मैकसीफाइंडर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मैकसीफाइंडर - मैकसीफाइंडर 1.0.2 के लिए मैनुअल पेज

वर्णन

उपयोग: मैकसीफाइंडर [-एच] [--अनुक्रम-डीबी SEQUENCE_DB]

[--डीबी-प्रकार {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--प्रतिकृति-टोपोलॉजी {रैखिक,वृत्ताकार}] [--टोपोलॉजी-फ़ाइल TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--इंटर-जीन-मैक्स-स्पेस INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--न्यूनतम-अनिवार्य-जीन-आवश्यक MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--न्यूनतम-जीन-आवश्यक MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--अधिकतम-nb-जीन MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--मल्टी-लोकी
MULTI_LOCI] [--हम्मर HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-मान-खोज
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--कवरेज-प्रोफ़ाइल COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--प्रोफ़ाइल-प्रत्यय PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--पिछला-रन PREVIOUS_RUN] सिस्टम [सिस्टम ...]

MacSyFinder डिडर्म बैक्टीरिया के प्रोटीन स्राव प्रणालियों का पता लगाने के लिए एक उपकरण है
एक प्रोटीन डेटासेट से.

अवस्था का तर्क:
सिस्टम
पता लगाने के लिए सिस्टम. यह एक अनिवार्य विकल्प है जिसमें कोई कीवर्ड संबद्ध नहीं है
यह। सभी प्रोटीन स्राव प्रणालियों और संबंधित उपांगों का पता लगाने के लिए: पर सेट करें
"सभी" (केस असंवेदनशील)। अन्यथा, एक या एकाधिक सिस्टम निर्दिष्ट किए जा सकते हैं।
उदाहरण के लिए: "T2SS T4P"।

वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें

निवेश डाटासेट विकल्प हैं:
--अनुक्रम-डीबी अनुक्रम_डीबी
फास्टा प्रारूप में अनुक्रम डेटासेट का पथ।

--डीबी-प्रकार {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
निपटने के लिए डेटासेट का प्रकार. "unordered_replicon" a से मेल खाता है
गैर-इकट्ठे जीनोम, मेटागेनोमिक डेटासेट के लिए "अव्यवस्थित", "ऑर्डर_रेप्लिकॉन"
एक इकट्ठे जीनोम, और प्रतिकृतियों के एक सेट के लिए "जेमबेस" जहां अनुक्रम पहचानकर्ता हैं
इस परिपाटी का पालन करें: ">RepliconName SequenceID"।

--प्रतिकृति-टोपोलॉजी {रैखिक,वृत्ताकार}
प्रतिकृतियों की टोपोलॉजी (यह विकल्प तभी सार्थक है जब db_type है
'ordered_replicon' या 'gembase'।

--टोपोलॉजी-फ़ाइल टोपोलॉजी_फ़ाइल
टोपोलॉजी फ़ाइल पथ. टोपोलॉजी फ़ाइल किसी को टोपोलॉजी (रैखिक या) निर्दिष्ट करने की अनुमति देती है
परिपत्र) प्रत्येक प्रतिकृति के लिए (यह विकल्प तभी सार्थक है जब db_type है
'ordered_replicon' या 'gembase'। एक टोपोलॉजी फ़ाइल दो के साथ एक सारणीबद्ध फ़ाइल है
कॉलम: पहला प्रतिकृति नाम है, और दूसरा संबंधित टोपोलॉजी है:
"रेप्लिकॉनए लीनियर"

--idx अनुक्रम डेटासेट के लिए अनुक्रमणिका बनाने के लिए बाध्य करता है, भले ही वे पहले थे
गणना की गई और डेटासेट स्थान पर प्रस्तुत किया गया (डिफ़ॉल्ट = ग़लत)

