मेरिल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मेरिल - इन- और आउट-ऑफ-कोर किमी काउंटिंग और यूटिलिटीज

SYNOPSIS

आकलन स्मृति आवश्यकताओं
मेरील -P -m किमीर्साइज़ [-c #] [-p] -s सेक.फास्टा

मेरील -P -m किमीर्साइज़ [-c #] [-p] -n मर्ककाउंट

इमारत a तालिका
मेरील -B -m किमीर्साइज़ [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L छोटी घटना] [-U अधिकतम घटना]
[-धागे n | {-खंड खंड | -स्मृति मेगाबाइट} [-कॉन्फिगबैच [-sge कार्य नाम]]]
-s सेक.फास्टा -o tblprefix

मेरील -काउंटबैच संख्या [-सगेबिल्ड "qsuboptionstring"] -o tblprefix

मेरील -मर्जबैच संख्या [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

प्रदर्शन आपरेशनों on a तालिका
मेरील -M आपरेशन [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o उत्पादन

उतारना a तालिका
मेरील -धू -s tblprefix

मेरील -डीटी -n मिनकाउंट -s tblprefix

वर्णन

मेरील जीनोमिक अनुक्रमों की kmer सामग्री की गणना करता है। Kmer सामग्री को a . के रूप में दर्शाया गया है
किमी की सूची और इनपुट अनुक्रमों में प्रत्येक बार कितनी बार होता है। किमीर हो सकता है
केवल फॉरवर्ड किमीर तक सीमित, केवल रिवर्स किमीर, या विहित किमी
(प्रत्येक स्थान पर फॉरवर्ड और रिवर्स किमीर से लेक्सिकोग्राफ़िक रूप से छोटा)। मेरील कर सकते हैं
गणना के हिस्टोग्राम, किमी की सूची और उनकी गणना की रिपोर्ट करें, या प्रदर्शन कर सकते हैं
संसाधित डेटा फ़ाइलों पर गणितीय और सेट संचालन।

का उत्पादन मेरील दो बाइनरी फाइलें हैं, जिन्हें मेरिल डेटाबेस कहा जाता है, जिन्हें जल्दी से किया जा सकता है
गणनाओं का हिस्टोग्राम, या वास्तविक गणना प्रदान करने के लिए डंप किया गया। एक सी ++ पुस्तकालय की आपूर्ति की जाती है
फाइलों तक सीधी पहुंच के लिए।

विकल्प

-P स्मृति आवश्यकताओं का अनुमान लगाएं। एक अनुक्रम फ़ाइल को देखते हुए (-s) या पर एक ऊपरी सीमा
फ़ाइल में mers की संख्या (-n), तालिका आकार की गणना करें (-t निर्माण में) कम करने के लिए
स्मृति उपयोग। यह मोड निम्नलिखित विकल्पों को पहचानता है:

-m # एक मेर का आकार (आवश्यक)

-c # होमोपोलिमर संपीड़न (वैकल्पिक)

-p पदों को सक्षम करें

-s सेक.फास्टा
मेर्स की संख्या निर्धारित करने के लिए स्कैन की जाने वाली अनुक्रम फ़ाइल

-n # इसमें कई mers के साथ फ़ाइल मानने वाले पैरा की गणना करें

केवल एक -s, -n निर्दिष्ट करने की आवश्यकता है। यदि दोनों दिए गए हैं, -s प्राथमिकता लेता है।

-B अनुक्रम फ़ाइल दी गई मेर-गिनती तालिकाओं की गणना करें (-s) और बहुत सारे पैरामीटर। द्वारा
डिफ़ॉल्ट रूप से, दोनों किस्में संसाधित होती हैं।

-f केवल फॉरवर्ड स्ट्रैंड के लिए निर्माण करें

-r केवल रिवर्स स्ट्रैंड के लिए निर्माण करें

-C कैनोनिकल मेर्स का उपयोग करें (दोनों किस्में मानते हैं)

-L # # बार से कम होने वाले mers को सेव न करें

-U # # बार से अधिक होने वाले mers को सेव न करें

-m # एक मेर का आकार (आवश्यक)

-c # होमोपोलिमर संपीड़न (वैकल्पिक)

-p पदों को सक्षम करें

-s सेक.फास्टा
तालिका बनाने का क्रम

-o tblprefix
आउटपुट टेबल उपसर्ग

-v उपयोगकर्ता का मनोरंजन करें

RSI मेरील प्रक्रिया एक बड़े मेमोरी बैच में, कई छोटे मेमोरी बैचों में चल सकती है,
या SGE नियंत्रण के तहत, सभी कई CPU कोर के साथ या बिना उपयोग किए। डिफ़ॉल्ट रूप से,
गणना एक बड़ी अनुक्रमिक प्रक्रिया के रूप में की जाती है। मल्टी-थ्रेडेड ऑपरेशन
संभव है, अतिरिक्त मेमोरी खर्च पर, जैसा कि खंडित ऑपरेशन है, अतिरिक्त पर
आई / ओ खर्च।

लड़ी पिरोया हुआ आपरेशन
गिनती को लगभग समान आकार के टुकड़ों में विभाजित करें। यह एक अतिरिक्त . का उपयोग करता है
एच एमबी (से -P) प्रति धागा।

