यह कमांड macs2 है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
macs2 - macs2 - चिप-अनुक्रमण के लिए मॉडल-आधारित विश्लेषण
वर्णन
उपयोग: macs2 [-h] [--संस्करण]
{कॉलपीक, बीडीजीपीककॉल, बीडीजीब्रॉडकॉल, बीडीजीसीएमपी, बीडीगोप्ट, सीएमब्रेप्स, बीडीजीडिफ, फिल्टरडुप, प्रेडिक्टड, पाइलअप, रैंडसैंपल, रिफाइनपीक}
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macs2 -- चिप-अनुक्रमण के लिए मॉडल-आधारित विश्लेषण
अवस्था का तर्क:
{कॉलपीक, बीडीजीपीककॉल, बीडीजीब्रॉडकॉल, बीडीजीसीएमपी, बीडीगोप्ट, सीएमब्रेप्स, बीडीजीडिफ, फिल्टरडुप, प्रेडिक्टड, पाइलअप, रैंडसैंपल, रिफाइनपीक}
कॉलपीक
मुख्य MACS2 फ़ंक्शन: संरेखण परिणामों से कॉल शिखर।
bdgpeak
बेडग्राफ़ आउटपुट से कॉल शिखर। नोट: सभी क्षेत्र एक ही गुणसूत्र पर हैं
बेडग्राफ़ फ़ाइल निरंतर होनी चाहिए इसलिए केवल MACS2 से बेडग्राफ़ फ़ाइलें ही हैं
स्वीकार्य
bdgbroadcall
बेडग्राफ़ आउटपुट से व्यापक शिखरों को कॉल करें। नोट: सभी क्षेत्र एक ही गुणसूत्र पर हैं
बेडग्राफ़ फ़ाइल निरंतर होनी चाहिए इसलिए केवल MACS2 से बेडग्राफ़ फ़ाइलें ही हैं
स्वीकार्य
bdgcmp बेडग्राफ़ में दो सिग्नल ट्रैक की तुलना करके शोर कम करें। नोट: सभी क्षेत्र
बेडग्राफ़ फ़ाइल में समान गुणसूत्र निरंतर होना चाहिए इसलिए केवल बेडग्राफ़ फ़ाइलें
MACS2 से स्वीकार्य हैं.
बेडग्राफ़ फ़ाइल के स्कोर कॉलम पर bdgopt संचालन। नोट: सभी क्षेत्र समान हैं
बेडग्राफ़ फ़ाइल में क्रोमोसोम निरंतर होना चाहिए इसलिए केवल बेडग्राफ़ फ़ाइलें ही होनी चाहिए
MACS2 स्वीकार्य हैं.
cmbreps
प्रतिकृतियों से प्राप्तांकों के BEDग्राफ़ों को संयोजित करें। नोट: सभी क्षेत्र समान हैं
बेडग्राफ़ फ़ाइल में क्रोमोसोम निरंतर होना चाहिए इसलिए केवल बेडग्राफ़ फ़ाइलें ही होनी चाहिए
MACS2 स्वीकार्य हैं.
bdgdiff
युग्मित चार बेडग्राफ़ फ़ाइलों के आधार पर विभेदक शिखर का पता लगाना। नोट: सभी क्षेत्र
बेडग्राफ फ़ाइल में एक ही गुणसूत्र पर निरंतर होना चाहिए इसलिए केवल बेडग्राफ
MACS2 की फ़ाइलें स्वीकार्य हैं।
फ़िल्टरडुप
डुप्लिकेट रीड्स को उसी स्थिति में हटाएं, फिर स्वीकार्य प्रारूप को BED में बदलें
प्रारूप.
भविष्यवाणी की
संरेखण परिणामों से डी या टुकड़े के आकार की भविष्यवाणी करें। *डुप्लिकेट को फ़िल्टर नहीं किया जाएगा*
पाइलअप पाइलअप को किसी दिए गए एक्सटेंशन आकार (एमएसीएस में खंड आकार या डी) के साथ संरेखित किया गया है
भाषा)। ध्यान दें कि डुप्लिकेट रीड फ़िल्टरिंग या अनुक्रमण के लिए कोई चरण नहीं होगा
गहराई स्केलिंग, इसलिए आपको कुछ पूर्व/पोस्टप्रोसेसिंग करने की आवश्यकता हो सकती है।
रैंडसैंपल
कुल पढ़ने की संख्या/प्रतिशत का बेतरतीब ढंग से नमूना लें।
रिफाइनपीक
(प्रायोगिक) कच्चे रीड संरेखण लें, शिखर शिखर को परिष्कृत करें और स्कोर दें
वेस्टन/क्रिक टैग का संतुलन मापना। एसपीपी से प्रेरित.
वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें
--संस्करण
कार्यक्रम का संस्करण संख्या दिखाएं और बाहर निकलें
प्रत्येक कमांड के कमांड लाइन विकल्पों के लिए, टाइप करें: macs2 COMMAND -h
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