मैप्डकवरेज - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

sim4dbutils - sim4db-जनित संरेखण फ़ाइलों के साथ काम करने के लिए उपयोगिताएँ

कन्वर्टपोलिश - sim4db और GFF3 प्रारूपों के बीच कनवर्ट करें
फ़िल्टरपोलिश - अनुक्रम पहचान, कवरेज और लंबाई के आधार पर फ़िल्टर संरेखण।
मर्जपॉलिश - कई फाइलों से संरेखण मर्ज करें
सॉर्टपॉलिश - सीडीएनए या जीनोमिक अनुक्रम सूचकांक या अनुक्रम नाम द्वारा संरेखण को क्रमबद्ध करें
ConvertToExtent - sim4db प्रारूप से एकल-पंक्ति टैब-सीमांकित प्रारूप में कनवर्ट करें
fixPolishesIID - एक विशिष्ट फास्टा फ़ाइल के अनुक्रम अनुक्रमणिका का उपयोग करने के लिए एक sim4db फ़ाइल को अद्यतन करता है।
sim4db फ़ाइल से संरेखण का एक सबसेट निकालने के लिए भी इस्तेमाल किया जा सकता है।
डेप्थऑफपॉलिश - विभिन्न पर पॉलिश की गहराई का एक टैब-सीमांकित हिस्टोग्राम आउटपुट करता है
खिड़की के आकार।
हेडपॉलिश - फ़ाइल में पहले एन संरेखण को प्रिंट करें, जैसे सिर(1)
पिकबेस्टपोलिश - प्रत्येक सीडीएनए के लिए केवल 'सर्वश्रेष्ठ' संरेखण की रिपोर्ट करें
पिकयूनिकपोलिश - उन संरेखणों की रिपोर्ट करता है जहां के लिए एक स्पष्ट एकल सर्वोत्तम संरेखण है
प्रत्येक सीडीएनए।
प्लॉट कवरेज बनाम पहचान - उत्पन्न करता है (1) प्रतिशत पहचान का एक हिस्टोग्राम, (2) ए
प्रतिशत कवरेज का हिस्टोग्राम, और (3) प्रतिशत पहचान और कवरेज की सूची (के लिए
स्कैटर प्लॉट में उपयोग करें)।
uniqPolishes - कई संरेखण (-uniq) के साथ सीडीएनए के लिए सभी संरेखण को फ़िल्टर करता है या
एकल संरेखण (-डुप्ल) के साथ। के समान यूनीक(1)
realignPolishes - sim4db फ़ाइल में सूचीबद्ध संरेखणों की पुनर्गणना करें।
ReportAlignmentDifferences - के एक सेट में त्रुटियों के प्रकार का एक हिस्टोग्राम उत्पन्न करता है
संरेखण असमर्थित और पदावनत
तुलना पॉलिश - दो फाइलों में संरेखण को सहसंबंधित करें।
ConvertToAtac - sim4db फॉर्मेट से ATAC फॉर्मेट में कनवर्ट करता है।
डिटेक्टचिमेरा - उन अनुक्रमों के लिए संरेखण की जांच करता है जो काइमरिक हो सकते हैं।
mappedCoverage - क्वेरी अनुक्रम (ईएसटी, सीडीएनए) की मात्रा की रिपोर्ट करता है जो द्वारा कवर किया गया है
संरेखण।
parseSNP - एसएनपी के लिए संरेखण का विश्लेषण करता है।
हटाएं डुप्लीकेट - डुप्लिकेट संरेखण के लिए इनपुट खोजता है।
vennPolishes - कई sim4db फ़ाइलों के लिए एक वेन आरेख उत्पन्न करता है। प्रयुक्त के भीतर by
ईएसटीमैपर क्लीनपोलिश
संक्षेप पोलिश

वर्णन

इन कार्यक्रमों के साथ काम करने के लिए उपयोगिताओं की एक श्रृंखला है सिम4डीबी(1) - जनरेट की गई संरेखण फाइलें।

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