3'। डिफ़ॉल्ट: 200। EXTSIZE और SHIFT को तब संयोजित किया जा सकता है जब
आवश्यक है. SHIFT विकल्प की जाँच करें.

शिखर बुला तर्क:
-q क्यूवैल्यू, --qvalue क्यूवैल्यू
शिखर संसूचन के लिए न्यूनतम FDR (q-मान) कटऑफ. डिफ़ॉल्ट: 0.05. -q, तथा -p रहे
परस्पर अनन्य।

-p पीवैल्यू, --pvalue पीमूल्य
शिखर संसूचन के लिए Pvalue कटऑफ. डिफ़ॉल्ट: सेट नहीं. -q, तथा -p परस्पर हैं
अनन्य। यदि pvalue कटऑफ सेट है, तो qvalue की गणना नहीं की जाएगी और रिपोर्ट नहीं की जाएगी
-1 अंतिम .xls फ़ाइल में.

--से-बड़ा
जब सेट हो जाए, तो छोटे नमूने को बड़े नमूने तक बढ़ाएँ। डिफ़ॉल्ट रूप से, बड़ा
डेटासेट को छोटे डेटासेट की ओर छोटा किया जाएगा, जिससे डेटासेट छोटा हो जाएगा
p/q मान और अधिक विशिष्ट परिणाम। ध्यान रखें कि स्केलिंग कम करने से
पृष्ठभूमि शोर अधिक. डिफ़ॉल्ट: गलत

--अनुपात अनुपात
जब सेट किया जाए, तो ChIP/नियंत्रण के कस्टम स्केलिंग अनुपात का उपयोग करें (उदाहरण के लिए NCIS का उपयोग करके गणना की गई)
रैखिक स्केलिंग के लिए। डिफ़ॉल्ट: ingore

--डाउन-सैंपल
सेट होने पर, यादृच्छिक नमूनाकरण विधि बड़े नमूने को छोटा कर देगी। डिफ़ॉल्ट रूप से,
MACS रैखिक स्केलिंग का उपयोग करता है। चेतावनी: यह विकल्प आपके परिणाम को अस्थिर और
अप्रतिलिपिकरणीय क्योंकि हर बार, यादृच्छिक रीड्स का चयन किया जाएगा। उपयोग करने पर विचार करें
इसके बजाय 'randsample' स्क्रिप्ट का उपयोग करें। यदि साथ में प्रयोग किया जाए तो --एसपीएमआर, 1
लाखों अद्वितीय रीड्स को यादृच्छिक रूप से चुना जाएगा। सावधानी: के कारण
कार्यान्वयन, चयनित रीड्स की अंतिम संख्या आपकी अपेक्षा के अनुरूप नहीं हो सकती है!
डिफ़ॉल्ट: गलत

--बीज बीज
डेटा का नमूना लेते समय यादृच्छिक बीज सेट करें। में एक गैर-नकारात्मक पूर्णांक होना चाहिए
प्रभावी होने का आदेश. डिफ़ॉल्ट: सेट नहीं

--नोलैम्ब्डा
यदि सत्य है, तो MACS प्रत्येक शिखर के लिए स्थानीय लैम्ब्डा के रूप में निश्चित पृष्ठभूमि लैम्ब्डा का उपयोग करेगा
क्षेत्र। सामान्यतः, MACS स्थानीय पूर्वाग्रह को प्रतिबिंबित करने के लिए एक गतिशील स्थानीय लैम्ब्डा की गणना करता है
संभावित क्रोमेटिन संरचना के कारण।