सिस्टम खोज विकल्प हैं:
--इंटर-जीन-मैक्स-स्पेस INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
सह-स्थानीयकरण मानदंड: किसी प्रोफ़ाइल से मेल न खाने वाले घटकों की अधिकतम संख्या
उन्हें सन्निहित माने जाने के लिए दो मिलान किए गए घटकों के बीच अनुमति दी गई है। विकल्प
केवल 'ऑर्डर किए गए' डेटासेट के लिए अर्थपूर्ण। पहला मान किसी सिस्टम से मेल खाना चाहिए
कई घटकों के बाद दूसरा। इस विकल्प को कई बार दोहराया जा सकता है:
"--इंटर-जीन-मैक्स-स्पेस टी2एसएस 12 --इंटर-जीन-मैक्स-स्पेस फ्लैगेलम 20"

--न्यूनतम-अनिवार्य-जीन-आवश्यक MIN_MANDATORY_GENES_आवश्यक MIN_MANDATORY_GENES_आवश्यक
सिस्टम मूल्यांकन के लिए आवश्यक अनिवार्य जीन की न्यूनतम संख्या। पहला
मान को सिस्टम नाम के अनुरूप होना चाहिए, दूसरा मान किसी पूर्णांक के अनुरूप होना चाहिए। इस विकल्प
कई बार दोहराया जा सकता है: "--मिनअनिवार्य-जीन-आवश्यक T2SS 15
--न्यूनतम-अनिवार्यजीन-आवश्यक फ्लैगेलम 10"

--मिन-जीन-आवश्यक MIN_GENES_आवश्यक MIN_GENES_आवश्यक
सिस्टम मूल्यांकन के लिए आवश्यक जीन की न्यूनतम संख्या (दोनों शामिल हैं)।
'अनिवार्य' और 'सहायक' घटक)। पहला मान a के अनुरूप होना चाहिए
सिस्टम नाम, पूर्णांक का दूसरा मान। इस विकल्प को कई बार दोहराया जा सकता है
समय: "--न्यूनतम-जीन आवश्यक T2SS 15 --मिन-जीन-आवश्यक फ्लैगेलम 10"

--मैक्स-एनबी-जीन MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
सिस्टम मूल्यांकन के लिए आवश्यक जीन की अधिकतम संख्या। पहला मान अवश्य होना चाहिए
एक सिस्टम नाम के अनुरूप, एक पूर्णांक का दूसरा मान। यह विकल्प हो सकता है
कई बार दोहराया गया: "--max-nb-genes T2SS 5 --मैक्स-एनबी-जीन फ्लैगेलम 10

--मल्टी-लोकी बहु_LOCI
निर्दिष्ट सिस्टम के लिए मल्टी-लोकी सिस्टम के भंडारण की अनुमति दें। सिस्टम हैं
अल्पविराम से अलग की गई सूची के रूप में निर्दिष्ट (--मल्टी-लोकी sys1,sys2) डिफ़ॉल्ट गलत है

ऑप्शंस एसटी हम्मर निष्पादन और हिट छानना:
--हम्मर HMMER_EXE
हम्मर कार्यक्रम का पथ.

--सूचकांक-डीबी INDEX_DB_EXE
हम्मर के लिए उपयोग किया जाने वाला इंडेक्सर। मान या तो 'makeblastdb' या हो सकता है
'formatdb' या इन बाइनरी में से किसी एक का पथ (डिफ़ॉल्ट = मेकब्लास्टबी)

--ई-मूल्य-खोज E_VALUE_RES
हम्मर खोज के दौरान रिपोर्ट किए जाने वाले हिट के लिए अधिकतम ई-मूल्य। (डिफ़ॉल्ट = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
सिस्टम डिटेक्शन के लिए हम्मर हिट्स के लिए अधिकतम स्वतंत्र ई-वैल्यू का चयन किया जाना है।
(डिफ़ॉल्ट = 0.001)

--कवरेज-प्रोफ़ाइल COVERAGE_PROFILE
हिट चयन की अनुमति देने के लिए हिट संरेखण में न्यूनतम प्रोफ़ाइल कवरेज आवश्यक है
सिस्टम का पता लगाने के लिए. (डिफ़ॉल्ट = 0.5)

पथ विकल्प हैं:
-d DEF_DIR, --डीईएफ़ DEF_DIR
सिस्टम परिभाषा फ़ाइलों का पथ.

