यह कमांड plink1.9 है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
PLINK - संपूर्ण जीनोम एसएनपी विश्लेषण
वर्णन
PLINK v1.90b3.31 64-बिट (3 फरवरी 2016) https://www.cog-genomics.org/plink2 (सी)
2005-2016 शॉन परसेल, क्रिस्टोफर चांग जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस v3
कमांड लाइन फ़्लैग परिभाषाओं में, जो अनुसरण करती हैं,
* [वर्ग कोष्ठक] एक आवश्यक पैरामीटर को दर्शाते हैं, जहां के बीच का पाठ
कोष्ठक इसकी प्रकृति का वर्णन करता है।
* एक वैकल्पिक संशोधक को निरूपित करें (या यदि '|' मौजूद है, तो एक सेट
परस्पर अनन्य वैकल्पिक संशोधक)।
में सटीक पाठ का प्रयोग करें
परिभाषा, उदाहरण के लिए '--डमी एसीजीटी'।
* कोण कोष्ठक/सटीक पाठ नियम में एक अपवाद है: जब एक कोण
ब्रैकेट शब्द '=[मान]' के साथ समाप्त होता है, '[मान]' एक चर पैरामीटर को निर्दिष्ट करता है।
* {घुंघराले ब्रेसिज़} एक वैकल्पिक पैरामीटर को दर्शाते हैं, जहां के बीच का पाठ
ब्रेसिज़ इसकी प्रकृति का वर्णन करता है।
* एक इलिप्सिस (...) इंगित करता है कि आप इसके कई पैरामीटर दर्ज कर सकते हैं
निर्दिष्ट प्रकार.
पलक झपकाना [इनपुट फ़्लैग...] {कमांड फ़्लैग...} {अन्य फ़्लैग...} पलक --मदद {झंडा
नाम(ओं)...}
अधिकांश PLINK रन के लिए बिल्कुल एक मुख्य इनपुट फ़ाइलसेट की आवश्यकता होती है। निम्नलिखित झंडे उपलब्ध हैं
इसके स्वरूप और स्थान को परिभाषित करने के लिए:
--बीफ़ाइल {उपसर्ग} : .bed + .bim + .fam उपसर्ग (डिफ़ॉल्ट 'प्लिंक') निर्दिष्ट करें।
--बिस्तर [फ़ाइल नाम] : .bed फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--बिम [फ़ाइल नाम] : .bim फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--fam [फ़ाइल नाम] : .fam फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--कीप-ऑटोकॉन्व
: साथ में --फ़ाइल/--tfile/--lfile/--vcf/--bcf/--data/--23फ़ाइल, हटाएं नहीं
रन के अंत में स्वचालित रूप से जेनरेट की गई बाइनरी फ़ाइलसेट।
--फ़ाइल {उपसर्ग}
: .ped + .map फ़ाइल नाम उपसर्ग (डिफ़ॉल्ट 'प्लिंक') निर्दिष्ट करें।
--पेड [फ़ाइल नाम] : .ped फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--नक्शा [फ़ाइल नाम] : .map फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--नो-फिड
: .fam/.ped फ़ाइल में कॉलम 1 (परिवार आईडी) नहीं है।
--कोई-माता-पिता नहीं
: .fam/.ped फ़ाइल में कॉलम 3-4 (पैरेंट्स) नहीं हैं।
--नो-सेक्स
: .fam/.ped फ़ाइल में कॉलम 5 (सेक्स) नहीं है।
--नो-फेनो
: .fam/.ped फ़ाइल में कॉलम 6 (फेनोटाइप) नहीं है।
--tफ़ाइल {उपसर्ग} : .tped + .tfam फ़ाइल नाम उपसर्ग (डिफ़ॉल्ट 'प्लिंक') निर्दिष्ट करें।
--tped [नाम]
: .tped फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--tfam [नाम]
: .tfam फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--एलफ़ाइल {उपसर्ग} : .lgen + .map + .fam (लंबे प्रारूप वाली फ़ाइलसेट) उपसर्ग निर्दिष्ट करें।
--lgen [नाम]
: .lgen फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--संदर्भ [एफएन] : .lgen इनपुट के साथ डिफ़ॉल्ट एलील फ़ाइल निर्दिष्ट करें।
--एलील-गिनती
: जब साथ प्रयोग किया जाता है --एलफ़ाइल/--एलजेन + --संदर्भ, निर्दिष्ट करता है कि .lgen फ़ाइल
इसमें संदर्भ एलील गिनती शामिल है।
--वीसीएफ [फ़ाइल नाम] : .vcf या .vcf.gz फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--बीसीएफ [फ़ाइल नाम] : बीसीएफ2 फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--आंकड़े {उपसर्ग}
: ऑक्सफोर्ड .gen + .sample उपसर्ग (डिफ़ॉल्ट 'प्लिंक') निर्दिष्ट करें।
--जनरल [फ़ाइल नाम] : .gen या .gen.gz फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--बजेन [एफ] : .bgen फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें।
--नमूना [fname] : .sample फ़ाइल का पूरा नाम निर्दिष्ट करें.
--23फ़ाइल [fname] {FID} {IID} {सेक्स} {फेनो} {पैट। आईडी} {मैट. पहचान} :
23andMe इनपुट फ़ाइल निर्दिष्ट करें।
--grm-gz {prfx}
: .grm.gz + .grm.id (GCTA rel. मैट्रिक्स) उपसर्ग निर्दिष्ट करें।
--grm-बिन {prfx} : .grm.bin + .grm.N.bin + .grm.id (GCTA त्रिकोणीय) निर्दिष्ट करें
बाइनरी रिलेशनशिप मैट्रिक्स) फ़ाइल नाम उपसर्ग।
-- डमी [नमूना सीटी] [एसएनपी सीटी] {लापता जीनो फ्रीक} {लापता फीनो फ्रीक}
यह नमूनों और एसएनपी की निर्दिष्ट संख्या के साथ एक नकली इनपुट डेटासेट उत्पन्न करता है।
डिफ़ॉल्ट रूप से, लापता जीनोटाइप और फेनोटाइप आवृत्तियाँ शून्य हैं, और जीनोटाइप
As और Bs हैं (बाद वाले को 'acgt'/'1234'/'12' से बदलें)। 'स्केलर-फेनो'
संशोधक के बजाय सामान्य रूप से वितरित स्केलर फेनोटाइप उत्पन्न होता है
एक द्विआधारी.
--अनुकरण [सिमुलेशन पैरामीटर फ़ाइल]
--अनुकरण-क्यूटी [सिमुलेशन पैरामीटर फ़ाइल]
--अनुकरण रोग से संबंधित एसएनपी के साथ एक नकली इनपुट डेटासेट उत्पन्न करता है,
जब --अनुकरण-क्यूटी मात्रात्मक विशेषता लोकी के साथ एक डेटासेट तैयार करता है।
आउटपुट फ़ाइलों में डिफ़ॉल्ट रूप से 'plink.{extension}' फ़ॉर्म के नाम होते हैं। आप बदल सकते हैं
'प्लिंक' उपसर्ग के साथ
--बाहर [उपसर्ग]
: आउटपुट फ़ाइलों के लिए उपसर्ग निर्दिष्ट करें।
अधिकांश रन के लिए निम्न में से कम से कम एक कमांड की भी आवश्यकता होती है:
--चारपाई छाना
एक नया बाइनरी फ़ाइलसेट बनाएँ।
स्वचालित टेक्स्ट-टू-बाइनरी के विपरीत
कन्वर्टर्स (जो केवल क्रोमोसोम फिल्टर पर ध्यान देते हैं), यह सभी PLINK का समर्थन करता है
झंडे छानना.
--मेक-जस्ट-बिम
--बस-परिवार बनाओ
के वेरिएंट --चारपाई छाना जो केवल एक नई .bim या .fam फ़ाइल लिखता है।
हो सकता है
केवल .bim/.fam इनपुट के साथ उपयोग किया जाता है। इनका सावधानी से उपयोग करें. यह बहुत आसान है
यदि आप इनका उपयोग करते हैं तो अपने बाइनरी जीनोटाइप डेटा और अपने .bim/.fam इंडेक्स को डीसिंक्रनाइज़ करें
अनुचित तरीके से आदेश देता है. यदि आपको कोई संदेह है, तो बने रहें --चारपाई छाना.
--recode <01 | 12> <23 | ए{-ट्रांसपोज़} | एडी | बीगल{-नोमैप} | बिंबम{-1chr}
| यौगिक-जीनोटाइप | fastphase{-1chr} | एचवी{-1chr} | lgen{-ref} | सूची | ऑक्सफ़ोर्ड |
सूची | संरचना | स्थानांतरण | वीसीएफ | वीसीएफ-एफआईडी | वीसीएफ-आईआईडी>
| जेन-जीजेड>
लागू किए गए सभी फ़िल्टर के साथ एक नया टेक्स्ट फ़ाइलसेट बनाएं।
डिफ़ॉल्ट रूप से,
फ़ाइलसेट में एक .ped और एक .map फ़ाइल होती है, जो पढ़ने योग्य होती है --फ़ाइल. * '12'
संशोधक के कारण A1 (आमतौर पर छोटे) एलील्स को '1' के रूप में कोडित किया जाता है
और A2 एलील्स को '2' के रूप में कोडित किया जाएगा, जबकि '01' A1 -> 0 और A2 -> 1 को मैप करता है।
* '23' संशोधक के कारण 23andMe-स्वरूपित फ़ाइल उत्पन्न होती है।
इस
केवल एक नमूने के डेटा पर उपयोग किया जा सकता है (--रखना उपयोगी हो सकता है)।
* 'एडी' संशोधक एक नमूना-प्रमुख योजक (0/1/2) + प्रमुख का कारण बनता है
(het = 1, अन्यथा 0) घटक फ़ाइल, आर से लोड करने के लिए उपयुक्त है
उत्पन्न. यदि आप प्रमुख घटक नहीं चाहते हैं, तो इसके बजाय 'ए' का उपयोग करें। अगर आपको चाहिये
हेडर लाइन में बेशुमार एलील्स को नामित करने के लिए, 'include-alt' संशोधक जोड़ें।
* 'ए-ट्रांसपोज़' संशोधक एक वैरिएंट-प्रमुख एडिटिव घटक फ़ाइल का कारण बनता है
उत्पन्न होना।
* 'बीगल' संशोधक प्रति-ऑटोसोम .dat और .map फ़ाइलों को चरणहीन बनाता है,
प्रारंभिक बीगल संस्करणों द्वारा पठनीय, उत्पन्न किया जाना है, जबकि 'बीगल-नोमैप' उत्पन्न होता है
एक एकल .beagle.dat फ़ाइल।
* 'बिंबम' संशोधक एक BIMBAM-स्वरूपित फ़ाइलसेट उत्पन्न करने का कारण बनता है।
यदि आपके इनपुट डेटा में केवल एक गुणसूत्र है, तो आप इसके बजाय 'बिंबाम-1chr' का उपयोग कर सकते हैं
दो कॉलम वाली .pos.txt फ़ाइल लिखने के लिए।
* 'यौगिक-जीनोटाइप' संशोधक जोड़े के बीच की जगह को हटा देता है
.ped + .map फ़ाइलसेट बनाते समय समान वैरिएंट के लिए एलील कोड।
* 'फास्टफ़ेज़' संशोधक प्रति-क्रोमोसोम फास्टफ़ेज़ फ़ाइलों का कारण बनता है
उत्पन्न।
यदि आपके इनपुट डेटा में केवल एक गुणसूत्र है, तो आप इसका उपयोग कर सकते हैं
फ़ाइल एक्सटेंशन से गुणसूत्र संख्या को बाहर करने के बजाय 'fastphase-1chr'।
* 'एचवी' संशोधक एक हाप्लोव्यू-प्रारूप .ped + .info फ़ाइलसेट का कारण बनता है
प्रति गुणसूत्र उत्पन्न होता है।
'HV-1chr' 'fastphase-1chr' के समान है।
* 'एलजेन' संशोधक एक लंबे प्रारूप फ़ाइलसेट का कारण बनता है (इसके साथ लोड करने योग्य)। --एलफ़ाइल)
उत्पन्न किया जाना है, जबकि 'lgen-ref' एक (आमतौर पर) छोटे लंबे प्रारूप वाली फाइलसेट उत्पन्न करता है
के साथ लोड करने योग्य --एलफ़ाइल + --संदर्भ.
* 'सूची' संशोधक एक जीनोटाइप-आधारित सूची बनाता है, जबकि 'rlist' बनाता है
एक दुर्लभ-जीनोटाइप फ़ाइलसेट।
इन प्रारूपों के साथ, 'ओमिट-नॉनमेल-वाई'
संशोधक के कारण Y गुणसूत्र पर गैर-पुरुष जीनोटाइप छूट जाते हैं।
* 'ऑक्सफ़ोर्ड' एक ऑक्सफ़ोर्ड-प्रारूप .gen + .sample फ़ाइलसेट उत्पन्न करने का कारण बनता है।
यदि आप 'gen-gz' संशोधक भी शामिल करते हैं, तो .gen फ़ाइल gzipped हो जाती है।
* 'संरचना' संशोधक एक संरचना-प्रारूप फ़ाइल उत्पन्न करने का कारण बनता है। *
'ट्रांसपोज़' एक ट्रांसपोज़्ड टेक्स्ट फ़ाइलसेट बनाता है (इसके साथ लोड करने योग्य)। --tफ़ाइल). * 'वीसीएफ',
'vcf-fid', और 'vcf-iid' के परिणामस्वरूप VCFv4.2 फ़ाइल बनती है।
'vcf-fid' और 'vcf-iid' क्रमशः परिवार आईडी या परिवार के भीतर आईडी बनाते हैं
अंतिम हेडर पंक्ति में नमूना आईडी के लिए उपयोग किया जाता है, जबकि 'vcf' दोनों आईडी को मर्ज करता है
उनके बीच एक अंडरस्कोर डालता है। यदि 'बीजीजेड' संशोधक जोड़ा जाता है, तो वीसीएफ फ़ाइल है
ब्लॉक-जीज़िप्ड। A2 एलील को संदर्भ के रूप में सहेजा जाता है और सामान्यतः नहीं के रूप में चिह्नित किया जाता है
वास्तविक संदर्भ जीनोम ('पीआर' जानकारी फ़ील्ड मान) पर आधारित। जब यह के लिए महत्वपूर्ण है
यदि संदर्भ एलील्स सही हों, तो आप उन्हें भी शामिल करना चाहेंगे --a2-एलील और
--वास्तविक-रेफ-एलील आपके आदेश में.
* 'टैब' संशोधक आउटपुट को इसके बजाय अधिकतर टैब-सीमांकित बनाता है
अधिकतर स्थान-सीमांकित।
'टैबएक्स' और 'स्पेसएक्स' सभी टैब और सभी को बाध्य करते हैं
रिक्त स्थान, क्रमशः.
--फ्लिप-स्कैन
(उपनाम: --फ्लिपस्कैन) केस/नियंत्रण स्ट्रैंड असंगतता के लिए एलडी-आधारित स्कैन।
--लिखो-कोवर
एक तो --कोवर फ़ाइल लोड हो गई है, --चारपाई छाना/--बस-परिवार बनाओ और --recode स्वतः
एक अद्यतन संस्करण तैयार करें (सभी फ़िल्टर लागू होने के साथ)। हालाँकि, यदि आप ऐसा नहीं करते हैं
यदि आप एक साथ एक नई जीनोटाइप फ़ाइल बनाना चाहते हैं, तो आप इसका उपयोग कर सकते हैं --लिखो-कोवर सेवा मेरे
बस एक काट-छाँट की गई सहसंयोजक फ़ाइल तैयार करें।
--लिखें-क्लस्टर
यदि क्लस्टर निर्दिष्ट हैं --अंदर/--परिवार, यह एक नई क्लस्टर फ़ाइल उत्पन्न करता है
(सभी फ़िल्टर लागू होने के साथ)। 'ओमिट-अनअसाइन्ड' संशोधक असंकुलित का कारण बनता है
फ़ाइल से हटाए जाने वाले नमूने; अन्यथा उनका क्लस्टर 'NA' है।
--लिखें-सेट
--सेट-टेबल
यदि सेट परिभाषित किया गया है, --लिखें-सेट 'END'-समाप्त सेट सदस्यता सूचियों को डंप करता है
{आउटपुट उपसर्ग}.सेट करने के लिए, जबकि --सेट-टेबल वैरिएंट-दर-सेट सदस्यता तालिका लिखता है
{आउटपुट प्रीफ़िक्स}.सेट.टेबल पर।
--मर्ज [.पेड फ़ाइल नाम] [.मैप फ़ाइल नाम]
--मर्ज [पाठ फ़ाइलसेट उपसर्ग]
--bmerge [.बेड फ़ाइल नाम] [.बिम फ़ाइल नाम] [.fam फ़ाइल नाम]
--bmerge [बाइनरी फ़ाइलसेट उपसर्ग]
दिए गए फ़ाइलसेट को प्रारंभ में लोड किए गए फ़ाइलसेट के साथ मर्ज करें, परिणाम लिखें
{आउटपुट उपसर्ग}.बेड + .बिम + .फैम। (यह अब एक साथ आवश्यक नहीं है
उल्लिखित करना --चारपाई छाना.)
