मिनिमैप - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मिनिमैप - लंबे डीएनए अनुक्रमों के बीच तेजी से मानचित्रण

SYNOPSIS

मिनिमैप [-एलएसओवी] [-k किमी] [-w जीत आकार] [-I बैच का आकार] [-d डंप फ़ाइल] [-f ओसीसीथ्रेस] [-r
बैंडविड्थ] [-m न्यूनतम साझा] [-c न्यूनतम गणना] [-L मिनमैच] [-g मैक्सगैप] [-T डस्ट थ्रेस] [-t
एन थ्रेड्स] [-x प्रीसेट] लक्ष्य.fa query.fa > आउटपुट.पाफ

वर्णन

मिनिमैप दो . के बीच कई अनुमानित मानचित्रण स्थितियों को कुशलतापूर्वक खोजने का एक उपकरण है
लंबे अनुक्रमों के सेट, जैसे कि रीड और रेफरेंस जीनोम के बीच, जीनोम के बीच और
लंबे शोर के बीच पढ़ता है। मिनिमैप में अनुक्रमण और मानचित्रण चरण होता है। अनुक्रमण में
चरण, यह एक हैश तालिका में लक्ष्य अनुक्रमों के एक बड़े बैच के सभी मिनिमाइज़र एकत्र करता है; में
मानचित्रण चरण, यह कॉलिनियर मिनिमाइज़र हिट के अच्छे समूहों की पहचान करता है। मिनिमैप करता है
लक्ष्य और क्वेरी अनुक्रमों के बीच विस्तृत संरेखण उत्पन्न न करें। यह केवल
इन समूहों के अनुमानित प्रारंभ और अंत निर्देशांक को आउटपुट करता है।

विकल्प

सूचीकरण विकल्पों
-k INT मिनिमाइज़र के-मेर लंबाई [15]

-w INT मिनिमाइज़र विंडो का आकार [k-मेर लंबाई का 2/3]। एक मिनिमाइज़र सबसे छोटा k-mer . होता है
लगातार k-mers की एक विंडो में।

-I NUM ज्यादा से ज्यादा लोड करें NUM अनुक्रमण के लिए RAM में लक्ष्य आधार [4G]। से अधिक हैं तो
NUM में आधार लक्ष्य.fa, मिनिमैप को पढ़ने की जरूरत है query.fa इसे मैप करने के लिए कई बार
लक्ष्य अनुक्रमों के प्रत्येक बैच के विरुद्ध। NUM के/के/एम/एम/जी/जी के साथ समाप्त हो सकता है।

-d फ़ाइल डंप मिनिमाइज़र इंडेक्स टू फ़ाइल [कोई डंप नहीं]

-l संकेत मिलता है कि लक्ष्य.fa वास्तव में विकल्प द्वारा उत्पन्न एक न्यूनतम सूचकांक है -d, नहीं
एक FASTA या FASTQ फ़ाइल।

मैपिंग विकल्पों
-f फ्लोट शीर्ष पर ध्यान न दें फ्लोट सबसे अधिक होने वाले मिनिमाइज़र का अंश [0.001]

-r INT प्रारंभिक मिनिमाइज़र हिट क्लस्टरिंग के लिए अनुमानित बैंडविड्थ [500]। ए छोटा करने वाला
मारा लक्ष्य और क्वेरी अनुक्रम दोनों में मौजूद एक न्यूनतम है। ए छोटा करने वाला
मारा समूह एक लक्ष्य के बीच संभावित कॉलिनियर मिनिमाइज़र हिट का एक समूह है
और एक क्वेरी अनुक्रम।

-m फ्लोट प्रारंभिक मिनिमाइज़र हिट क्लस्टर्स को मर्ज करें यदि फ्लोट या कम से कम का उच्च अंश
समूहों के बीच साझा किए जाते हैं [0.5]

-c INT एक न्यूनतम हिट क्लस्टर बनाए रखें यदि इसमें शामिल है INT या अधिक न्यूनतम हिट [4]

-L INT एक मिनिमाइज़र हिट क्लस्टर को छोड़ दें यदि कॉलिनियराइज़ेशन के बाद, मिलान की संख्या
आधार नीचे है INT [40]। यह विकल्प मुख्य रूप से आउटपुट के आकार को कम करता है। यह है
गति और चरम स्मृति पर थोड़ा प्रभाव।

-g INT एक न्यूनतम हिट क्लस्टर को अंतराल पर विभाजित करें INT-बीपी या उससे अधिक समय जिसमें शामिल नहीं है
कोई भी मिनिमाइज़र हिट [10000]