-o OUT_DIR, --आउट-दिरो OUT_DIR
उस निर्देशिका का पथ जहां परिणाम संग्रहीत करना है। यदि आउटडिर को res-search-dir निर्दिष्ट किया गया है
नजरअंदाज कर दिया जाएगा।

-r RES_SEARCH_DIR, --res-खोज-dir RES_SEARCH_DIR
उस निर्देशिका का पथ जहां MacSyFinder खोज परिणाम निर्देशिकाओं को संग्रहीत करना है
(डिफ़ॉल्ट वर्तमान कार्यशील निर्देशिका)।

--रेस-खोज-प्रत्यय RES_SEARCH_SUFFIX
हम्मर कच्ची आउटपुट फ़ाइलों को देने के लिए प्रत्यय।

--रेस-अर्क-प्रत्यय RES_EXTRACT_SUFFIX
फ़िल्टर किए गए हिट आउटपुट फ़ाइलों को देने के लिए प्रत्यय।

-p प्रोफ़ाइल_डीआईआर, --प्रोफ़ाइल-dir प्रोफ़ाइल_डीआईआर
प्रोफ़ाइल निर्देशिका का पथ.

--प्रोफ़ाइल-प्रत्यय प्रोफ़ाइल_प्रत्यय
प्रोफ़ाइल फ़ाइलों का प्रत्यय. प्रत्येक 'जीन' तत्व के लिए, संबंधित प्रोफ़ाइल है
'profile_dir' में एक फ़ाइल में खोजा गया, जिसका नाम जीन नाम + पर आधारित है
प्रोफ़ाइल प्रत्यय. उदाहरण के लिए, यदि जीन का नाम 'जीएसपीजी' है और प्रत्यय है
'.hmm3', तो प्रोफ़ाइल को निर्दिष्ट स्थान पर रखा जाना चाहिए और नाम दिया जाना चाहिए
'जीएसपीजी.हम्म3'

सामान्य जानकारी विकल्प हैं:
-w कार्यकर्ता_एनबी, --कर्मचारी कार्यकर्ता_एनबी
MacSyFinder द्वारा उपयोग किए जाने वाले श्रमिकों की संख्या। मामले में उपयोगकर्ता चलाना चाहता है
MacSyFinder मल्टीथ्रेड मोड में। (0 मतलब सभी कोर का उपयोग किया जाएगा, डिफ़ॉल्ट 1)

-v, --वर्बोसिटी
वाचालता स्तर को बढ़ाता है। 4 स्तर हैं: त्रुटि संदेश (डिफ़ॉल्ट),
चेतावनी (-v), जानकारी (-वीवी) और डीबग.(-वीवीवी)

--लॉग बोटा दस्तावेज
उस निर्देशिका का पथ जहां 'macsyfinder.log' लॉग फ़ाइल को संग्रहीत करना है।

--कॉन्फ़िगरेशन CFG_फ़ाइल
उपयोग की जाने वाली अनुमानित MacSyFinder कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल का पथ।

--पिछला-रन पिछला_रन
पिछली MacSyFinder रन निर्देशिका का पथ। यह किसी को हम्मर को छोड़ने की अनुमति देता है
उसी डेटासेट पर खोज चरण, क्योंकि यह पिछले रन परिणामों और इस प्रकार पैरामीटर का उपयोग करता है
हम्मर का पता लगाने के संबंध में। इस पिछले रन से कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल होगी
इस्तेमाल किया गया। (विकल्पों के साथ संघर्ष --कॉन्फ़िगरेशन, --अनुक्रम-डीबी, --प्रोफ़ाइल-प्रत्यय,
--resextract-प्रत्यय, --ई-मूल्य-रेस, --डीबी-प्रकार, --हम्मर)

अधिक विवरण के लिए, MacSyFinder वेबसाइट पर जाएँ और MacSyFinder दस्तावेज़ देखें।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन macsyfinder का उपयोग करें