--विलय-सूची [फ़ाइल का नाम]
टेक्स्ट फ़ाइल में नामित सभी फ़ाइलसेट को संदर्भ फ़ाइलसेट के साथ मर्ज करें, यदि कोई था
निर्दिष्ट. (हालाँकि, इसका उपयोग *बिना* किसी संदर्भ के भी किया जा सकता है; उस स्थिति में,
फिर नव निर्मित फ़ाइलसेट को अधिकांश अन्य PLINK द्वारा संदर्भ के रूप में माना जाता है
संचालन।) पाठ फ़ाइल की व्याख्या इस प्रकार की गई है: * यदि एक पंक्ति में केवल शामिल है
एक नाम, इसे a का उपसर्ग माना जाता है
बाइनरी फ़ाइलसेट.
* यदि एक पंक्ति में बिल्कुल दो नाम हैं, तो उन्हें पूर्ण माना जाता है
टेक्स्ट फ़ाइलसेट के लिए फ़ाइल नाम (पहले .ped, फिर .map)।
* यदि एक पंक्ति में बिल्कुल तीन नाम हैं, तो उन्हें पूर्ण माना जाता है
बाइनरी फ़ाइलसेट के लिए फ़ाइल नाम (.bed, फिर .bim, फिर .fam)।
--लिखें-स्नप्लिस्ट
--सूची-23-इंडेल्स
--लिखें-स्नप्लिस्ट सभी वेरिएंट के नामों को सूचीबद्ध करते हुए एक .snplist फ़ाइल लिखता है
जो आपके द्वारा निर्दिष्ट फ़िल्टर और समावेशन सीमा को पार करते हैं
--सूची-23-इंडेल्स 23andMe-स्टाइल इंडेल कॉल (D/I एलील) के साथ सबसेट लिखता है
कोड)।
--सूची-डुप्लिकेट-वर्स
--सूची-डुप्लिकेट-वर्स के सभी समूहों का वर्णन करते हुए एक .dupvar फ़ाइल लिखता है
मिलान स्थिति और एलील कोड वाले वेरिएंट। * डिफ़ॉल्ट रूप से, A1/A2 एलील
असाइनमेंट को नजरअंदाज कर दिया जाता है; 'आवश्यकता-समान-रेफ' का उपयोग करें
इसे ओवरराइड करने के लिए.
* आम तौर पर, रिपोर्ट में स्थिति और एलील कोड होते हैं।
उन्हें हटाने के लिए
(और उदाहरण के लिए सीधे प्रयोग योग्य फ़ाइल तैयार करें --निचोड़/--बहिष्कृत करें), 'केवल-आईडी' का उपयोग करें।
ध्यान दें कि यदि रिपोर्ट की गई कोई भी आईडी है तो यह आदेश 'केवल-आईडी' मोड में विफल हो जाएगा
अद्वितीय नहीं।
* 'सप्रेस-फर्स्ट' के कारण प्रत्येक समूह में पहली वैरिएंट आईडी छूट जाती है
रिपोर्ट से.
--freq
--freqx
--freq एक बुनियादी एलील आवृत्ति उत्पन्न करता है (या गिनती करता है, यदि 'मायने रखता है'
संशोधक मौजूद है) रिपोर्ट।
इसके साथ जोड़ा जा सकता है --अंदर/--परिवार
इसके बजाय क्लस्टर-स्तरीकृत एलील आवृत्ति/गणना रिपोर्ट तैयार करना, या
मामले की रिपोर्ट करने और एलील आवृत्तियों को अलग से नियंत्रित करने के लिए 'केस-कंट्रोल' संशोधक।
--freqx एक अधिक विस्तृत जीनोटाइप गणना रिपोर्ट तैयार करता है, जिसे उपयोग के लिए डिज़ाइन किया गया है
--पढ़ें-आवृत्ति.
--लापता
नमूना- और वैरिएंट-आधारित गुम डेटा रिपोर्ट तैयार करें।
यदि क्लस्टर हैं
परिभाषित, वैरिएंट-आधारित रिपोर्ट क्लस्टर-स्तरीकृत है।
'gz' का कारण बनता है
आउटपुट फ़ाइलों को gzipped किया जाना है।
--परीक्षण-दुर्घटना
मिसिंग कॉल और फ़्लैंकिंग हैप्लोटाइप के बीच संबंध की जाँच करें।
--हार्डी
हार्डी-वेनबर्ग सटीक परीक्षण पी-वैल्यू रिपोर्ट तैयार करें।
(यह नहीं करता
साथ ही पी-वैल्यू पर और अधिक फ़िल्टर करें; उपयोग --ह्वे उसके लिए।)
-
'मिडपी' संशोधक, परीक्षण ग्रैफ़ेलमैन में वर्णित मध्य-पी समायोजन को लागू करता है
जे, मोरेनो वी (2013) हार्डी-वेनबर्ग संतुलन के लिए सटीक परीक्षणों में मध्य पी-मूल्य।
--मेंडेल
मेंडल त्रुटि रिपोर्ट तैयार करें।
'केवल-सारांश' संशोधक का कारण बनता है
.मेंडेल फ़ाइल (हर एक त्रुटि को सूचीबद्ध करना) को छोड़ दिया जाना चाहिए।
--हेट
--आईबीसी
इनब्रीडिंग गुणांक का अनुमान लगाएं।
--हेट क्षणों की विधि की रिपोर्ट करता है
अनुमान, जबकि --आईबीसी यांग जे, ली एसएच में वर्णित सभी तीन मूल्यों की गणना करता है,
गोडार्ड एमई और विचर पीएम (2011) जीसीटीए: जीनोम-वाइड कॉम्प्लेक्स विशेषता के लिए एक उपकरण
विश्लेषण। (वह पेपर हमारे संबंध मैट्रिक्स गणना का भी वर्णन करता है
पुनः कार्यान्वयन।) * इन कार्यों के लिए अच्छे एमएएफ अनुमान की आवश्यकता होती है। अगर बहुत हैं
कुछ
आपके तत्काल फ़ाइलसेट में नमूने, --पढ़ें-आवृत्ति तब से व्यावहारिक रूप से अनिवार्य है
उस मामले में आरोपित एमएएफ बेहद गलत हैं।
* वे यह भी मानते हैं कि मार्कर सेट अनुमानित लिंकेज संतुलन में है। * द्वारा
चूक, --हेट Nei की अपेक्षा में n/(n-1) गुणक को छोड़ देता है
समयुग्मजता सूत्र.
'छोटा-नमूना' संशोधक ऐसा होने का कारण बनता है
जबरदस्ती करते हुए शामिल किया गया --हेट तत्काल में संस्थापकों से प्राप्त एमएएफ का उपयोग करना
डाटासेट।
--चेक-सेक्स {महिला अधिकतम एफ} {पुरुष न्यूनतम एफ}
--चेक-सेक्स यकाउंट {महिला अधिकतम एफ} {पुरुष न्यूनतम एफ} {महिला अधिकतम वाई अवलोकन}
{पुरुष न्यूनतम वाई अवलोकन}
--चेक-सेक्स y-केवल {महिला अधिकतम Y अवलोकन} {पुरुष न्यूनतम Y अवलोकन}
--अत्याचार-सेक्स {महिला अधिकतम एफ} {पुरुष न्यूनतम एफ}
--अत्याचार-सेक्स यकाउंट {महिला अधिकतम एफ} {पुरुष न्यूनतम एफ} {महिला अधिकतम वाई अवलोकन}
{पुरुष न्यूनतम वाई अवलोकन}
--अत्याचार-सेक्स y-केवल {महिला अधिकतम Y अवलोकन} {पुरुष न्यूनतम Y अवलोकन}
--चेक-सेक्स आम तौर पर इनपुट डेटासेट में सेक्स असाइनमेंट की तुलना करता है
जो कि एक्स क्रोमोसोम इनब्रीडिंग गुणांक से लगाए गए हैं। *सुनिश्चित करें कि एक्स
गुणसूत्र छद्म-ऑटोसोमल क्षेत्र विभाजित हो गया है
बंद (उदाहरण के साथ) --स्प्लिट-x) इसका उपयोग करने से पहले.
* आपको अच्छे एमएएफ अनुमानों की भी आवश्यकता है (इसलिए, आपके पास बहुत कम नमूने हैं)।
तत्काल फ़ाइलसेट, उपयोग करें --पढ़ें-आवृत्ति), और आपका मार्कर सेट अनुमानित होना चाहिए
लिंकेज संतुलन.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, एफ का अनुमान है कि 0.2 से कम महिला कॉल और मान प्राप्त होंगे
0.8 से अधिक होने पर पुरुष कॉल प्राप्त होती हैं।
यदि आप संख्यात्मक पैरामीटर पास करते हैं
--चेक-सेक्स, पहले दो इन सीमाओं को नियंत्रित करते हैं।
अब दो तरीके हैं जो Y गुणसूत्र डेटा पर विचार करते हैं। * 'ycount' मोड में,
लिंग अभी भी एक्स गुणसूत्र से लगाया जाता है, लेकिन
जब भी 0 से अधिक गैर-लापता Y होता है तो महिला कॉल को अस्पष्ट में डाउनग्रेड कर दिया जाता है
जीनोटाइप मौजूद हैं, और 0 से कम मौजूद होने पर पुरुष कॉल को डाउनग्रेड कर दिया जाता है।
(ध्यान दें कि ये गिनती हैं, दरें नहीं।) इन सीमाओं को नियंत्रित किया जा सकता है
--चेक-सेक्स ycount के वैकल्पिक तीसरे और चौथे संख्यात्मक पैरामीटर।
* 'वाई-ओनली' मोड में, लिंग को नॉनमिसिंग वाई जीनोटाइप काउंट से लगाया जाता है।
इस मामले में पुरुष न्यूनतम सीमा शून्य के बजाय 1 हो जाती है।
--अत्याचार-सेक्स लिंग असाइनमेंट को आरोपित मूल्यों में बदलता है, और है
अन्यथा समान --चेक-सेक्स.
इसके साथ प्रयोग अवश्य करना चाहिए
--चारपाई छाना/--रीकोड/--राइट-कोवर।
--फस्ट
(उपनाम: --Fst) का उपयोग करके प्रत्येक ऑटोसोमल डिप्लोइड वेरिएंट के लिए राइट के एफएसटी का अनुमान लगाएं
वियर बीएस, कॉकरहैम सीसी (1984) में एफ-सांख्यिकी का अनुमान लगाने की विधि शुरू की गई
जनसंख्या संरचना का विश्लेषण, के माध्यम से परिभाषित उप-जनसंख्या का एक सेट दिया गया है
--अंदर. कच्चे और भारित वैश्विक साधन भी बताए गए हैं। * अगर आप रुचि रखते है
वैश्विक माध्यमों में, आमतौर पर इसका प्रदर्शन सर्वोत्तम होता है
अनुमानित लिंकेज संतुलन में सेट मार्कर पर यह गणना।
* यदि आपके पास केवल दो उप-जनसंख्या है, तो आप उनका प्रतिनिधित्व कर सकते हैं
केस/कंट्रोल स्थिति और 'केस-कंट्रोल' संशोधक का उपयोग करें।
--इंडेप [खिड़की का आकार] [चरण आकार (संस्करण सीटी)] [वीआईएफ सीमा]
--इंडेप-जोड़ीवार [खिड़की का आकार] [चरण आकार (संस्करण सीटी)] [आर^2 सीमा]
--इंडेप-पेयरफ़ेज़ [खिड़की का आकार] [चरण आकार (संस्करण सीटी)] [आर^2 सीमा]
अनुमानित लिंकेज संतुलन में मार्करों की एक सूची तैयार करें।
उसके साथ
'केबी' संशोधक, विंडो का आकार वैरिएंट गणना इकाइयों के बजाय किलोबेस में है।
(प्री-'केबी' स्पेस वैकल्पिक है, यानी '--इंडिप-पेयरवाइज 500 केबी 5 0.5' और
'--इंडेप-पेयरवाइज़ 500kb 5 0.5' का प्रभाव समान है।) ध्यान दें कि आपको पुनः चलाने की आवश्यकता है
PLINK का उपयोग कर रहा हूँ --निचोड़ or --निकालना लागू करने के लिए .prune.in/.prune.out फ़ाइल पर
किसी अन्य गणना के लिए सूची।
--आर
--r2
एलडी सांख्यिकी रिपोर्ट।
--आर जबकि, कच्चे अंतर-संस्करण सहसंबंध उत्पन्न करता है
--r2 उनके वर्गों की रिपोर्ट करता है।
आप सभी जोड़ियों के लिए परिणामों का अनुरोध कर सकते हैं
मैट्रिक्स प्रारूप (यदि आप 'बिन' या आकृति संशोधक में से एक निर्दिष्ट करते हैं), सभी जोड़े
तालिका प्रारूप ('इंटर-सीएचआर'), या तालिका प्रारूप में एक सीमित विंडो (डिफ़ॉल्ट)। * द
'gz' संशोधक के कारण आउटपुट टेक्स्ट फ़ाइल gzipped हो जाती है। * 'बिन' आउटपुट का कारण बनता है
मैट्रिक्स को डबल-प्रिसिजन बाइनरी में लिखा जाना है
प्रारूप, जबकि 'bin4' एकल-परिशुद्धता बाइनरी को विशिष्ट करता है।
मैट्रिक्स है
यदि कोई आकृति स्पष्ट रूप से निर्दिष्ट नहीं है तो वर्गाकार।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, टेक्स्ट मैट्रिसेस टैब-सीमांकित होते हैं; 'स्पेस' इसे स्विच करता है। *
'इन-फ़ेज़' तालिका-स्वरूपित में इन-फ़ेज़ एलील जोड़े के साथ एक कॉलम जोड़ता है
रिपोर्ट.
(इसका उपयोग बहुत लंबे एलील कोड के साथ नहीं किया जा सकता है।)
* 'डीप्राइम' लेवॉन्टिन के डी-प्राइम आंकड़े को तालिका-स्वरूपित रिपोर्ट में जोड़ता है,
और r/r^2 और D-प्राइम दोनों को अधिकतम संभावना समाधान पर आधारित होने के लिए बाध्य करता है
गौंट टी, रोड्रिग्ज एस, डे I (2007) क्यूबिक में चर्चा की गई घन समीकरण सटीक है
जोड़ीवार हैप्लोटाइप आवृत्तियों के अनुमान के लिए समाधान।
* 'with-freqs' तालिका-स्वरूपित रिपोर्ट में MAF कॉलम जोड़ता है। *परिणामस्वरूप
फ़ाइल आसानी से बड़ी हो सकती है, आपको इसे जोड़ना होगा
अनफ़िल्टर्ड, गैर-वितरित सभी जोड़ियों का अनुरोध करते समय 'हाँ-वास्तव में' संशोधक
400k से अधिक वेरिएंट पर गणना।
* इन गणनाओं को उप-विभाजित किया जा सकता है --समानांतर (तब भी जब
'स्क्वायर' संशोधक सक्रिय है)।
--एलडी [वेरिएंट आईडी] [वेरिएंट आईडी]
यह वैरिएंट की एक जोड़ी के लिए हैप्लोटाइप आवृत्तियों, r^2, और D' को प्रदर्शित करता है।
जब हैप्लोटाइप आवृत्ति के लिए कई जैविक रूप से संभव समाधान होते हैं
घन समीकरण, सभी प्रदर्शित होते हैं (केवल अधिकतम संभावना समाधान के बजाय)।
द्वारा पहचाना गया --आर/--r2), HWE सटीक परीक्षण आँकड़ों के साथ।
--टैग्स दिखाएं [फ़ाइल का नाम]
--टैग्स दिखाएं सब
* यदि कोई फ़ाइल निर्दिष्ट है, तो उन सभी वेरिएंट को सूचीबद्ध करें जो कम से कम एक वेरिएंट को टैग करते हैं
फ़ाइल में नामित.
