यह कमांड mipe2dbSTS है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
mipe2dbSTS.pl - dbSTS में जमा करने के लिए इनपुट फ़ाइल उत्पन्न करता है
आउटपुट में शामिल: dbSTS सबमिशन का STS सेक्शन
एमआईपीई संस्करण v1.1 . पर आधारित
तर्क: * mipe_file
*कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल
* (वैकल्पिक) पीसीआर आईडी की सूची
कॉन्फ़िग फ़ाइल में एक कुंजी और एक मान वाली रेखाएँ होती हैं, जो एक समान चिह्न ('=') से अलग होती हैं।
कुंजी में NCBI सबमिशन फ़ाइल का लोअरकेस नाम होता है (वेबसाइट dbSTS देखें), उसके बाद
उस फ़ाइल में फ़ील्ड का एक अंडरस्कोर और लोअरकेस नाम।
निम्नलिखित फ़ील्ड को कॉन्फ़िग फ़ाइल में परिभाषित किया जाना चाहिए:
पब_शीर्षक=
पब_लेखक=
स्रोत_नाम=
स्रोत_जीव =
cont_name=
कॉन्ट_फैक्स =
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr =
प्रोटोकॉल_नाम=
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल=
बफर_नाम =
बफर_बफर =
sts_pcr_profile=
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल, बफ़र_बफ़र और sts_pcr_profile के लिए, अधिक लाइनें आवश्यक हैं (उदाहरण देखें)।
कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल का एक उदाहरण इस तरह दिखता है:
pub_title=चिकन एसएनपी का आनुवंशिक मानचित्रण
pub_authors=एर्ट्स, जेए; वीनेंडाल, टी.; क्रुइजमैन्स, आरपीएमए; ग्रोएनन, मैम
source_name=चिकन जीनोमिक डीएनए
source_organism=गैलस गैलस
cont_name=जन एर्ट्स
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[ईमेल संरक्षित]
cont_lab=पशु प्रजनन और जीनोमिक्स समूह
cont_inst=वेगेनिंगन विश्वविद्यालय
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH वैगनिंगन, नीदरलैंड्स
प्रोटोकॉल_नाम=प्रोटोकॉल_एर्ट्स
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल=टेम्पलेट: 30-60 एनजी
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल = प्राइमर: प्रत्येक 4 यूएम
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल=dNTPs: प्रत्येक 200 uM
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल = तक: 0.3 इकाइयां
प्रोटोकॉल_प्रोटोकॉल = वॉल्यूम: 12 उल
बफ़र_नाम=बफ़र_एर्ट्स
बफ़र_बफ़र = MgCl2: 1.5 मिमी
बफ़र_बफ़र = (NH4)2SO4: 20 मिमी
बफर_बफर = ट्रिस-एचसीएल: 75 मिमी
बफर_बफर = 20 के बीच: 0.01% (डब्ल्यू / वी)
बफर_बफर = पीएच: 8.8
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके mipe2dbSTS का ऑनलाइन उपयोग करें