-धागे n
उपयोग n बनाने के लिए धागे

खंडित, क्रमबद्ध आपरेशन
गिनती को टुकड़ों में विभाजित करें जो कि m MB से अधिक में फिट नहीं होंगे
मेमोरी, या n बराबर आकार के टुकड़ों में। प्रत्येक टुकड़े की गणना क्रमिक रूप से की जाती है,
और परिणाम अंत में विलय कर दिए जाते हैं। केवल एक -स्मृति और -खंड is
जरूरत है।

-स्मृति m
अधिक से अधिक उपयोग करें m प्रति खंड एमबी मेमोरी

-खंड n
उपयोग n खंड

खंडित, बैच आपरेशन
अनुक्रमिक के समान, इसके अलावा प्रत्येक खंड को मैन्युअल रूप से निष्पादित करने की अनुमति देता है
समानांतर में। केवल एक -स्मृति और -खंड जरूरत है। यह भी देखें
उदाहरण इस पृष्ठ पर अनुभाग।

-स्मृति m
अधिक से अधिक उपयोग करें m प्रति खंड एमबी मेमोरी

-खंड n
उपयोग n खंड

-कॉन्फिगबैच
बैच बनाएं

-काउंटबैच n
बैच नंबर चलाएं n

-मर्जबैच
बैचों को मिलाएं

बैच मोड ग्रिड पर चल सकता है।

-sge कार्य नाम
इस निष्पादन के लिए अद्वितीय कार्य नाम। मेरील नाम के साथ नौकरी जमा करेंगे
mpकार्य नाम, एनसीकार्य नाम, एनएमकार्य नाम, चरणों के लिए तैयार करें, गिनें और मर्ज करें।

-सगेबिल्ड "विकल्प"

-sgemerge "विकल्प"
करने के लिए कोई अतिरिक्त विकल्प qsub(1) (जैसे, "-p -153 -पी.ई धागा 2 -A
merylaccount") एनबी - -N ध्यान नहीं दिया जाएगा नायब - उद्धरण देना सुनिश्चित करें
विकल्पों

-M तालिकाओं की एक सूची को देखते हुए, गणित, तार्किक या थ्रेशोल्ड ऑपरेशन करें। जब तक
निर्दिष्ट, सभी ऑपरेशन किसी भी संख्या में डेटाबेस लेते हैं। गणित संचालन हैं:

मिनट गिनती सभी डेटाबेस के लिए न्यूनतम गिनती है। यदि मेर मौजूद नहीं है
सभी डेटाबेस, मेर की शून्य गणना है, और आउटपुट में नहीं है।

माइनेक्सिस्ट
गिनती सभी डेटाबेस के लिए न्यूनतम गणना है जिसमें मेर

मैक्स गिनती सभी डेटाबेस के लिए अधिकतम गिनती है

जोड़ना गिनती सभी डेटाबेस के लिए गणना का योग है

नीचे गिनती पहला माइनस दूसरा है (केवल बाइनरी)

पेट गिनती पहले माइनस सेकेंड का निरपेक्ष मान है (केवल बाइनरी)

तार्किक संचालन हैं:

और यदि यह सभी डेटाबेस में मौजूद है तो आउटपुट देता है

नंद आउटपुट मेर अगर यह कम से कम एक में मौजूद है, लेकिन सभी नहीं, डेटाबेस

or आउटपुट मेर अगर यह कम से कम एक डेटाबेस में मौजूद है

XOR यदि यह विषम संख्या में डेटाबेस में मौजूद है तो आउटपुट देता है

दहलीज संचालन हैं:

से कम x
आउटपुट मेर अगर इसकी गिनती है <x

इससे कम या इसके बराबर x
आउटपुट मेर अगर इसकी गिनती है <= x

से अधिक x
आउटपुट मेर अगर इसकी गिनती है> x

से बड़ा या बराबर x
आउटपुट मेर अगर इसकी गिनती है> = x

बराबर x
आउटपुट मेर अगर इसकी गिनती है == x

थ्रेशोल्ड ऑपरेशन ठीक एक डेटाबेस पर काम करते हैं।

-s tblprefix
उपयोग tblprefix डेटाबेस के रूप में

-o tblprefix
यह आउटपुट बनाएं

-v उपयोगकर्ता का मनोरंजन करें

-D डंप टेबल (ये सभी काम नहीं)

-डीडी समान mers के बीच की दूरी का एक हिस्टोग्राम डंप करें।

-डीटी डंप मेर्स>= एक दहलीज। उपयोग -n दहलीज निर्दिष्ट करने के लिए।

-डीसी मर्स की संख्या, अलग-अलग और अद्वितीय मेरों की गणना करें।

-धू मेर काउंट्स का एक हिस्टोग्राम डंप (स्टडआउट करने के लिए)।

-s यहां से गणना तालिका पढ़ें (.mcdat या .mcidx को छोड़ दें)।

उदाहरण

बैच निर्माण of a तालिका
संगणना को प्रारंभ करें -कॉन्फिगबैच, जिसे सभी बिल्ड विकल्पों की आवश्यकता है। सभी निष्पादित करें
-काउंटबैच नौकरी, तो -मर्जबैच पूरा करने के लिए.

मेरील -कॉन्फिगबैच -B [विकल्प] -o पट्टिका
मेरील -काउंटबैच 0 -o पट्टिका
मेरील -काउंटबैच 1 -o पट्टिका
...
मेरील -काउंटबैच N -o पट्टिका
मेरील -मर्जबैच N -o पट्टिका

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