(यह आम तौर पर मूल का सुपरसेट होगा
सूची, चूंकि एक प्रकार को यहां स्वयं टैग करने के लिए माना जाता है।)
* यदि 'सभी' मोड निर्दिष्ट किया गया है, तो प्रत्येक संस्करण के लिए, प्रत्येक *अन्य* संस्करण जो
टैग यह रिपोर्ट किया गया है।
--ब्लॉक
हाप्लोव्यू की ब्लॉक परिभाषा की व्याख्या के माध्यम से हैप्लोटाइप ब्लॉक का अनुमान लगाएं
गेब्रियल एस एट अल द्वारा सुझाया गया। (2002) मानव में हाप्लोटाइप ब्लॉक की संरचना
जीनोम। * आम तौर पर, लापता फेनोटाइप वाले नमूनों पर इसके द्वारा विचार नहीं किया जाता है
गणना; 'नो-फेनो-रिक' संशोधक इस प्रतिबंध को हटा देता है।
* आम तौर पर, आकार-2 ब्लॉक 20kb से अधिक नहीं हो सकते, और आकार-3 ब्लॉक
30kb तक सीमित हैं.
'नो-स्मॉल-मैक्स-स्पैन' संशोधक इन्हें हटा देता है
सीमा।
.blocks फ़ाइल PLINK 1.07 के लिए मान्य इनपुट है --हाप आदेश।
हालांकि,
la --हाप... झंडों के परिवार को खराब होने के कारण PLINK 1.9 में दोबारा लागू नहीं किया गया है
अन्य सॉफ़्टवेयर के सापेक्ष चरणबद्ध सटीकता; अभी के लिए, हम BEAGLE का उपयोग करने की अनुशंसा करते हैं
केस/नियंत्रण हैप्लोटाइप एसोसिएशन विश्लेषण के लिए PLINK के बजाय। (आप उपयोग कर सकते हैं
बीगल 3.3 में डेटा निर्यात करने के लिए '--रीकोड बीगल'।) हम इसके लिए क्षमा चाहते हैं
असुविधा, और इसके भिन्न रूप विकसित करने की योजना --हाप...झंडे जो संभालते हैं
पूर्व-चरणबद्ध डेटा प्रभावी ढंग से।
--दूरी <0-ibs>
(भारित) जीनोमिक दूरियों की एक निचली-त्रिकोणीय टैब-सीमांकित तालिका लिखें
एलील इकाइयों को {आउटपुट प्रीफ़िक्स}.dist में गिनें, और संबंधित नमूने की एक सूची
{आउटपुट प्रीफ़िक्स}.dist.id की आईडी। .dist फ़ाइल की पहली पंक्ति में एक एकल है
{जीनोम 1-जीनोम 2} दूरी, दूसरी पंक्ति में {जीनोम 1-जीनोम 3} है और
{जीनोम 2-जीनोम 3} उस क्रम में दूरियां, आदि। * आमतौर पर प्रदर्शन करना सबसे अच्छा होता है
यह गणना एक मार्कर पर सेट की गई है
अनुमानित लिंकेज संतुलन.
* यदि 'वर्ग' या 'वर्ग0' संशोधक मौजूद है, तो एक वर्ग मैट्रिक्स है
इसके स्थान पर लिखा गया; 'स्क्वायर0' ऊपरी दाएं त्रिकोण को शून्य से भरता है।
* यदि 'gz' संशोधक मौजूद है, तो एक संपीड़ित .dist.gz फ़ाइल लिखी जाती है
सादे पाठ फ़ाइल के बजाय.
* यदि 'बिन' संशोधक मौजूद है, तो एक बाइनरी (वर्ग) मैट्रिक्स
इसके बजाय डबल-प्रिसिजन फ़्लोटिंग पॉइंट मान, आर से लोड करने के लिए उपयुक्त है
{आउटपुट प्रीफ़िक्स}.dist.bin को लिखा गया। ('bin4' एकल-सटीक संख्याएँ निर्दिष्ट करता है
इसके बजाय।) यदि आप अभी भी ऊपरी दाहिना भाग चाहते हैं तो इसे 'स्क्वायर0' के साथ जोड़ा जा सकता है
यदि आप ऊपरी दाएँ भाग को बिल्कुल भी पैड नहीं करना चाहते हैं तो शून्य कर दें, या 'त्रिकोण'।
* यदि 'ibs' संशोधक मौजूद है, तो एक पहचान-दर-राज्य मैट्रिक्स लिखा जाता है
{आउटपुट उपसर्ग}.mibs के लिए।
'1-ibs' जीनोमिक के रूप में व्यक्त दूरियों का कारण बनता है
अनुपात (अर्थात् 1 - IBS) को {आउटपुट प्रीफ़िक्स}.mdist में लिखा जाना चाहिए। के साथ संयुक्त
'एलील-सीटी' यदि आप सामान्य .dist फ़ाइल भी जनरेट करना चाहते हैं।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, लापता जीनोटाइप कॉल की उपस्थिति में दूरी में कमी
एलील गणना वितरण के प्रति संवेदनशील है: यदि वैरिएंट ए औसतन योगदान देता है,
वेरिएंट बी की तुलना में अन्य जोड़ीवार दूरियों से दोगुना, वेरिएंट ए पर एक मिसिंग कॉल
इसके परिणामस्वरूप दुगुना बड़ा अनुपलब्धता सुधार होगा। इसे बंद करने के लिए
(क्योंकि उदाहरण के लिए आपकी गुम हुई कॉलें अत्यधिक गैर-यादृच्छिक हैं), 'फ़्लैट-लापता' का उपयोग करें
संशोधक।
* गणना को उपविभाजित किया जा सकता है --समानांतर.
--दूरी-मैट्रिक्स
--ibs-मैट्रिक्स
ये अप्रचलित आदेश '--दूरी 1-आईबीएस फ्लैट-लापता वर्ग' के बराबर हैं
और '--दूरी आईबीएस फ्लैट-गायब वर्ग', क्रमशः, सिवाय इसके कि वे उत्पन्न करते हैं
स्पेस- टैब-सीमांकित टेक्स्ट मैट्रिसेस के बजाय।
--मेक-रिल
निम्न-त्रिकोणीय विचरण-मानकीकृत वास्तविक संबंध मैट्रिक्स लिखें
{आउटपुट प्रीफ़िक्स}.rel, और संबंधित आईडी {आउटपुट प्रीफ़िक्स}.rel.id। * यह है
आमतौर पर इस गणना को सेट किए गए मार्कर पर करना सबसे अच्छा होता है
अनुमानित लिंकेज संतुलन.
* 'वर्ग', 'वर्ग0', 'त्रिकोण', 'जीजेड', 'बिन', और 'बिन4' वैसे ही कार्य करते हैं जैसे वे करते हैं
on --दूरी.
* 'कोव' संशोधक विचरण मानकीकरण चरण को हटा देता है, जिससे a
इसके बजाय सहप्रसरण मैट्रिक्स की गणना की जाएगी।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, संबंध मैट्रिक्स में विकर्ण तत्व पर आधारित होते हैं
--आईबीसी's Fhat1; उन्हें Fhat2 पर आधारित करने के लिए 'ibc3' या 'ibc2' संशोधक का उपयोग करें
या इसके बजाय Fhat3।
* गणना को उपविभाजित किया जा सकता है --समानांतर.
--मेक-जीआरएम-जीजेड
--मेक-जीआरएम-बिन
--मेक-जीआरएम-जीजेड GCTA की मूल gzipped सूची में संबंध लिखता है
प्रारूप, जो प्रति पंक्ति एक जोड़ी का वर्णन करता है, जबकि --मेक-जीआरएम-बिन उन्हें जीसीटीए में लिखता है
1.1+ का एकल-सटीक त्रिकोणीय बाइनरी प्रारूप। ध्यान दें कि ये प्रारूप
स्पष्ट रूप से वैध टिप्पणियों की संख्या की रिपोर्ट करें (जहां किसी भी नमूने में कोई नहीं है)।
मिसिंग कॉल) प्रत्येक जोड़ी के लिए, जो कुछ स्क्रिप्ट के लिए उपयोगी इनपुट है। इन
गणनाओं को उप-विभाजित किया जा सकता है --समानांतर.
--रेल-कटऑफ़ {वैल}
(उपनाम: --ग्राम-कटऑफ़) संबंधितता वाले नमूनों की प्रत्येक जोड़ी से एक सदस्य को बाहर निकालें
दिए गए कटऑफ मान से अधिक (डिफ़ॉल्ट 0.025)। यदि बाद में कोई ऑपरेशन नहीं होगा
शेष नमूनों की सूची को डिस्क पर लिखें, इससे यह सहेजा जाएगा
{आउटपुट उपसर्ग}.rel.id. ध्यान दें कि शेष नमूना आकार को अधिकतम करना है
एनपी-हार्ड अधिकतम स्वतंत्र सेट समस्या के बराबर, इसलिए हम एक लालची का उपयोग करते हैं
इष्टतमता की गारंटी के बजाय एल्गोरिदम। (उपयोग --मेक-रिल और
--रखना/--यदि आप बेहतर करने का प्रयास करना चाहते हैं तो झंडे हटा दें।)
--ibs-परीक्षण {क्रमपरिवर्तन गणना}
--ग्रुपडिस्ट {इटर्स} {डी}
केस/कंट्रोल फेनोटाइप डेटा को देखते हुए, ये कमांड इसके तीन सबसेट पर विचार करते हैं
दूरी मैट्रिक्स: प्रभावित नमूनों के जोड़े, प्रभावित-अप्रभावित जोड़े, और जोड़े
अप्रभावित नमूने. इनमें से प्रत्येक उपसमुच्चय में जोड़ीवार जीनोमिक का वितरण होता है
दूरियाँ; --ibs-परीक्षण पी-मानों का पुनः अनुमान लगाने के लिए क्रमपरिवर्तन का उपयोग करता है: किस प्रकार का
जबकि जोड़े सबसे अधिक समान हैं --ग्रुपडिस्ट के बीच अंतर पर ध्यान केंद्रित करता है
इन वितरणों के केंद्र और डिलीट-डी के माध्यम से मानक त्रुटियों का अनुमान लगाते हैं
कटहल.
--प्रतिगमन-दूरी {इटर्स} {डी}
जोड़ीवार औसत फेनोटाइप पर जोड़ीवार जीनोमिक दूरियों का रैखिक प्रतिगमन और
इसके विपरीत, मानक त्रुटियों के लिए डिलीट-डी जैकनाइफ का उपयोग करना। एक अदिश फेनोटाइप है
आवश्यक। * दो से कम पैरामीटर के साथ, d को {लोगों की संख्या}^0.6 पर सेट किया गया है
गोल
नीचे.
बिना किसी पैरामीटर के, 100k पुनरावृत्तियाँ चलायी जाती हैं।
--प्रतिगमन-रिलायंस {इटर्स} {डी}
जोड़ीवार औसत फेनोटाइप पर जोड़ीवार जीनोमिक संबंधों का रैखिक प्रतिगमन,
और इसके विपरीत। आईटर्स और डी के लिए डिफ़ॉल्ट समान हैं --प्रतिगमन-दूरी.
--जीनोम
वंश-दर-पहचान रिपोर्ट तैयार करें। * आमतौर पर ऐसा करना सबसे अच्छा होता है
एक मार्कर सेट पर गणना
अनुमानित लिंकेज संतुलन.
* 'रिल-चेक' संशोधक विभिन्न एफआईडी वाले नमूनों के जोड़े को बाहर कर देता है
अंतिम रिपोर्ट से.
* 'पूर्ण' रिपोर्ट में कच्चा जोड़ीवार तुलना डेटा जोड़ता है। * पी(आईबीडी=0/1/2)
इस आदेश द्वारा नियोजित अनुमानक कभी-कभी परिणाम देता है
सीमा के बाहर की संख्याएँ [0,1]; डिफ़ॉल्ट रूप से, इन्हें क्लिप कर दिया जाता है।
RSI
'अनबाउंडेड' संशोधक इस क्लिपिंग को बंद कर देता है।
* फिर, जब PI_HAT^2 < P(IBD=2), 'नज' अंतिम P(IBD=0/1/2) को समायोजित करता है
सैद्धांतिक रूप से संभव विन्यास का अनुमान।
* गणना को उपविभाजित किया जा सकता है --समानांतर.
--समरूप
--होमोज़ाइग-एसएनपी [न्यूनतम वार गिनती]
--होमोजिग-केबी [न्यूनतम लंबाई]
--समयुग्म-घनत्व [अधिकतम व्युत्क्रम घनत्व (kb/var)]
--होमोजिग-गैप [अधिकतम आंतरिक अंतराल केबी लंबाई]
--होमोज़िग-हेट [अधिकतम हेट्स]
--होमोजीग-विंडो-एसएनपी [विंडो का आकार स्कैन करना]
--होमोजीग-विंडो-हेट [स्कैनिंग विंडो हिट में अधिकतम हिट]
--होमोज़िग-विंडो-गायब [स्कैनिंग विंडो हिट में अधिकतम गुम कॉल]
--होमोज़िग-विंडो-थ्रेसहोल्ड [न्यूनतम स्कैनिंग विंडो हिट दर]
ये कमांड रन-ऑफ-होमोजीगोसिटी रिपोर्ट के एक सेट का अनुरोध करते हैं, और आपको इसकी अनुमति देते हैं
अनुकूलित करें कि वे कैसे उत्पन्न होते हैं। * यदि आप सभी डिफॉल्ट से संतुष्ट हैं
नीचे वर्णित सेटिंग्स, बस
उपयोग --समरूप बिना किसी संशोधक के.
अन्यथा, --समरूप आपको एक बदलने की सुविधा देता है
कुछ बाइनरी सेटिंग्स: * 'समूह {-वर्बोज़}' ओवरलैपिंग रन के पूल पर एक रिपोर्ट जोड़ता है
of
समयुग्मजता.
(स्वचालित रूप से कब सेट करें --होमोज़िग-मैच मौजूद है।)
* 'समूह {-verbose}' के साथ, 'आम सहमति-मिलान' जोड़ीवार खंडीय का कारण बनता है
बल्कि, पूल के सर्वसम्मति खंड में वेरिएंट के आधार पर मैच बुलाए जाएंगे
जोड़ीवार प्रतिच्छेदन में वेरिएंट की तुलना में।
* स्कैनिंग विंडो एल्गोरिदम कैसे काम करता है, इसके कारण यह संभव है
बताया गया कि आरओएच कुछ समयुग्मजी वेरिएंट के निकट है।
'विस्तार'
संशोधक उन्हें रिपोर्ट किए गए आरओएच में शामिल करने का कारण बनता है यदि ऐसा नहीं होता है
का उल्लंघन --समयुग्म-घनत्व बाध्य।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, खंड बीपी लंबाई की गणना [अंत बीपी स्थिति] के रूप में की जाती है -
[बीपी स्थिति प्रारंभ करें] + 1.
इसलिए, रिपोर्टें सामान्यतः थोड़ी भिन्न होती हैं
PLINK 1.07 से, जो अंत में 1 नहीं जोड़ता है।
परीक्षण के लिए
उद्देश्यों के लिए, आप पुराने को लागू करने के लिए 'लंबाई से घटाएं-1' संशोधक का उपयोग कर सकते हैं
सूत्र।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, केवल समयुग्मजता के रन जिनमें कम से कम 100 प्रकार होते हैं,
और कुल लंबाई >=1000 किलोबेस नोट की गई है।
आप इन्हें बदल सकते हैं
न्यूनतम के साथ --होमोज़ाइग-एसएनपी और --होमोजिग-केबी, क्रमशः।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, एक आरओएच में औसतन प्रति 50 केबी कम से कम एक वैरिएंट होना चाहिए;
इस बाध्यता को बदलें --समयुग्म-घनत्व.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, यदि दो लगातार वेरिएंट 1000 केबी से अधिक दूर हैं, तो वे
एक ही ROH में नहीं हो सकते; इस बाध्यता को बदलें --होमोजिग-गैप.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, एक ROH में असीमित संख्या में विषमयुग्मजी कॉल हो सकती हैं;
आप एक सीमा लगा सकते हैं --होमोज़िग-हेट.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, स्कैनिंग विंडो में 50 प्रकार होते हैं; इसे इसके साथ बदलें
--होमोजीग-विंडो-एसएनपी.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, एक स्कैनिंग विंडो हिट में अधिकतम 1 विषमयुग्मजी हो सकता है
कॉल और 5 गुम कॉल; इन सीमाओं को बदलें --होमोजीग-विंडो-हेट और
--होमोज़िग-विंडो-गायब, क्रमशः।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, किसी वैरिएंट को ROH में शामिल करने के योग्य होने के लिए, हिट
वैरिएंट वाली सभी स्कैनिंग विंडो की दर कम से कम 0.05 होनी चाहिए; परिवर्तन
इस सीमा के साथ --होमोज़िग-विंडो-थ्रेसहोल्ड.