--स्थानीय स्मॉललोकल
गतिशील लैम्ब्डा की गणना करने के लिए बेसपेयर में छोटा निकटवर्ती क्षेत्र। इसका उपयोग निम्न के लिए किया जाता है
शिखर शिखर क्षेत्र के निकट पूर्वाग्रह को कैप्चर करें। यदि कोई नियंत्रण डेटा नहीं है तो अमान्य है।
यदि आप इसे 0 पर सेट करते हैं, तो MACS slocal लैम्ब्डा गणना को छोड़ देगा। *ध्यान दें* कि MACS
हमेशा d-आकार की स्थानीय लैम्ब्डा गणना करेगा। अंतिम स्थानीय पूर्वाग्रह
d, slocal, और llocal आकार विंडो से लैम्ब्डा मान का अधिकतम मान हो।
डिफ़ॉल्ट: 1000

--स्थानीय बड़े स्थानीय
गतिशील लैम्ब्डा की गणना करने के लिए बेसपेयर में बड़ा निकटवर्ती क्षेत्र। इसका उपयोग निम्न के लिए किया जाता है
सराउंड बायस को कैप्चर करें। यदि आप इसे 0 पर सेट करते हैं, तो MACS llocal lambda को छोड़ देगा
गणना। *ध्यान दें* कि MACS हमेशा d-आकार का स्थानीय लैम्ब्डा निष्पादित करेगा
गणना। अंतिम स्थानीय पूर्वाग्रह d से लैम्ब्डा मान का अधिकतम होना चाहिए,
slocal, और llocal आकार विंडो. डिफ़ॉल्ट: 10000.

--चौड़ा
यदि सेट किया गया है, तो MACS निकटवर्ती अत्यधिक समृद्ध क्षेत्रों को जोड़कर व्यापक चोटियों को कॉल करने का प्रयास करेगा
क्षेत्रों को जोड़ने वाले क्षेत्र को एक अन्य कटऑफ द्वारा नियंत्रित किया जाता है
--लिंकिंग-कटऑफअधिकतम लिंकिंग क्षेत्र की लंबाई MACS से d की 4 गुना है।
डिफ़ॉल्ट: गलत

--ब्रॉड-कटऑफ ब्रॉडकटऑफ
विस्तृत क्षेत्र के लिए कटऑफ। यह विकल्प तब तक उपलब्ध नहीं है जब तक --चौड़ा सेट है। अगर -p
सेट है, तो यह pvalue कटऑफ़ है, अन्यथा, यह qvalue कटऑफ़ है। डिफ़ॉल्ट: 0.1

--कटऑफ-विश्लेषण
सेट होने पर, MACS2 उन चोटियों की संख्या या कुल लंबाई का विश्लेषण करेगा जिन्हें बुलाया जा सकता है
अलग-अलग पी-वैल्यू कटऑफ फिर उपयोगकर्ता को बेहतर निर्णय लेने में मदद करने के लिए एक सारांश तालिका आउटपुट करें
कटऑफ़। तालिका NAME_cutoff_analysis.txt फ़ाइल में सहेजी जाएगी। ध्यान दें, minlen और
अधिकतम अंतराल (maxgap) परिणामों को प्रभावित कर सकता है। चेतावनी: इसे पूरा होने में लगभग 30 गुना अधिक समय लग सकता है।
डिफ़ॉल्ट: गलत

प्रोसेसिंग के बाद विकल्प हैं:
--कॉल-शिखर सम्मेलन
यदि सेट किया गया है, तो MACS पता लगाने के लिए अधिक परिष्कृत सिग्नल प्रोसेसिंग दृष्टिकोण का उपयोग करेगा
प्रत्येक समृद्ध शिखर क्षेत्र में उप-शिखर शिखर। डिफ़ॉल्ट: गलत

--fe-कटऑफ फेकुटॉफ़
जब सेट किया जाता है, तो मान का उपयोग कम गुना-संवर्धन वाले शिखरों को फ़िल्टर करने के लिए किया जाएगा।
ध्यान दें, MACS2 फ़ोल्ड-एनरिचमेंट की गणना करते समय छद्म गणना के रूप में 1.0 का उपयोग करता है। डिफ़ॉल्ट: 1.0

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