-T INT SDUST स्कोर थ्रेशोल्ड के साथ क्वेरी अनुक्रमों पर मास्क क्षेत्र INT; 0 अक्षम करने के लिए
[0]। SDUST कम-जटिलता वाले बाद की पहचान करने के लिए एक एल्गोरिथ्म है। यह नहीं
डिफ़ॉल्ट रूप से सक्षम। यदि SDUST को वरीयता दी जाती है, तो 20 और 25 के बीच का मान है
अनुशंसित। एक उच्च थ्रेशोल्ड कम अनुक्रमों को मुखौटा करता है।

-S सभी बनाम सभी मैपिंग करें। इस मोड में, यदि क्वेरी अनुक्रम का नाम है
लेक्सिकोग्राफ़िक रूप से लक्ष्य अनुक्रम नाम से बड़ा, उनके बीच के हिट
दबा दिया जाएगा; यदि क्वेरी अनुक्रम नाम लक्ष्य नाम के समान है,
विकर्ण न्यूनतम हिट को भी दबा दिया जाएगा।

-O यदि वह अन्य हिट (प्रायोगिक) से बहुत दूर है, तो एक न्यूनतम हिट छोड़ें। इस
विकल्प दो अलग-अलग प्रजातियों से लंबे गुणसूत्रों के मानचित्रण के लिए उपयोगी है।

-x एसटीआर के आधार पर कई सेटिंग्स बदलना एसटीआर [सेट नहीं]। इसे लागू करने की अनुशंसा की जाती है
अन्य विकल्पों से पहले यह विकल्प, जैसे कि निम्नलिखित विकल्प ओवरराइड कर सकते हैं
इस विकल्प द्वारा संशोधित कई सेटिंग्स।

ava10k PacBio या ऑक्सफोर्ड नैनोपोर के लिए ऑल-बनाम-ऑल रीड मैपिंग (-Sw5 -L100 -m0)।

इनपुट आउटपुट विकल्पों
-t INT धागे की संख्या [3]। मिनिमैप संग्रह करते समय अधिकतम तीन थ्रेड्स का उपयोग करता है
लक्ष्य अनुक्रमों पर न्यूनतमकर्ता, और अप करने के लिए उपयोग करता है INTमानचित्रण करते समय +1 धागे (the
अतिरिक्त थ्रेड I/O के लिए है, जो अक्सर निष्क्रिय रहता है और CPU समय कम लेता है)।

-V संस्करण संख्या को stdout पर प्रिंट करें

आउटपुट FORMAT

मिनिमैप पेयरवाइज मैपिंग फॉर्मेट (PAF) में मैपिंग पोजीशन को आउटपुट करता है। पीएएफ एक टैब है-
प्रत्येक पंक्ति के साथ सीमांकित पाठ प्रारूप जिसमें कम से कम 12 फ़ील्ड शामिल हैं, जैसा कि में वर्णित है
निम्न तालिका:

मैं मैं
│ज़ीन │ प्रकार │ Description │
मैं मैं
1 स्ट्रिंग क्वेरी अनुक्रम नाम
2 int क्वेरी अनुक्रम लंबाई │
3 │ int │ क्वेरी प्रारंभ निर्देशांक (0-आधारित)
4 │ int क्वेरी अंत निर्देशांक (0-आधारित)
5 │ चार │ `+' यदि एक ही स्ट्रैंड पर क्वेरी और लक्ष्य; `-' यदि विपरीत
6 स्ट्रिंग │ लक्ष्य अनुक्रम नाम
7 int │ लक्ष्य अनुक्रम लंबाई │
8 │ int │ लक्ष्य प्रारंभ करें मूल स्ट्रैंड पर समन्वय करें
│ 9 │ int लक्ष्य अंत मूल स्ट्रैंड पर समन्वय करता है
10 int मानचित्रण में मेल खाने वाले आधारों की संख्या
│ 11 │ int मानचित्रण में अंतराल सहित संख्या आधार,
12 int मैपिंग गुणवत्ता (0-255 के साथ 255 लापता के लिए)
मैं मैं

जब संरेखण उपलब्ध होता है, कॉलम 11 अनुक्रम मिलानों की कुल संख्या देता है,
संरेखण में बेमेल और अंतराल; कॉलम 10 को कॉलम 11 से विभाजित करके संरेखण देता है
पहचान। चूंकि मिनिमैप विस्तृत संरेखण उत्पन्न नहीं करता है, ये दो कॉलम हैं
अनुमानित। PAF में वैकल्पिक रूप से SAM जैसे टाइप किए गए की-वैल्यू में अतिरिक्त फ़ील्ड हो सकते हैं
प्रारूप। मिनिमैप क्लस्टर में सेमी टैग पर मिनिमाइज़र हिट की संख्या लिखता है।

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