--समूह
जोड़ीवार समानता आँकड़ा (सामान्यतः IBS) का उपयोग करके क्लस्टर नमूने। * 'सीसी'
संशोधक प्रत्येक क्लस्टर को कम से कम एक केस और एक रखने के लिए बाध्य करता है
नियंत्रित करते हैं.
* 'ग्रुप-एवीजी' संशोधक औसत के आधार पर समूहों को जोड़ने का कारण बनता है
न्यूनतम जोड़ीवार समानता के बजाय।
* 'लापता' संशोधक के कारण क्लस्टरिंग आधारित होती है
राज्य-दर-पहचान के बजाय पहचान-दर-गायबता, और एक स्थान-सीमांकित लिखता है
डिस्क पर पहचान-दर-लापता मैट्रिक्स।
* 'only2' संशोधक केवल .cluster2 फ़ाइल का कारण बनता है (जो वैध इनपुट है
एसटी --अंदर) लिखा जाना; अन्यथा 2 अन्य फ़ाइलें तैयार की जाएंगी.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, IBS संबंध PLINK 1.07 की तरह नहीं टूटे हैं, इसलिए
अंतिम क्लस्टर समाधान भिन्न होते हैं।
यह आम तौर पर हानिरहित है.
हालाँकि, परीक्षण को सरल बनाने के लिए, आप बलपूर्वक 'ओल्ड-टाईब्रेक्स' संशोधक का उपयोग कर सकते हैं
पुराने एल्गोरिदम का अनुकरण.
--पीसीए {गिनती करना}
एक विचरण-मानकीकृत संबंध मैट्रिक्स की गणना करता है (उपयोग करें)।
--मेक-रिल/--make-grm-gz/--make-grm-bin इसे डंप करने के लिए), और शीर्ष 20 को निकालता है
मूल घटक। * आमतौर पर यह गणना मार्कर पर करना सबसे अच्छा होता है
शुरु होना
अनुमानित लिंकेज संतुलन.
* आप संख्यात्मक पैरामीटर पास करके पीसी की संख्या बदल सकते हैं। * 'हेडर'
संशोधक .eigenvec आउटपुट फ़ाइल में एक हेडर लाइन जोड़ता है।
(समान नाम के जीसीटीए ध्वज के साथ संगतता के लिए, डिफ़ॉल्ट कोई हेडर नहीं है
रेखा।)
* 'टैब' संशोधक .eigenvec फ़ाइल(फ़ाइलों) को टैब-सीमांकित करने का कारण बनता है। * द
'var-wts' संशोधक पीसी के साथ एक अतिरिक्त .eigenvec.var फ़ाइल का अनुरोध करता है
नमूना भार के बजाय भिन्न भार के रूप में व्यक्त किया गया।
--पड़ोसी [एन1] [एन2]
(उपनाम: --पड़ोसी) प्रत्येक नमूने से उनके n1th- तक IBS दूरियों की रिपोर्ट करें
n2वें-निकटतम पड़ोसी, संबद्ध Z-स्कोर, और उन पड़ोसियों की पहचान।
बाह्य पहचान के लिए उपयोगी.
--सहयोगी
--सहयोगी
--आदर्श
बुनियादी एसोसिएशन विश्लेषण रिपोर्ट. एक केस/नियंत्रण फेनोटाइप को देखते हुए, --सहयोगी
जबकि, 1df ची-स्क्वायर एलीलिक परीक्षण करता है --आदर्श के रूप में 4 अन्य परीक्षण करता है
अच्छा (1df प्रमुख जीन क्रिया, 1df अप्रभावी जीन क्रिया, 2df जीनोटाइपिक,
कोचरन-आर्मिटेज प्रवृत्ति)। * 'फिशर'/'फिशर-मिडप' के साथ, फिशर का सटीक परीक्षण है
उत्पन्न करते थे
पी-मूल्य।
'फिशर-मिडपी' लैंकेस्टर के मिड-पी समायोजन को भी लागू करता है।
* 'पर्म' एक अनुकूली क्रमपरिवर्तन परीक्षण का कारण बनता है। * 'mperm=[मूल्य]'
निर्दिष्ट के साथ अधिकतम(टी) क्रमपरिवर्तन परीक्षण का कारण बनता है
निष्पादित की जाने वाली प्रतिकृतियों की संख्या.
* 'पर्म-काउंट' के कारण क्रमपरिवर्तन परीक्षण रिपोर्ट में इसके बजाय गिनती शामिल हो जाती है
आवृत्तियों का.
* कारण 'गिनता' है --सहयोगी आवृत्तियों के बजाय एलील गणना की रिपोर्ट करना। *
'सेट-टेस्ट' भिन्न सेटों के महत्व का परीक्षण करता है। क्रमपरिवर्तन की आवश्यकता है;
के साथ अनुकूलित किया जा सकता है --सेट-पी/--सेट-आर2/--सेट-मैक्स।
* 'डोम', 'रेक', 'जेन' और 'ट्रेंड' संबंधित परीक्षण का उपयोग करने के लिए मजबूर करते हैं
के लिए आधार के रूप में --आदर्श क्रमपरिवर्तन.
(डिफ़ॉल्ट रूप से, सबसे महत्वपूर्ण
एलीलिक, डोमिनेंट और रिसेसिव परीक्षणों के बीच परिणाम का उपयोग किया जाता है।)
* 'ट्रेंड-ओनली' के कारण केवल ट्रेंड टेस्ट ही किया जाता है। एक मात्रात्मक दिया गया
फेनोटाइप, --सहयोगी सामान्यतः वाल्ड परीक्षण करता है। * इस मामले में, 'क्यूटी-मीन्स'
संशोधक गुण साधन और मानक का कारण बनता है
जीनोटाइप द्वारा स्तरीकृत विचलनों को भी रिपोर्ट किया जाना चाहिए।
* 'लिन' लिन सांख्यिकी की गणना का कारण बनता है, और इसे इसका आधार बनाता है
बहु-परीक्षण सुधार और क्रमपरिवर्तन परीक्षण।
कई अन्य झंडे (विशेष रूप से, --एक स्थायी केशविन्यास) को अनुकूलित करने के लिए उपयोग किया जा सकता है
क्रमपरिवर्तन परीक्षण.
--मह
(उपनाम: --सीएमएच)
--बी.डी
--एमएच2
--होमोग
एक केस/नियंत्रण फेनोटाइप और समूहों के एक सेट को देखते हुए, --मह 2x2xK की गणना करता है
जबकि, प्रत्येक संस्करण के लिए कोचरन-मैन्टेल-हेन्ज़ेल आँकड़े --बी.डी भी निष्पादित करता है
विषम अनुपात समरूपता के लिए ब्रेस्लो-डे परीक्षण। क्रमपरिवर्तन और भिन्न सेट परीक्षण
सीएमएच (डिफ़ॉल्ट) या ब्रेस्लो-डे (जब 'पर्म-बीडी' मौजूद है) के आधार पर आँकड़े हैं
का समर्थन किया। निम्नलिखित समान विश्लेषण भी उपलब्ध हैं: * --एमएच2 की अदला-बदली करता है
केस/नियंत्रण स्थिति और क्लस्टर सदस्यता की भूमिकाएँ,
एसोसिएशन पर एक फेनोटाइप-स्तरीकृत IxJxK कोचरन-मेंटल-हेन्सज़ेल परीक्षण करना
क्लस्टर असाइनमेंट और जीनोटाइप के बीच।
* --होमोग के आधार पर, ब्रेस्लो-डे परीक्षण का एक विकल्प निष्पादित करता है
ची-स्क्वायर सांख्यिकी का विभाजन।
--gxe {सहसंयोजक सूचकांक}
एक मात्रात्मक फेनोटाइप और एक केस/नियंत्रण सहसंयोजक दोनों को देखते हुए
--कोवर दो समूहों को परिभाषित करना, --gxe से प्राप्त प्रतिगमन गुणांक की तुलना करता है
प्रतिगमन गुणांक से प्राप्त केवल एक समूह के सदस्यों पर विचार करना
केवल दूसरे के सदस्यों पर विचार करना। डिफ़ॉल्ट रूप से, पहला सहसंयोजक
--कोवर फ़ाइल समूहों को परिभाषित करती है; उन्हें तीसरे पर आधारित करने के लिए उदाहरण '--gxe 3' का उपयोग करें
इसके बजाय सहसंयोजक।
--रेखीय
--लॉजिस्टिक
मात्रात्मक पर बहु-सहसंयोजक संघ विश्लेषण (--रेखीय) या केस/नियंत्रण
(--लॉजिस्टिक) फेनोटाइप. सामान्यतः इसके साथ प्रयोग किया जाता है --कोवर. * 'पर्म' आम तौर पर एक का कारण बनता है
अनुकूली क्रमपरिवर्तन परीक्षण किया जाना है
मुख्य प्रभाव, जबकि 'mperm=[value]' एक अधिकतम(T) क्रमपरिवर्तन परीक्षण शुरू करता है।
* 'पर्म-काउंट' के कारण क्रमपरिवर्तन परीक्षण रिपोर्ट में इसके बजाय गिनती शामिल हो जाती है
आवृत्तियों का.
* 'सेट-टेस्ट' वैरिएंट सेट के महत्व का परीक्षण करता है।
क्रमपरिवर्तन की आवश्यकता है;
के साथ अनुकूलित किया जा सकता है --सेट-पी/--सेट-आर2/--सेट-मैक्स।
* 'जीनोटाइपिक' संशोधक एक योगात्मक प्रभाव/प्रभुत्व विचलन 2df जोड़ता है
संयुक्त परीक्षण (0/1/2 और 0/1/0 कोडिंग), जबकि 'हेथोम' 0/0/1 और 0/1/0 कोडिंग का उपयोग करता है
बजाय। यदि क्रमपरिवर्तन का भी अनुरोध किया जाता है, तो ये संशोधक क्रमपरिवर्तन का कारण बनते हैं
संयुक्त परीक्षण के आधार पर.
* 'प्रमुख' और 'अप्रभावी' पूर्ण प्रभुत्व मानने वाले एक मॉडल को निर्दिष्ट करते हैं
A1 एलील के लिए क्रमशः अप्रभावीता।
* 'नो-स्एनपी' के कारण केवल फेनोटाइप और पर प्रतिगमन होता है
जीनोमिक डेटा के संदर्भ के बिना, सहसंयोजक।
यदि क्रमपरिवर्तन भी है
अनुरोध किया गया है, परिणाम सभी सहसंयोजकों के लिए रिपोर्ट किए गए हैं।
* 'हाइड-कोवर' रिपोर्ट से कोवरिएट-विशिष्ट पंक्तियों को हटा देता है। * डिफ़ॉल्ट रूप से, सेक्स
(पुरुष = 1, महिला = 0) स्वचालित रूप से एक के रूप में जोड़ा जाता है
एक्स क्रोमोसोम वेरिएंट पर सहसंयोजक, और कहीं नहीं।
'सेक्स' संशोधक
इसके कारण इसे हर जगह जोड़ा जाता है, जबकि 'नो-एक्स-सेक्स' इसे बाहर रखता है।
* 'इंटरैक्शन' मॉडल में जीनोटाइप x कोवेरिएट इंटरैक्शन जोड़ता है।
इस
सामान्य क्रमपरिवर्तन परीक्षणों के साथ उपयोग नहीं किया जा सकता; उपयोग --परीक्षण परिभाषित करना
इसके बजाय क्रमपरिवर्तन परीक्षण आँकड़ा।
* 'इंटरसेप्ट' के कारण इंटरसेप्ट को मुख्य रिपोर्ट में शामिल किया जाता है। * लॉजिस्टिक के लिए
प्रतिगमन, 'बीटा' संशोधक प्रतिगमन का कारण बनता है
रिपोर्ट किए जाने वाले विषम अनुपातों के बजाय गुणांक।
* साथ में --रेखीय, 'मानक-बीटा' संशोधक फेनोटाइप को मानकीकृत करता है
और सभी भविष्यवक्ता प्रतिगमन से पहले शून्य माध्य और इकाई विचरण पर हैं।
--खुराक [एलील खुराक फ़ाइल]
--खुराक [सूची फ़ाइल] सूची
--लिखें-खुराक
वेरिएंट-मेजर एलिलिक डोज़ डेटा के साथ प्रोसेस (संभवतः gzipped) टेक्स्ट फ़ाइलें। यह
नियमित इनपुट फ़ाइलसेट के साथ उपयोग नहीं किया जा सकता; इसके बजाय, आपको *केवल* निर्दिष्ट करना होगा
.fam और संभवतः एक .map फ़ाइल, और आप कोई अन्य आदेश निर्दिष्ट नहीं कर सकते। * प्लिंक
2.0 में जीनोटाइप संभावनाओं के लिए प्रथम श्रेणी का समर्थन होगा। एक
समतुल्य डेटा आयात ध्वज तब प्रदान किया जाएगा, और --खुराक सेवानिवृत्त हो जाएगा।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, --खुराक यह मानता है कि केवल एक एलिलिक खुराक फ़ाइल होनी चाहिए
भरी हुई।
एकाधिक फ़ाइलें निर्दिष्ट करने के लिए,
1. प्रति पंक्ति एक प्रविष्टि के साथ एक मास्टर सूची बनाएं।
सामान्यतः दो होते हैं
इस सूची के लिए समर्थित प्रारूप: प्रति पंक्ति केवल एक फ़ाइल नाम, या भिन्न बैच संख्याएँ
पहले कॉलम में और दूसरे में फ़ाइल नाम।
2. सबसे पहले उस सूची का नाम बताएं --खुराक पैरामीटर. 3. जोड़ें
'सूची' संशोधक.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, --खुराक मान लिया गया है कि एलिलिक खुराक फ़ाइल(फ़ाइलों) में एक हेडर है
लाइन, जिसमें कॉलम i+1 में 'SNP', कॉलम i+j+1 में 'A2', कॉलम i+j+2 में 'A3' है,
और कॉलम i+j+k+4 से शुरू होने वाले नमूना FID/IID। (i/j/k सामान्यतः शून्य होते हैं, लेकिन
क्रमशः 'स्किप0', 'स्किप1' और 'स्किप2' से बदला जा सकता है।) यदि ऐसा हेडर है
लाइन मौजूद नहीं है, * जब सभी नमूने उसी क्रम में दिखाई देते हैं जैसे वे दिखाई देते हैं
.fam फ़ाइल,
आप 'नोहेडर' मॉडिफ़र का उपयोग कर सकते हैं।
* अन्यथा, 'सेपहेडर' संशोधक का उपयोग करें, और नमूना आईडी फ़ाइल नाम जोड़ें
आपकी 'सूची' फ़ाइल प्रविष्टियों के लिए।
* 'प्रारूप' संशोधक आपको उपयोग किए गए मानों की संख्या निर्दिष्ट करने देता है
प्रत्येक खुराक का प्रतिनिधित्व करें।
'प्रारूप=1' सामान्यतः एकल 0..2 ए1 को इंगित करता है
अपेक्षित गिनती; 'खुराक1' इसे 0..1 आवृत्ति में संशोधित करता है।
'प्रारूप=2'
(डिफ़ॉल्ट) 0..1 समयुग्मक A1 संभावना को इंगित करता है जिसके बाद 0..1 het होता है
संभावना, जबकि 'प्रारूप=3' 0..1 होम ए1, 0..1 हेट, 0..1 होम ए2 इंगित करता है।
* 'ज़ाउट' के कारण आउटपुट फ़ाइल gzipped हो जाती है। * आम तौर पर, एक एसोसिएशन विश्लेषण
की जाती है। 'मानक-बीटा' और
'सेक्स' वैसा ही व्यवहार करते हैं जैसा उन्हें करना चाहिए --रेखीय/--लॉजिस्टिक.
'केस-कंट्रोल-फ्रीक' के कारण केस और नियंत्रण एलील आवृत्तियों की रिपोर्ट की जाती है
अलग से।
* तीन वैकल्पिक मोड हैं जो एसोसिएशन विश्लेषण का कारण बनते हैं
छोड़ दिया जाए. * 'होना' एक साधारण भिन्न घटना रिपोर्ट का अनुरोध करता है। *
--लिखें-खुराक 'प्रारूप' से मेल खाती एक सरल मर्ज की गई फ़ाइल का कारण बनता है
विनिर्देश ('खुराक 1' शामिल नहीं) उत्पन्न किया जाना है।
* --स्कोर खुराकों के लिए एक रेखीय स्कोरिंग प्रणाली लागू होती है।
--लासो [h2 अनुमान] {न्यूनतम लैम्ब्डा}
LASSO प्रतिगमन के माध्यम से भिन्न प्रभाव आकार का अनुमान लगाएं।
आपको एक प्रदान करना होगा
प्रतिगमन को अंशांकित करने के लिए योगात्मक आनुवंशिकता अनुमान। ध्यान दें कि यह विधि
प्रभावी होने के लिए बहुत बड़े नमूना आकार (जैसे सैकड़ों हजारों) की आवश्यकता हो सकती है
जटिल पॉलीजेनिक लक्षणों पर।
--परीक्षण-अनुपलब्ध
फिशर का उपयोग करके गुमशुदगी और मामले/नियंत्रण स्थिति के बीच संबंध की जांच करें
सटीक परीक्षण. 'मिडपी' संशोधक लैंकेस्टर के मध्य-पी समायोजन को लागू करने का कारण बनता है।
--मेक-पर्म-फेनो [सीटी]
फेनोटाइप क्रमपरिवर्तन उत्पन्न करें और उन्हें बिना किसी आह्वान के डिस्क पर लिखें
एसोसिएशन परीक्षण.
--tdt
केस/नियंत्रण फेनोटाइप दिए गए ट्रांसमिशन डिसिपिलिब्रियम परीक्षण आंकड़ों की रिपोर्ट करें
और वंशावली जानकारी. * मुख्य से पहले मेंडल त्रुटि जांच की जाती है
परीक्षण; हमलावर
इस विश्लेषण से जीनोटाइप को लुप्त माना जाता है।
* डिफ़ॉल्ट रूप से, मूल टीडीटी पी-मान ची-स्क्वायर परीक्षण पर आधारित होता है जब तक कि
आप 'सटीक' या 'सटीक-एमआईडीपी' के साथ सटीक द्विपद परीक्षण का अनुरोध करते हैं।
* 'perm'/'mperm=[value]' परिवार-आधारित अनुकूली या max(T) का अनुरोध करता है
क्रमपरिवर्तन परीक्षण.
डिफ़ॉल्ट रूप से, क्रमपरिवर्तन परीक्षण आँकड़ा है
बुनियादी टीडीटी पी-मूल्य; 'parentdt1'/'parentdt2' पेरेंटटीडीटी या संयुक्त परीक्षण का कारण बनता है
इसके बजाय क्रमशः पी-वैल्यू पर विचार किया जाना चाहिए।
* 'सेट-टेस्ट' वैरिएंट सेट के महत्व का परीक्षण करता है।
इसका उपयोग नहीं किया जा सकता
अभी के लिए सटीक परीक्षणों के साथ।
'पू' संशोधक इसके बजाय मूल-मूल विश्लेषण करने का कारण बनता है
विषमयुग्मजी पिता और विषमयुग्मजी माताओं से संचरण पर विचार किया गया
अलग से। * मूल-मूल विश्लेषण वर्तमान में सटीक का समर्थन नहीं करता है
परीक्षण. * डिफ़ॉल्ट रूप से, क्रमपरिवर्तन परीक्षण आँकड़ा पूर्ण है
मूल-मूल परीक्षण Z स्कोर; 'पैट'/'मैट' पैतृक या मातृ टीडीटी का कारण बनता है
इसके बजाय क्रमशः ची-स्क्वायर आँकड़े पर विचार किया जाना चाहिए।
--qfam
--qfam-माता-पिता
--qfam-बीच
--qfam-कुल
मात्रात्मक लक्षणों के लिए QFAM परिवार-आधारित एसोसिएशन परीक्षण। * एक मेंडल त्रुटि जाँच
मुख्य परीक्षणों से पहले किया जाता है; हमलावर
इस विश्लेषण से जीनोटाइप को लुप्त माना जाता है।
* इस प्रक्रिया के लिए क्रमपरिवर्तन की आवश्यकता है।
'पर्म' और 'पर्म-काउंट' है
सामान्य अर्थ.
हालाँकि, 'mperm=[value]' केवल एक निश्चित संख्या निर्दिष्ट करता है
क्रमपरिवर्तन का; विधि उचित अधिकतम(टी) परीक्षण का समर्थन नहीं करती है।
* 'एम्प-से' संशोधक बीटा और ईएमपी_एसई (अनुभवजन्य मानक त्रुटि) जोड़ता है
बीटा) .perm आउटपुट फ़ाइल में फ़ील्ड।
--एनोटेट [PLINK रिपोर्ट]
वैरिएंट-आधारित PLINK रिपोर्ट में एनोटेशन जोड़ें।
इसके लिए एक की आवश्यकता है
एनोटेशन स्रोत: * 'attrib=[file]' एक (संभवतः gzipped) विशेषता फ़ाइल निर्दिष्ट करता है।
* 'श्रेणियाँ=[फ़ाइल]' एक जीन/श्रेणी सूची फ़ाइल निर्दिष्ट करती है। (दोनों स्रोत प्रकार हो सकते हैं
एक साथ निर्दिष्ट।) निम्नलिखित विकल्प भी समर्थित हैं: *
'फ़िल्टर=[फ़ाइल]' फ़ाइल में किसी एक श्रेणी के भीतर केवल वेरिएंट का कारण बनता है
नई रिपोर्ट में शामिल किया जाएगा।
* 'snps=[file]' के कारण केवल फ़ाइल में नामित वेरिएंट ही शामिल होते हैं
नई रिपोर्ट.
* 'एनए' संशोधक के कारण अघोषित वेरिएंट में 'के बजाय' एनए हो जाता है।
नई रिपोर्ट के ANNOT कॉलम में, जबकि 'प्रून' संशोधक उन्हें बाहर कर देता है
पूरी तरह से।
* 'ब्लॉक' संशोधक एकल ANNOT कॉलम को 0/1-कोडित से बदल देता है
प्रत्येक संभावित एनोटेशन के लिए कॉलम।
* 'रेंज' के साथ,
* 'सबसेट=[फ़ाइल]' के कारण केवल सबसेट फ़ाइल में नामित अंतराल होते हैं
रेंज फ़ाइल से लोड किया गया।
* अंतराल एनोटेशन आम तौर पर कोष्ठक में हस्ताक्षरित दूरी के साथ आते हैं
अंतराल सीमा तक (0 यदि वैरिएंट अंतराल के अंदर स्थित है; यह है
हमेशा बिना सच है --सीमा). उन्हें 'न्यूनतम' संशोधक के साथ बाहर रखा जा सकता है।
* 'दूरी' संशोधक हस्ताक्षरित वर्णन करने वाले 'DIST' और 'SGN' कॉलम जोड़ता है
निकटतम अंतराल की दूरी.
* कब --pफ़िल्टर मौजूद है, उच्च पी-मान फ़िल्टर कर दिए जाते हैं।
-- झुरमुट [PLINK रिपोर्ट फ़ाइल नाम...]
'एसएनपी' और पी-वैल्यू कॉलम के साथ प्रक्रिया एसोसिएशन विश्लेषण रिपोर्ट, आयोजन
एलडी-आधारित क्लंप द्वारा परिणाम। एकाधिक फ़ाइल नामों को रिक्त स्थान या द्वारा अलग किया जा सकता है
अल्पविराम
--जीन-रिपोर्ट [PLINK रिपोर्ट] [जीन रेंज फ़ाइल]
वैरिएंट-आधारित रिपोर्ट से जीन-आधारित रिपोर्ट तैयार करें। * कब --pफ़िल्टर is
वर्तमान में, उच्च पी-मान फ़िल्टर किए जाते हैं। * कब --निचोड़ ('रेंज' के बिना) है
वर्तमान में, केवल वेरिएंट का नाम दिया गया है
--निचोड़ फ़ाइल पर विचार किया जाता है.
--मेटा-विश्लेषण [PLINK रिपोर्ट फ़ाइल नाम...]
--मेटा-विश्लेषण [PLINK रिपोर्ट फ़ाइल नाम...] +
'एसएनपी' और 'एसई' के साथ कई प्रकार-आधारित रिपोर्टों पर मेटा-विश्लेषण करें
खेत। * आम तौर पर, प्रत्येक इनपुट में एक 'OR' विषम अनुपात फ़ील्ड भी मौजूद होना चाहिए
फ़ाइल.
'लॉगस्केल', 'बीटा' के साथ लॉग-ऑड्स मान/प्रतिगमन गुणांक
इसके बजाय अपेक्षित हैं, लेकिन जेनरेट की गई रिपोर्ट में अभी भी ऑड्स अनुपात शामिल होगा
अनुमान। 'क्यूटी' के साथ, इनपुट और आउटपुट दोनों मान प्रतिगमन बीटा हैं।
* 'सीएचआर', 'बीपी' और 'ए1' फ़ील्ड भी सामान्य रूप से आवश्यक हैं।
'नो-मैप' कारण
उन सभी को नजरअंदाज कर दिया जाता है, जबकि 'नो-एलील' के कारण सिर्फ 'ए1' को नजरअंदाज किया जाता है।
* यदि 'A2' फ़ील्ड मौजूद हैं, और न तो 'नो-मैप' और न ही 'नो-एलील' मौजूद था
निर्दिष्ट, A1/A2 एलील फ़्लिप को ठीक से नियंत्रित किया जाता है।
अन्यथा, A1
बेमेल को बाहर फेंक दिया जाता है।
* 'अध्ययन' अध्ययन-विशिष्ट प्रभाव अनुमानों को एकत्रित करने का कारण बनता है
मेटा-विश्लेषण रिपोर्ट.
* 'रिपोर्ट-ऑल' केवल एक इनपुट फ़ाइल में मौजूद वेरिएंट का कारण बनता है
मेटा-विश्लेषण रिपोर्ट में शामिल किया गया।
* 'भारित-जेड' भारित जेड-स्कोर-आधारित पी-मूल्यों का अनुरोध करता है (जैसा कि गणना की गई है)।
एबेकेसिस लैब का मेटल सॉफ्टवेयर) सामान्य व्युत्क्रम विचरण-आधारित के अलावा
विश्लेषण। इसके लिए P और प्रभावी नमूना आकार फ़ील्ड की आवश्यकता होती है।
* कब --निचोड़ ('रेंज' के बिना) मौजूद है, केवल वेरिएंट का नाम दिया गया है
--निचोड़ फ़ाइल पर विचार किया जाता है.
* जब तक 'नो-मैप' निर्दिष्ट नहीं किया जाता है, क्रोमोसोम फ़िल्टर का भी सम्मान किया जाता है।
--फास्ट-एपिस्टासिस
--एपिस्टासिस
एपिस्टैटिक इंटरैक्शन के लिए स्कैन करें।
--फास्ट-एपिस्टासिस 3x3 जोड़ का निरीक्षण करता है
जीनोटाइप गणना तालिकाएँ और केवल केस/नियंत्रण फेनोटाइप पर लागू होती हैं
--एपिस्टासिस रैखिक या लॉजिस्टिक प्रतिगमन करता है। * डिफ़ॉल्ट रूप से, --फास्ट-एपिस्टासिस
PLINK 1.07 एलील-आधारित परीक्षण का उपयोग करता है। दो
नए परीक्षण अब समर्थित हैं: 'बूस्ट' शुरू किए गए संभावना अनुपात परीक्षण को लागू करता है
वान एक्स एट अल द्वारा। (2010) बूस्ट: जीन-जीन इंटरैक्शन का पता लगाने के लिए एक तेज़ दृष्टिकोण
जीनोम-वाइड केस-कंट्रोल अध्ययन में, जबकि 'संयुक्त-प्रभाव' जोड़ पर लागू होता है
उईकी एम, कॉर्डेल एचजे (2012) में प्रभाव परीक्षण पेश किया गया, इसके लिए बेहतर आँकड़े
जीनोम-वाइड इंटरैक्शन विश्लेषण।
* मूल --फास्ट-एपिस्टासिस परीक्षण आम तौर पर भिन्नता लागू करता है और
उईकी और कॉर्डेल के पेपर द्वारा सुझाए गए खाली सेल सुधार।
निष्क्रिय करने के लिए
उन्हें, 'नो-यूकी' संशोधक का उपयोग करें।
* 'केस-ओनली' केस/कंट्रोल टेस्ट के बजाय केवल-केस का अनुरोध करता है। * डिफ़ॉल्ट रूप से,
संपूर्ण जीनोम में वेरिएंट के सभी जोड़ों का परीक्षण किया जाता है।
एक ही सेट के भीतर वेरिएंट के जोड़े का परीक्षण करने के लिए, 'सेट-दर-सेट' संशोधक जोड़ें
और बिल्कुल एक सेट लोड करें --सेट/--मेक-सेट; ठीक दो सेट लोड किए गए, सभी के साथ
एक सेट के वेरिएंट का परीक्षण दूसरे सेट के सभी वेरिएंट के विरुद्ध किया जाता है। 'सभी द्वारा निर्धारित'
इसके बजाय पूरे जीनोम के विरुद्ध एक सेट में सभी वेरिएंट का परीक्षण करता है।
* 'एनओपी' मुख्य रिपोर्ट से पी-वैल्यू हटा देता है। * ये गणनाएं हो सकती हैं
के साथ उपविभाजित --समानांतर; तथापि...
--एपिस्टासिस-सारांश-विलय [सामान्य फ़ाइल उपसर्ग] [सीटी]
जब --{फास्ट-}एपिस्टासिस जॉब को उपविभाजित किया गया है --समानांतर, मुख्य रिपोर्ट हो सकती है
अंत में यूनिक्स 'कैट' को सामान्य तरीके से लागू करके इकट्ठा किया गया, लेकिन
.summary.1, .summary.2, ... फ़ाइलों को एक विशेष मर्ज की आवश्यकता हो सकती है।
--एपिस्टासिस-सारांश-विलय बाद वाले का ख्याल रखता है.
--twolocus [वेरिएंट आईडी] [वेरिएंट आईडी]
दो-लोकस संयुक्त जीनोटाइप गणना रिपोर्ट।
--स्कोर [फ़ाइल नाम] {i} {j} {k}
प्रत्येक नमूने पर एक रेखीय स्कोरिंग प्रणाली लागू करें। इनपुट फ़ाइल में एक पंक्ति होनी चाहिए
प्रति स्कोर संस्करण। वेरिएंट आईडी कॉलम #i से पढ़े जाते हैं, एलील कोड पढ़े जाते हैं
कॉलम #j से, और स्कोर कॉलम #k से पढ़े जाते हैं, जहां i डिफ़ॉल्ट रूप से 1, j होता है
डिफॉल्ट से i+1, और k डिफॉल्ट से j+1। * 'हेडर' संशोधक पहले का कारण बनता है
इनपुट फ़ाइल की गैर-रिक्त पंक्ति
अनदेखा किया जाए; अन्यथा, --स्कोर मान लिया गया है कि कोई हेडर लाइन नहीं है.
* डिफ़ॉल्ट रूप से, अंतिम स्कोर वैध प्रति-वेरिएंट स्कोर का औसत होता है।
'योग' संशोधक इसके बजाय योगों को रिपोर्ट करने का कारण बनता है।
(ऐसा नहीं हो सकता
'नो-मीन-इम्प्यूटेशन' के साथ प्रयोग किया जाता है।
और पश्चगामी अनुकूलता के लिए, 'योग' है
जब तक 'नो-सम' निर्दिष्ट न हो, खुराक डेटा के साथ स्वचालित रूप से चालू हो जाता है।)
* डिफ़ॉल्ट रूप से, अनाम एलील की प्रतियां स्कोर में शून्य का योगदान देती हैं
लापता जीनोटाइप लोड किए गए (के माध्यम से) आनुपातिक राशि का योगदान करते हैं --पढ़ें-आवृत्ति)
या आरोपित एलील आवृत्ति। इसके बजाय लुप्त टिप्पणियों को बाहर फेंकना (घटाना)।
ऐसा होने पर अंतिम औसत में हर), का उपयोग करें
'नो-मीन-इंप्यूटेशन' संशोधक।
* वैकल्पिक रूप से, आप सभी स्कोरों को स्थानांतरित करने के लिए 'केंद्र' संशोधक का उपयोग कर सकते हैं
मतलब शून्य.
* इस कमांड का उपयोग खुराक डेटा के साथ किया जा सकता है।
डिफ़ॉल्ट रूप से, 'सीएनटी' कॉलम
इस मामले में आउटपुट फ़ाइल से हटा दिया गया है; इसे रखने के लिए 'include-cnt' का उपयोग करें। भी,
ध्यान दें कि स्कोर को 0..1 खुराक से गुणा किया जाता है, न कि 0..2 द्विगुणित एलील गणना से,
जब तक कि 'डबल-डोज़' संशोधक मौजूद न हो।
--लिखें-वर-श्रेणियाँ [ब्लॉक सीटी]
वेरिएंट के सेट को समान आकार के ब्लॉक में विभाजित करें।
(के साथ प्रयोग किया जा सकता है
--एसएनपीएस किसी कार्य को कई मशीनों में विभाजित करना।)
निम्नलिखित अन्य झंडे समर्थित हैं. (संचालन का क्रम यहां वर्णित है
https://www.cog-genomics.org/plink2/order .)
--स्क्रिप्ट [fname] : फ़ाइल से कमांड-लाइन विकल्प शामिल करें।
--रेरुन {लकड़ी का लट्ठा}
: लॉग में कमांड पुनः चलाएँ (डिफ़ॉल्ट 'plink.log')।
--संस्करण
: बाहर निकलने से पहले केवल संस्करण संख्या प्रदर्शित करें।
--चुप
: आउटपुट को कंसोल पर दबाएँ।
--gplink
:gPLINK के साथ इंटरऑपरेशन के लिए आरक्षित।
--लापता-जीनोटाइप [चार] : गुम जीनोटाइप कोड सेट करें (सामान्यतः '0')।
--डबल-आईडी
: एफआईडी और आईआईडी दोनों को वीसीएफ/बीसीएफ नमूना आईडी पर सेट करें।
--const-fid {आईडी}
: सभी FID को दिए गए स्थिरांक (डिफ़ॉल्ट '0') पर सेट करें।
--id-delim {डी}
: नमूना आईडी को [FID][d][IID] (डिफ़ॉल्ट सीमांकित '_') के रूप में पार्स करें।
--vcf-idspace-to [सी] : नमूना आईडी में रिक्त स्थान को दिए गए वर्ण में बदलें।
--केवल द्विवार्षिक : 2+ ऑल्ट वाले वीसीएफ वेरिएंट को छोड़ें। एलील.
--vcf-न्यूनतम-क्वाल [वैल]
: कम/लापता गुणवत्ता वाले वीसीएफ वेरिएंट को छोड़ें।
--vcf-फ़िल्टर {अपवाद(ओं)...}
: उन वेरिएंट को छोड़ें जिनमें फ़िल्टर विफलताएं हैं।
--vcf-require-gt
: बिना जीटी फ़ील्ड वाले वेरिएंट को छोड़ें।
--vcf-min-gq [वैल]
: जब GQ दी गई सीमा से नीचे हो तो जीनोटाइप को कॉल न करें।
--vcf-min-gp [वैल]
: जब 0-1 स्केल्ड जीपी दी गई सीमा से नीचे हो तो जीनोटाइप को कॉल न करें।
--वीसीएफ-हाफ-कॉल [म]
: निर्दिष्ट करें कि कैसे '0/.' और समान वीसीएफ जीटी मूल्यों को संभाला जाना चाहिए। निम्नलिखित
तीन मोड समर्थित हैं: * 'त्रुटि'/'ई' (डिफ़ॉल्ट) त्रुटियाँ बाहर और रिपोर्ट पंक्ति #।
* 'अगुणित'/'एच' उन्हें अगुणित कॉल के रूप में मानता है। * 'लापता'/'एम' उनके साथ व्यवहार करता है
लापता।
--ऑक्सफोर्ड-सिंगल-सीएचआर [सीएचआर एनएम] : एकल-गुणसूत्र .gen फ़ाइल निर्दिष्ट करें
अनदेखा पहला कॉलम.
--ऑक्सफोर्ड-फेनो-नाम [कॉल एनएम] : .sample फ़ाइल से नामित फेनोटाइप आयात करें।
--हार्ड-कॉल-दहलीज [वैल]
: जब ऑक्सफ़ोर्ड-प्रारूप फ़ाइलसेट लोड किया जाता है, तो कॉल करता है
--हार्ड-कॉल-दहलीज बिना सोचे समझे
0.1 से अधिक अनिश्चितता के स्तर को सामान्यतः गायब माना जाता है। तुम कर सकते हो
एक संख्यात्मक पैरामीटर प्रदान करके इस सीमा को समायोजित करें, या सभी कॉलों को यादृच्छिक बनाएं
'यादृच्छिक'।
--गायब-कोड {स्ट्रिंग सूची} : लुप्त फेनोटाइप की अल्पविराम-सीमांकित सूची
(उपनाम: --missing_code)
ऑक्सफ़ोर्ड-प्रारूप फ़ाइलसेट के लिए मान (def. 'NA')।
--अनुकरण-ncases [संख्या]
: सेट --अनुकरण केस गिनती (डिफ़ॉल्ट 1000)।
--अनुकरण-एननियंत्रण [N]
: सेट --अनुकरण नियंत्रण गणना (डिफ़ॉल्ट 1000).
-- अनुकरण-प्रचलन [पी] : सेट करें --अनुकरण रोग की व्यापकता (डिफ़ॉल्ट 0.01)।
--अनुकरण-एन [संख्या]
: सेट --अनुकरण-क्यूटी नमूना गणना (डिफ़ॉल्ट 1000)।
--अनुकरण-लेबल [उपसर्ग] : सेट करें --अनुकरण{-qt} FID/IID नाम उपसर्ग.
-- अनुकरण-गायब [आवृत्ति] : सेट करें --अनुकरण{-qt} अनुपलब्ध जीनोटाइप आवृत्ति।
--allow-extra-chr
: अपरिचित गुणसूत्र कोड की अनुमति दें। '0'
(उपनाम: --एईसी)
संशोधक के कारण उनके साथ ऐसा व्यवहार किया जाता है मानो उन्हें शून्य पर सेट कर दिया गया हो।
--chr-सेट [ऑटोसोम सीटी] :
एक गैरमानवीय गुणसूत्र सेट निर्दिष्ट करें।
पहला पैरामीटर की संख्या निर्धारित करता है
सकारात्मक होने पर द्विगुणित ऑटोसोम जोड़े, या नकारात्मक होने पर अगुणित गुणसूत्र। दिया गया
डिप्लोइड ऑटोसोम्स, शेष संशोधक नामित की अनुपस्थिति का संकेत देते हैं
गैर-ऑटोसोमल गुणसूत्र।
--गाय/--कुत्ता/--घोड़ा/--चूहा/--चावल/--भेड़: उन प्रजातियों के लिए शॉर्टकट।
--ऑटोसोम-संख्या [कीमत]
: '--chr-set [value] no-y no-xy no-mt' के लिए उपनाम।
--सेमी-मानचित्र [fname पैटर्न] {chr} : सेट करने के लिए SHAPEIT-प्रारूप पुनर्संयोजन मानचित्रों का उपयोग करें
सेंटीमर्गन पद. एक से अधिक गुणसूत्रों को संसाधित करने के लिए, इसमें '@' शामिल करें
पहला पैरामीटर जहां chrom. संख्या संबंधित है, उदा
'आनुवंशिक_मैप_chr@_combined_b37.txt'.
--शून्य-सेमी
: सेंटीमॉर्गन स्थितियों को शून्य करें।
--फेनो [नाम]
: मानों का उपयोग करने के बजाय, निर्दिष्ट फ़ाइल से फेनोटाइप डेटा लोड करें
मुख्य इनपुट फ़ाइलसेट.
--ऑल-फेनो
: बुनियादी एसोसिएशन परीक्षणों के लिए, सभी फेनोटाइप के माध्यम से लूप करें --फेनो फ़ाइल.
--म्फेनो [N]
: कॉलम (n+2) से फेनोटाइप लोड करें --फेनो फ़ाइल.
--फेनो-नाम [सी] : यदि --फेनो फ़ाइल में एक हेडर पंक्ति है, इसके साथ कॉलम का उपयोग करें
प्रदत्त नाम।
--फीनो-मर्ज
: जब मुख्य इनपुट फ़ाइलसेट में किसी नमूने के लिए फेनोटाइप मान होता है, लेकिन
--फेनो फ़ाइल फ़िनोटाइप को इस रूप में मानने के बजाय मूल मान का उपयोग नहीं करती है
लापता।
--लापता-फेनोटाइप [v] : लुप्त फेनोटाइप मान सेट करें (सामान्य रूप से)। -9).
-1 : अपेक्षा करें कि केस/नियंत्रण फेनोटाइप को इसके बजाय 0 = नियंत्रण, 1 = केस के रूप में कोडित किया जाए
सामान्य 0 = गायब, 1 = नियंत्रण, 2 = मामला।
--मेक-फेनो [एफएन] [वैल] : एक नया केस/नियंत्रण फेनोटाइप परिभाषित करें।
यदि वैल पैरामीटर '*' है, तो दी गई फ़ाइल में सूचीबद्ध सभी नमूने मामले हैं, और
बाकी सब एक नियंत्रण है. (ध्यान दें कि, कुछ शैलों में, यह आवश्यक है
* को उद्धरण चिह्नों से घेरें।) अन्यथा, तीसरे कॉलम प्रविष्टि वाले सभी नमूने समान हैं
वैल पैरामीटर में मामले हैं, और फ़ाइल में उल्लिखित अन्य सभी नमूने हैं
नियंत्रित करता है।
--पूंछ-फेनो [लेफ्टिनेंट] {एचबीटी} : एक स्केलर फेनोटाइप को केस/कंट्रोल में डाउनकोड करें
फेनोटाइप. एचबीटी से अधिक फेनोटाइप मान वाले सभी नमूने मामले हैं, और सभी
Lt से कम या उसके बराबर मान वाले नियंत्रण हैं। यदि एचबीटी अनिर्दिष्ट है, तो यह है
लेफ्टिनेंट के बराबर; अन्यथा, बीच में फेनोटाइप मान गायब पर सेट हैं।
--कोवर [फ़ाइल का नाम] : सहसंयोजक फ़ाइल निर्दिष्ट करें.
--कोवर-नाम [...]
: सहसंयोजक निर्दिष्ट करें --कोवर नाम से फ़ाइल करें. अनेक नामों को अलग-अलग करें
रिक्त स्थान या अल्पविराम, और श्रेणियों को निर्दिष्ट करने के लिए डैश का उपयोग करें।
--कोवर-संख्या [...]
: सहसंयोजक निर्दिष्ट करें --कोवर अनुक्रमणिका द्वारा फ़ाइल करें.
--नो-कॉन्स्ट-कोवर
: स्थिरांक सहसंयोजकों को बाहर निकालें।
--अंदर [एफ]
: प्रारंभिक क्लस्टर असाइनमेंट निर्दिष्ट करें।
--मैंभीतर [N]
: कॉलम n+2 से क्लस्टर असाइनमेंट लोड करें।
--परिवार
: प्रत्येक परिवार आईडी के लिए एक क्लस्टर बनाएं।
--लूप-सहयोगी [एफ]
: प्रत्येक क्लस्टर के लिए एक बार निर्दिष्ट केस/कंट्रोल एसोसिएशन कमांड चलाएँ
फ़िनोटाइप के रूप में क्लस्टर सदस्यता का उपयोग करके फ़ाइल।
--सेट [फ़ाइल का नाम]
: .set फ़ाइल से सेट लोड करें।
--सेट-नाम [नाम...]
: केवल कमांड लाइन पर नामित सेट लोड करें। एकाधिक नामों को अलग करने के लिए रिक्त स्थान का उपयोग करें.
--सबसेट [फ़ाइल का नाम]
: केवल दी गई टेक्स्ट फ़ाइल में नामित सेट लोड करें।
--सेट-पतन-सभी [सेट नाम] : सभी सेटों को मर्ज करें।
--पूरक-सेट
: सभी सेटों को उलटा करें. (नामों में 'C_' उपसर्ग लगते हैं।)
--मेक-सेट-पूरक-सब [एस] : --सेट-पतन-सभी + उलटा।
--मेक-सेट [फ़ाइल का नाम]
: नामित बीपी श्रेणियों की सूची से सेट परिभाषित करें।
--मेक-सेट-बॉर्डर [केबीएस]
: क्षेत्रों का विस्तार करें --मेक-सेट फ़ाइल.
--बनाएँ-सेट-पतन-समूह
: समुच्चय को समुच्चय के बजाय समूहों से परिभाषित करें --मेक-सेट फ़ाइल.
--रखना [फ़ाइल का नाम]
: फ़ाइल में नामित सभी नमूनों को बाहर निकालें।
--हटाना [फ़ाइल का नाम]
: फ़ाइल में नामित सभी नमूनों को बाहर निकालें।
--रखें-परिवार [फ़ाइल नाम] : फ़ाइल में नामित सभी परिवारों को बाहर रखें।
--निकालें-परिवार [नाम]
: फ़ाइल में नामित सभी परिवारों को बाहर करें।
--निचोड़ [एफ]: फ़ाइल में नामित सभी वेरिएंट को बाहर निकालें।
--निकालना [एफ]: फ़ाइल में नामित सभी वेरिएंट को बाहर निकालें।
--रखें-क्लस्टर [फ़ाइल का नाम]
: इन्हें व्यक्तिगत रूप से या अंदर इस्तेमाल किया जा सकता है
--रखें-क्लस्टर-नाम [नाम...]
रखने के लिए समूहों की सूची को परिभाषित करने के लिए संयोजन; सभी नमूने एक क्लस्टर में नहीं हैं
फिर उस सूची को बाहर कर दिया जाता है। क्लस्टर नामों को अलग करने के लिए रिक्त स्थान का उपयोग करें
--रखें-क्लस्टर-नाम.
--निकालें-क्लस्टर [फ़ाइल का नाम]
: फ़ाइल में नामित सभी क्लस्टरों को बाहर निकालें।
--निकालें-क्लस्टर-नाम [नाम...] : नामित समूहों को बाहर करें।
--जीन [सेट...] : कमांड लाइन पर नामित सेट में मौजूद वेरिएंट को बाहर न करें।
(एकाधिक सेट नामों को रिक्त स्थान से अलग करें।)
--जीन-सभी
: उन वेरिएंट को बाहर निकालें जो किसी भी सेट के सदस्य नहीं हैं। (PLINK 1.07 स्वचालित रूप से हुआ
यह कुछ परिस्थितियों में है।)
--विशेषता [f] {att lst} : वेरिएंट्स को विशेषताएँ निर्दिष्ट करने वाली एक फ़ाइल दी गई है, और a
--attrib-indiv [एफ] {ए}
विशेषता नामों की अल्पविराम-सीमांकित सूची (बिना रिक्त स्थान के) हटाएँ
वैरिएंट/नमूने जो या तो फ़ाइल से गायब हैं या इनमें से कुछ भी नहीं है
सूचीबद्ध विशेषताएँ. यदि सूची में कुछ विशेषता नामों के पहले '-' है, तो वे
इसके बजाय इन्हें 'नकारात्मक मिलान शर्तों' के रूप में माना जाता है: कम से कम एक वाले वेरिएंट
नकारात्मक मिलान विशेषता हटा दी गई है। सूची में पहला अक्षर a नहीं हो सकता
'-', कमांड-लाइन पार्सिंग कैसे काम करती है इसके कारण; आगे बढ़ने के लिए सामने अल्पविराम जोड़ें
इस।
--chr [chrs...]
: दिए गए गुणसूत्रों पर मौजूद सभी वेरिएंट को बाहर न करें। मनुष्यों के लिए वैध विकल्प
0 (अस्थानित), 1-22, X, Y, XY और MT हैं। एकाधिक गुणसूत्रों को अलग करें
रिक्त स्थान और/या अल्पविराम, और a को दर्शाने के लिए डैश (आसन्न रिक्त स्थान की अनुमति नहीं) का उपयोग करें
रेंज, उदाहरण के लिए '--chr 1-4, 22, xy'।
--नहीं-chr [...]
: का उल्टा --chr (सूचीबद्ध गुणसूत्रों पर वेरिएंट को छोड़ दें)।
--ऑटोसोम
: सभी गैर-ऑटोसोमल वेरिएंट को छोड़ दें।
--ऑटोसोम-xy
: गुणसूत्र कोड XY वाले को छोड़कर, सभी गैर-ऑटोसोमल वेरिएंट को बाहर करें
(एक्स का छद्म-ऑटोसोमल क्षेत्र)।
--snps-केवल : बहु-वर्ण एलील कोड वाले वेरिएंट को बाहर निकालें।
--से [वर आईडी]
: लोड करने के लिए भिन्न श्रेणी निर्दिष्ट करने के लिए आईडी का उपयोग करें। इस्तेमाल के बाद
--सेवा मेरे [var ID] एक साथ, दोनों प्रकार एक ही गुणसूत्र पर होने चाहिए।
- एसएनपी [var ID] : लोड करने के लिए एकल संस्करण निर्दिष्ट करें।
--बहिष्कृत-एसएनपी [] : बाहर करने के लिए एक एकल संस्करण निर्दिष्ट करें।
--खिड़की
[kbs] : साथ में - एसएनपी or --बहिष्कृत-एसएनपी, आधे के भीतर सभी वेरिएंट को लोड/बहिष्कृत करता है
नामित व्यक्ति की निर्दिष्ट केबी दूरी।
--से-बीपी [स्थिति]
: भिन्न श्रेणी को परिभाषित करने के लिए भौतिक स्थिति(स्थितियों) का उपयोग करें
--टू-बीपी
[पॉज़] लोड। --से-केबी/--to-kb/--from-mb/--to-mb दशमलव की अनुमति दें
--से-केबी [स्थिति]
मूल्य. आपको एक एकल गुणसूत्र भी निर्दिष्ट करना होगा (का उपयोग करके)।
--से-केबी
[स्थिति] उदाहरण के लिए --chr) इन झंडों का उपयोग करते समय।
--से-एमबी [स्थिति]
--मकबरे
[स्थिति]
--एसएनपीएस [var आईडी...]
: लोड करने के लिए वैरिएंट रेंज निर्दिष्ट करने के लिए आईडी का उपयोग करें
--बहिष्कृत-एसएनपीएस [...]
निकालना। उदाहरण के लिए '--snps rs1111-rs2222, rs3333, rs4444'।
--पतला [पी]
: बेतरतीब ढंग से वेरिएंट हटाएं, प्रत्येक को प्रोब के साथ बनाए रखें। पी।
--पतली गिनती [n] : वेरिएंट को तब तक बेतरतीब ढंग से हटाएं जब तक कि उनमें से n शेष न रह जाएं।
--बीपी-स्पेस [बीपीएस] : वेरिएंट हटाएं ताकि प्रत्येक जोड़ी इससे करीब न हो
दी गई बीपी दूरी। (VCFtools के समतुल्य --पतला.)
--पतला-indiv [पी]
: जांच के साथ रखते हुए, बेतरतीब ढंग से नमूने निकालें। पी।
--थिन-इंडिव-काउंट [N]
: नमूनों को तब तक बेतरतीब ढंग से हटाते रहें जब तक कि उनमें से कोई शेष न रह जाए।
--फ़िल्टर [एफ] [वैल(एस)...] : बिना तीसरे कॉलम की प्रविष्टि के सभी नमूनों को बाहर निकालें
दी गई फ़ाइल दिए गए स्थान से अलग किए गए मानों में से किसी एक से मेल खाती है।
--एमफ़िल्टर [N]
: इसके बजाय (n+2)वें कॉलम से मिलान करें।
--जीनो {वैल}
: एक सीमा (डिफ़ॉल्ट) से अधिक मिसिंग कॉल फ़्रीक्वेंसी वाले वेरिएंट को बाहर करें
0.1). (ध्यान दें कि डिफ़ॉल्ट सीमा केवल तभी लागू होती है --जीनो है लागू
बिना किसी पैरामीटर के; कब --जीनो लागू नहीं किया गया है, कोई प्रति-वेरिएंट गुम कॉल नहीं है
फ़्रीक्वेंसी सीलिंग बिल्कुल लागू है। अन्य समावेशन/बहिष्करण डिफ़ॉल्ट सीमाएँ
उसी तरह काम करें।)
--मन {वैल}
: एक सीमा (डिफ़ॉल्ट) से अधिक लापता कॉल आवृत्तियों वाले नमूनों को बाहर करें
0.1)।
-- बाध्य-लापता [एफ1] [एफ2] : लुप्त जीनोटाइप कॉल के ब्लॉक निर्दिष्ट करें
--जीनो/--अनदेखा करने का मन। पहली फ़ाइल में पहले वैरिएंट आईडी होनी चाहिए
दूसरे में कॉलम और ब्लॉक आईडी, जबकि दूसरी फाइल में एफआईडी होनी चाहिए
पहले कॉलम में, दूसरे में आईआईडी और तीसरे में ब्लॉक आईडी।
--छटना
: लापता फेनोटाइप वाले नमूने निकालें।
--माफ {freq}
: एक सीमा (डिफ़ॉल्ट) से कम मामूली एलील आवृत्ति वाले वेरिएंट को बाहर करें
0.01)।
--मैक्स-माफ [आवृत्ति]
: सीमा से अधिक एमएएफ वाले वेरिएंट को बाहर करें।
--Mac [सीटी]
: से कम मामूली एलील गिनती वाले वेरिएंट को बाहर करें
(उपनाम: --मिनट एसी)
दी गई सीमा.
--मैक्स-मैक [सीटी]
: इससे अधिक छोटी एलील संख्या वाले वेरिएंट को बाहर निकालें
(उपनाम: --मैक्स-एसी)
दी गई सीमा.
--maf-succ
: उत्तराधिकार MAF अनुमान का नियम (EIGENSOFT में प्रयुक्त)। दिए गए जे के अवलोकन
एक एलील और दूसरे के k >= j अवलोकन, (j+1) / (j+k+2) के MAF का अनुमान लगाते हैं,
डिफ़ॉल्ट j / (j+k) के बजाय।
--पढ़ें-आवृत्ति [एफएन]: दिए गए से एमएएफ और हेटेरोज़ायगोट आवृत्तियों का अनुमान लगाएं
--freqइनपुट फ़ाइलसेट के बजाय {x} रिपोर्ट।
--ह्वे [पी] : हार्डी-वेनबर्ग वाले वेरिएंट को हटा दें
एक सीमा के नीचे संतुलन सटीक परीक्षण पी-मान।
--मुझे [टी] [वी] : मेंडल त्रुटि वाले तिकड़ी और वेरिएंट को फ़िल्टर करें
दरें दी गई सीमा से अधिक हैं।
--मुझे-बहिष्कृत-एक {अनुपात} : बनाओ --मुझे प्रति तिकड़ी में केवल एक नमूना छोड़ें।
--क्वाल-स्कोर [f] {qcol} {IDcol} {छोड़ें} : वेरिएंट को फ़िल्टर करें
सीमा से बाहर गुणवत्ता स्कोर। डिफ़ॉल्ट सीमा अब [0, \infty ) है।
--क्वाल-दहलीज [न्यूनतम गुणवत्ता स्कोर]
: सेट --क्वाल-स्कोर रेंज फ़्लोर.
--क्वाल-मैक्स-दहलीज [अधिकतम गुणवत्ता स्कोर]
: सेट --क्वाल-स्कोर रेंज सीलिंग.
--अनुमति-नहीं-सेक्स
: अस्पष्ट-लिंग नमूनों को विश्लेषण में गायब फेनोटाइप के रूप में न मानें
आदेश. (स्वचालित /w --नो-सेक्स.)
-सेक्स अवश्य करें
: अस्पष्ट-सेक्स फेनोटाइप को गायब करने के लिए बाध्य करें
--चारपाई छाना/--make-just-fam/--recode/--write-covar.
--फ़िल्टर-मामले
: वर्तमान विश्लेषण में केवल मामलों को शामिल करें।
--फ़िल्टर-नियंत्रण
: केवल नियंत्रण शामिल करें.
--फ़िल्टर-नर
: केवल पुरुषों को शामिल करें.
--फ़िल्टर-महिलाएँ
: केवल महिलाएं शामिल करें.
--फ़िल्टर-संस्थापक
: केवल संस्थापकों को शामिल करें।
--फ़िल्टर-नॉनफाउंडर्स : केवल गैर-संस्थापकों को शामिल करें।
--गैर-संस्थापक
: एलील फ्रीक/एचडब्ल्यूई गणना में नॉनफाउंडर्स को शामिल करें।
--मेक-संस्थापक : उनके लिए अभिभावकीय आईडी साफ़ करें
1+ लापता माता-पिता के साथ।
--recode-एलील [fn] : साथ में --recode ए/ए-ट्रांसपोज़/एडी, नामित एलील्स की गिनती करें
फ़ाइल (अन्यथा A1 एलील हमेशा गिने जाते हैं)।
--आउटपुट-chr [एमटी कोड] : आउटपुट फाइलों में क्रोमोसोम कोडिंग योजना सेट करें
वांछित मानव माइटोकॉन्ड्रियल कोड प्रदान करना। (विकल्प हैं '26', 'एम', 'एमटी',
'0एम', 'सीएचआर26', 'सीएचआरएम', और 'सीएचआरएमटी'।)
--आउटपुट-गायब-जीनोटाइप [ch] : गुम को दर्शाने के लिए उपयोग किया जाने वाला कोड सेट करें
आउटपुट फ़ाइलों में जीनोटाइप (सामान्यतः --लापता-जीनोटाइप मूल्य)।
--आउटपुट-लापता-फेनोटाइप [एस] : लापता को दर्शाने के लिए प्रयुक्त स्ट्रिंग सेट करें
आउटपुट फ़ाइलों में फेनोटाइप्स (सामान्यतः --लापता-फेनोटाइप मूल्य)।
--शून्य-क्लस्टर [च] : के साथ संयोजन में --अंदर/--परिवार, के ब्लॉक सेट करें
जीनोटाइप लापता को कॉल करता है। इनपुट फ़ाइल में पहले वैरिएंट आईडी होनी चाहिए
दूसरे में कॉलम और क्लस्टर आईडी। अब इसका उपयोग इसके साथ किया जाना चाहिए --चारपाई छाना और नहीं
अन्य आउटपुट कमांड।
--सेट-एचएच-गायब : कारण --चारपाई छाना और --recode विषमयुग्मजी अगुणित सेट करने के लिए
जीनोटाइप गायब हैं।
--स्प्लिट-x [बीपी1] [बीपी2] : सभी X गुणसूत्र के गुणसूत्र कोड को बदलता है
--स्प्लिट-x [निर्माण]
बीपी स्थिति <= बीपी1 या >= बीपी2 से एक्सवाई वाले वेरिएंट। निम्नलिखित बिल्ड कोड हैं
आशुलिपि के रूप में समर्थित: * 'बी36'/'एचजी18' = एनसीबीआई 36, 2709521/154584237 * 'बी37'/'एचजी19'
= जीआरसीएच37, 2699520/154931044 * 'बी38'/'एचजी38' = जीआरसीएच38, 2781479/155701383 डिफ़ॉल्ट रूप से,
जब कोई वैरिएंट प्रभावित नहीं होगा तो PLINK त्रुटियां समाप्त हो जाएंगी --स्प्लिट-x; 'नो-फेल'
संशोधक (स्क्रिप्ट में उपयोगी) इसे ओवरराइड करता है।
--मर्ज-x
: XY गुणसूत्र को वापस X के साथ मिलाएँ।
--सेट-मुझे-लापता
: कारण --चारपाई छाना मेंडल त्रुटियों को लुप्त पर सेट करने के लिए।
--भरें-गायब-ए2 : कारण --चारपाई छाना सभी गुम कॉलों को बदलने के लिए
समयुग्मजी A2 कॉल।
--सेट-लापता-var-id [टी]
: '@' के साथ एक टेम्प्लेट स्ट्रिंग दी गई है जहां क्रोमोसोम कोड जाना चाहिए और '#'
बीपी निर्देशांक कहां है, --सेट-लापता-var-id प्रदान करती है
अनाम वेरिएंट के लिए क्रोमोसोम-और-बीपी-आधारित आईडी। आप इसके लिए '$1' और '$2' का भी उपयोग कर सकते हैं
टेम्प्लेट स्ट्रिंग में एलील नामों का संदर्भ लें, और वास्तव में यह आवश्यक हो जाता है
जब एकाधिक वेरिएंट समान समन्वय साझा करते हैं।
--नई-आईडी-अधिकतम-एलील-लेन [एन] : प्रमुख पात्रों की अधिकतम संख्या निर्दिष्ट करें
एलील नामों से लेकर नए वैरिएंट आईडी में शामिल करने के लिए (डिफ़ॉल्ट 23)।
--लापता-वर-कोड [स्ट्रिंग] : अनाम वैरिएंट कोड बदलें (डिफ़ॉल्ट '.')।
--अद्यतन-chr
[f] {chrcol} {IDcol} {छोड़ें} : वैरिएंट क्रोमोसोम कोड अपडेट करें।
--अद्यतन-सेमी
[f] {cmcol} {IDcol} {छोड़ें} : सेंटीमॉर्गन स्थिति अपडेट करें।
--अद्यतन-मानचित्र
[f] {bpcol} {IDcol} {छोड़ें} : वैरिएंट bp स्थिति अपडेट करें।
--अद्यतन-नाम [एफ] {न्यूकॉल} {ओल्डकॉल} {स्किप} : वैरिएंट आईडी अपडेट करें।
--अद्यतन-एलील [fname] : वैरिएंट एलील कोड अपडेट करें।
--एलेले1234 : ए/सी/जी/टी एलील्स को 1/2/3/4 के रूप में व्याख्या/रीकोड करें।
'मल्टीचर' के साथ, एलील नामों में सभी ए/सी/जी/टी को 1/2/3/4एस में परिवर्तित करता है।
--alleleACGT : का उल्टा --एलेले1234.
--अद्यतन-आईडी [च]
: नमूना आईडी अद्यतन करें.
--अद्यतन-माता-पिता [एफ] : अभिभावक आईडी अपडेट करें।
--अपडेट-सेक्स [एफ] {एन} : लिंग अपडेट करें।
लिंग (1 या एम = पुरुष, 2 या एफ = महिला, 0 = गायब) को कॉलम एन+2 से लोड किया गया है
(डिफ़ॉल्ट n 1 है)।
--फ्लिप [फ़ाइल का नाम]
: फ़ाइल में एसएनपी आईडी के लिए एलील्स (ए<->टी, सी<->जी) को फ़्लिप करें।
--फ्लिप-सबसेट [एफएन]
: केवल आवेदन करें --फ्लिप में नमूने के लिए --फ्लिप-सबसेट फ़ाइल.
--फ्लिप-स्कैन-विंडो [सीटी+1] : सेट करें --फ्लिप-स्कैन अधिकतम वैरिएंट सीटी जिला। (डीईएफ़. 10).
--फ्लिप-स्कैन-विंडो-केबी [x] : सेट करें --फ्लिप-स्कैन अधिकतम केबी दूरी (डिफ़ॉल्ट 1000).
--फ्लिप-स्कैन-थ्रेसहोल्ड [x] : सेट करें --फ्लिप-स्कैन न्यूनतम सहसंबंध (डिफ़ॉल्ट 0.5)।
--कीप-एलील-ऑर्डर
: एलील क्रम को .bim फ़ाइल में परिभाषित रखें,
--वास्तविक-रेफ-एलील
A2 को प्रमुख एलील बनने के लिए मजबूर करने के बजाय। --वास्तविक-रेफ-एलील 'पीआर' भी हटा देता है
द्वारा उत्सर्जित सूचना मूल्यों से --recode वीसीएफ {-फिड/-आईआईडी}।
--a1-एलील [f] {a1col} {IDcol} {छोड़ें} : फ़ाइल में एलील्स को A1 पर बाध्य करें।
--a2-एलील [फ़ाइल नाम] {a2col} {IDcol} {छोड़ें} :
फ़ाइल में एलील्स को A2 पर बाध्य करें।
("--ए2-एलील [वीसीएफ फ़ाइल नाम] 4 3 '#'",
जो वीसीएफ फ़ाइल से संदर्भ एलील असाइनमेंट को स्क्रैप करता है, विशेष रूप से उपयोगी है।)
--इंडिव-सॉर्ट [एम] {एफ} : एफआईडी/आईआईडी सॉर्ट क्रम निर्दिष्ट करें।
निम्नलिखित चार मोड समर्थित हैं: * 'कोई नहीं'/'0' नमूनों को क्रम में रखता है
वो थे
भरी हुई।
गैर-मर्ज ऑपरेशन के लिए डिफ़ॉल्ट.
* 'प्राकृतिक'/'एन' 'प्राकृतिक प्रकार' का आह्वान करता है, उदाहरण के लिए
'आईडी2' <'आईडी3' <'आईडी10'। विलय करते समय डिफ़ॉल्ट.
* 'ascii'/'a' ASCII क्रम में क्रमित होता है, उदाहरण के लिए
'आईडी3' <'आईडी10' <'आईडी2'।
* 'फ़ाइल'/'एफ' दी गई फ़ाइल में ऑर्डर का उपयोग करता है (नाम दिया गया है)।
दूसरे पैरामीटर में)।
अभी के लिए, केवल --मर्ज/--bmerge/--merge-list और
--चारपाई छाना/--make-just-fam इस झंडे का सम्मान करें।
--फेनोटाइप के साथ : अधिक नमूना जानकारी शामिल करें
नई .cov फ़ाइल में।
--डमी-कोडिंग {एन} : विभाजित श्रेणीगत चर (एन श्रेणियां,
2 < n <= N, कोवेरिएट लिखते समय डिफ़ॉल्ट N 49) n-1 बाइनरी डमी वेरिएबल में होता है
फ़ाइल.
--मर्ज-मोड [N]
: समायोजित करना --{बी}संख्यात्मक कोड के आधार पर मर्ज/--मर्ज-सूची व्यवहार। 1 (डिफ़ॉल्ट) =
मिस्ड कॉल्स को नज़रअंदाज करें, नहीं तो फर्क पड़ेगा
-> लापता
2 = केवल मूल रूप से छूटी हुई कॉलों को अधिलेखित करें 3 = केवल तभी अधिलेखित करें जब कॉलें न छूटी हों
नई फ़ाइल 4/5 = कभी भी ओवरराइट न करें और हमेशा ओवरराइट करें, क्रमशः 6 = सभी की रिपोर्ट करें
बिना मर्ज किए बेमेल कॉलें 7 = बिना मिसमैचिंग नॉनमिसिंग कॉल्स की रिपोर्ट करें
विलय
--मर्ज-बराबर स्थिति
: साथ में --मर्ज/--bmerge/--merge-list, विभिन्न नामों के साथ वेरिएंट को मर्ज करें लेकिन
समान पद. (अपवाद: समान-स्थिति क्रोमोसोम कोड 0 वेरिएंट नहीं हैं
विलय होना।)
--मेंडल-जोड़ी
: मेंडल त्रुटि जांच में डेटासेट में केवल एक पैरेंट वाले नमूनों पर विचार करें।
--मेंडेल-मल्टीजेन
: माता-पिता होने पर मेंडल त्रुटि जांच (महान-)दादा-दादी जीनोटाइप पर विचार करें
जीनोटाइप डेटा गायब है.
--ld-खिड़की [सीटी+1] : सेट करें --आर/--आर2 अधिकतम वैरिएंट सीटी जोड़ीवार दूरी (यूएसयू 10)।
--एलडी-विंडो-केबी [x] : सेट करें --आर/--आर2 अधिकतम केबी जोड़ीवार दूरी (आमतौर पर 1000)।
--एलडी-विंडो-आर2 [x] : के लिए सीमा निर्धारित करें --r2 रिपोर्ट समावेशन (आमतौर पर 0.2)।
--ld-snp [वर आईडी]
: सभी में पहला संस्करण सेट करें --आर/--r2 जोड़े.
--ld-snps [vID...] : पहले प्रतिबंधित करें --आर/-- दी गई श्रेणियों के लिए r2 वैरिएंट।
--एलडी-एसएनपी-सूची [च]
: पहले प्रतिबंधित करें --आर/--आर2 संस्करण। फ़ाइल में नामित लोगों के लिए.
--सबकी सूची बनाओ
: उपयोग करते समय 'सभी' मोड रिपोर्ट तैयार करें --टैग्स दिखाएं फ़ाइल मोड में.
--टैग-केबी [केबीएस]
: सेट --टैग्स दिखाएं अधिकतम टैग केबी दूरी (डिफ़ॉल्ट 250)।
--टैग-आर2 [वैल]
: सेट --टैग्स दिखाएं न्यूनतम टैग आर-वर्ग (डिफ़ॉल्ट 0.8)
--टैग-मोड2
: दो-स्तंभ का प्रयोग करें --टैग्स दिखाएं (फ़ाइल मोड) I/O प्रारूप।
--ld-xchr [कोड]
: के लिए Xchr मॉडल सेट करें --इंडेप{-जोड़ीवार}, --आर/--आर 2, --फ्लिप-स्कैन, तथा --टैग्स दिखाएं. 1
(डिफ़ॉल्ट) = पुरुषों का कोड 0/1, महिलाओं का कोड 0/1/2 (ए1 खुराक) 2 = पुरुषों का कोड 0/2 3 =
पुरुषों को 0/2 कोड दिया गया, लेकिन महिलाओं को दोगुना महत्व दिया गया
--ब्लॉक-अधिकतम-केबी [केबीएस]
: सेट --ब्लॉक अधिकतम हैप्लोब्लॉक अवधि (डीईएफ़. 200)।
--ब्लॉक-मिन-माफ [काट दिया]
: समायोजित करना --ब्लॉक एमएएफ न्यूनतम (डिफ़ॉल्ट 0.05)।
--ब्लॉक-मजबूत-lowci [X]
: सेट --ब्लॉक 'मजबूत एलडी' सीआई थ्रेसहोल्ड (डिफ़ॉल्ट
--ब्लॉक-मजबूत-हाईसीआई [X]
0.70 और 0.98)।
--ब्लॉक-रीकॉम्ब-हाईसीआई [x] : 'पुनर्संयोजन' सीआई थ्रेशोल्ड सेट करें (डिफ़ॉल्ट 0.90)।
--ब्लॉक-सूचना-फ़्रेक [X]
: हैप्लोब्लॉक [मजबूत एलडी जोड़े]: [कुल सूचनात्मक जोड़े] अनुपात को बड़ा करने के लिए बाध्य करें
इस मान से (डिफ़ॉल्ट 0.95)।
--दूरी-वट्स क्स्प=[x]
: जीनोमिक दूरियों की गणना करते समय, प्रत्येक वैरिएंट को (2q(1-q))^{-x} का भार निर्दिष्ट करें,
जहां q लोडेड या अनुमानित एमएएफ है।
--रीड-डिस्ट [जिला फ़ाइल] {आईडी फ़ाइल} : एक त्रिकोणीय बाइनरी दूरी मैट्रिक्स लोड करें
शुरू से पुनर्गणना करने के बजाय।
--पीपीसी-गैप [वैल]
: मार्करों के सूचनात्मक युग्मों के बीच आधार युग्मों की न्यूनतम संख्या, हजारों में
में इस्तेमाल किया --जीनोम पीपीसी परीक्षण. 500 यदि अनिर्दिष्ट है।
--मिन [काट दिया]
: शामिल करने के लिए न्यूनतम PI_HAT निर्दिष्ट करें --जीनोम रिपोर्ट.
--मैक्स [काट दिया]
: शामिल करने के लिए अधिकतम PI_HAT निर्दिष्ट करें --जीनोम रिपोर्ट.
--होमोज़िग-मैच [] : संयुक्त रूप से समयुग्मजी में न्यूनतम समरूपता निर्धारित करें
जोड़ीवार एलीलिक मैच के लिए वेरिएंट घोषित किए जाएंगे।
--पूल का आकार [सीटी]
: '--होमोज़िग समूह' रिपोर्ट में पूल का न्यूनतम आकार निर्धारित करें।
--पढ़ें-जीनोम [एफएन] : लोड करें --जीनोम के लिए विवरण --समूह/--इसके बजाय पड़ोसी
शुरुआत से आईबीएस और पीपीसी परीक्षण पी-मानों की पुनर्गणना करना।
--पीपीसी [पी-वैल]
: क्लस्टर के भीतर न्यूनतम पीपीसी परीक्षण पी-मान निर्दिष्ट करें।
--एमसी [अधिकतम आकार]
: अधिकतम क्लस्टर आकार निर्दिष्ट करें.
--एमसीसी [सी1] [सी2]
: प्रति क्लस्टर अधिकतम केस और नियंत्रण संख्या निर्दिष्ट करें।
--क [मिनट गिनती]
: न्यूनतम क्लस्टर संख्या निर्दिष्ट करें.
--आईबीएम [वैल]
: गुमशुदगी द्वारा न्यूनतम पहचान निर्दिष्ट करें।
--मिलान [f] {mv} : क्लस्टरिंग को प्रतिबंधित करने के लिए सहसंयोजक मानों का उपयोग करें।
बिना --मिलान के प्रकार, दो नमूने केवल एक ही क्लस्टर में हो सकते हैं यदि सभी सहसंयोजक हों
मिलान। वैकल्पिक दूसरा पैरामीटर इलाज के लिए एक सहसंयोजक मान निर्दिष्ट करता है
लापता।
--मिलान के प्रकार [एफ] : की व्याख्या को परिष्कृत करें --मिलान फ़ाइल.
RSI --मिलान के प्रकार यह अपेक्षा की जाती है कि फ़ाइल उतनी ही प्रविष्टियों के साथ एक पंक्ति में होगी
--मिलान फ़ाइल में सहसंयोजक हैं; '0' प्रविष्टियाँ 'नकारात्मक मिलान' (यानी नमूने) निर्दिष्ट करती हैं
समान सहसंयोजक मान एक ही क्लस्टर में नहीं हो सकते), '1' प्रविष्टियाँ निर्दिष्ट करती हैं
'सकारात्मक मिलान' (डिफ़ॉल्ट), और '-1' के कारण संगत सहसंयोजक होता है
अवहेलना करना।
--qमैच [एफ] {एम}: क्लस्टर के सभी सदस्यों को समान होने के लिए बाध्य करें
--क्यूटी [नाम]
मात्रात्मक सहसंयोजक मान. --qमैच फ़ाइल में सहसंयोजक मान शामिल हैं,
जब --क्यूटी फ़ाइल गैर-नकारात्मक सहनशीलता (और '-1' अंकन) की एक सूची है
छोड़ने के लिए सहसंयोजक)।
--पीसीए-क्लस्टर-नाम [...] : इन्हें व्यक्तिगत रूप से या संयोजन में उपयोग किया जा सकता है
--पीसीए-क्लस्टर [नाम]
बुनियादी में उपयोग करने के लिए क्लस्टर की एक सूची को परिभाषित करने के लिए --पीसीए गणना.
(--पीसीए-क्लस्टर-नाम जबकि, क्लस्टर नामों के एक स्थान-सीमांकित अनुक्रम की अपेक्षा करता है
--पीसीए-क्लस्टर प्रति पंक्ति एक क्लस्टर नाम वाली फ़ाइल की अपेक्षा है।) सभी नमूने बाहर
फिर उन समूहों को परिकलित पीसी पर प्रक्षेपित किया जाएगा।
--एमडीएस-प्लॉट [मंद] :
बहुआयामी स्केलिंग विश्लेषण।
आवश्यकता है --समूह.
--कक्ष [थ्रेस]
: कुछ छोड़ें --आदर्श परीक्षण तब होता है जब आकस्मिकता तालिका प्रविष्टि दी गई से छोटी होती है
सीमा।
--शर्त [वर आईडी] : एक प्रकार के रूप में जोड़ें --रेखीय
or --लॉजिस्टिक सहसंयोजक.
--शर्त-सूची [एफ] : फ़ाइल में नामित वेरिएंट जोड़ें
as --रेखीय/--लॉजिस्टिक कोव्स।
--पैरामीटर [...]
: इसमें केवल दिए गए सहसंयोजक/अंतःक्रियाएं शामिल करें --रेखीय/--लॉजिस्टिक मॉडल,
1-आधारित सूचकांकों और/या उनकी श्रेणियों की सूची द्वारा पहचाना जाता है।
--परीक्षण {...} : निर्दिष्ट पद(शब्दों) पर एक (संयुक्त) परीक्षण करें
--रेखीय/--लॉजिस्टिक मॉडल, 1-आधारित सूचकांकों और/या उनकी श्रेणियों द्वारा पहचाना जाता है। अगर
क्रमपरिवर्तन का अनुरोध किया गया था, यह इस परीक्षण पर आधारित है। *ध्यान दें कि, कब
--पैरामीटर भी मौजूद है,
सूचकांक छंटाई के बाद शेष बचे पदों को संदर्भित करते हैं
--पैरामीटर.
* आप सभी शब्दों को शामिल करने के लिए '--टेस्ट्स ऑल' का उपयोग कर सकते हैं।
--vif [अधिकतम वीआईएफ]
: के लिए VIF सीमा निर्धारित करें --रेखीय बहुसंरेखता जांच (डिफ़ॉल्ट 50)।
--xchr-मॉडल [कोड] : एक्स क्रोमोसोम सेट करें --रेखीय/--लॉजिस्टिक मॉडल.
0 = सेक्स और अगुणित गुणसूत्रों को छोड़ें 1 (डिफ़ॉल्ट) = एक्स पर सहसंयोजक के रूप में सेक्स जोड़ें
गुणसूत्र 2 = पुरुष जीनोटाइप को 0/2 के बजाय 0/1 कोड करें 3 = अंतःक्रिया के लिए परीक्षण
जीनोटाइप और लिंग के बीच
--लैसो-सेलेक्ट-कोवर्स {cov(s)...} : कुछ या सभी सहसंयोजकों को LASSO के अधीन रखें
मॉडल चयन.
--समायोजित करना
: कुछ बहु-परीक्षण सुधारों की रिपोर्ट करें।
--लैम्ब्डा [वैल]
: जीनोमिक नियंत्रण लैम्ब्डा को इसके लिए सेट करें --समायोजित करना.
--ci [आकार]
: विषम अनुपातों के लिए विश्वास अंतराल की रिपोर्ट करें।
--pफ़िल्टर [वैल]
: उच्च पी-मानों के साथ एसोसिएशन परीक्षण परिणामों को फ़िल्टर करें।
--एक स्थायी केशविन्यास [न्यूनतम परमिट - 1] {अधिकतम परमिट} {अल्फा} {बीटा} {इनिट अंतराल} {ढलान} :
अनुकूली क्रमपरिवर्तन परीक्षणों को नियंत्रित करने वाले छह पैरामीटर सेट करें। * पहले दो
क्रमपरिवर्तन की न्यूनतम और अधिकतम संख्या को नियंत्रित करें
प्रत्येक संस्करण के लिए चलाया जा सकता है; डिफ़ॉल्ट मान 5 और 1000000 हैं।
* अगले दो शीघ्र समाप्ति की स्थिति को नियंत्रित करते हैं।
A
100% * (1 - बीटा/2टी) आत्मविश्वास अंतराल की गणना प्रत्येक अनुभवजन्य पी-मूल्य के लिए की जाती है,
जहां T वेरिएंट की कुल संख्या है; जब भी यह विश्वास अंतराल नहीं होता है
यदि इसमें अल्फा शामिल है, तो वैरिएंट को आगे के क्रमपरिवर्तन परीक्षण से छूट दी गई है। गलती करना
मान 0 और 1e-4 हैं।
* अंतिम दो नियंत्रण जब प्रारंभिक समाप्ति की स्थिति की जाँच की जाती है।
If
एक जाँच क्रमपरिवर्तन #p पर होती है, अगली जाँच [ढलान]p + [init के बाद होती है
अंतराल] अधिक क्रमपरिवर्तन (नीचे की ओर गोलाकार)। डिफ़ॉल्ट प्रारंभिक अंतराल 1 है, और
डिफ़ॉल्ट ढलान 0.001 है.
--mperm-सहेजें
: सर्वोत्तम अधिकतम (टी) क्रमपरिवर्तन परीक्षण आँकड़े सहेजें।
--mperm-सेव-ऑल : सभी अधिकतम (टी) क्रमपरिवर्तन परीक्षण आँकड़े सहेजें।
--सेट-पी [पी-वैल]
: समायोजित सेट परीक्षण महत्वपूर्ण वैरिएंट पी-वैल्यू सीलिंग (डिफ़ॉल्ट 0.05)।
--सेट-आर2 {v}
: सेट परीक्षण महत्वपूर्ण वैरिएंट जोड़ीवार आर^2 सीलिंग समायोजित करें (डिफ़ॉल्ट 0.5)। 'लिखना'
उल्लंघन करने वाले जोड़ों को {आउटपुट प्रीफ़िक्स}.एलडीसेट पर डंप कर दिया जाता है।
--सेट-अधिकतम [सीटी]
: प्रति सेट पर विचार किए गए महत्वपूर्ण वेरिएंट के सेट परीक्षण को अधिकतम # समायोजित करें (डिफ़ॉल्ट 5)।
--सेट-परीक्षण-लैम्ब्डा [v] : सेट परीक्षण के लिए जीनोमिक नियंत्रण सुधार निर्दिष्ट करें।
--सीमा [केबीएस]
: बढ़ाना --एनोटेट दिए गए # kbs द्वारा रेंज अंतराल।
--एनोटेट-एसएनपी-फ़ील्ड [एनएम] : सेट करें --एनोटेट वैरिएंट आईडी फ़ील्ड का नाम.
--क्लंप-पी1 [पवल] : सेट करें -- झुरमुट सूचकांक var. पी-वैल्यू सीलिंग (डिफ़ॉल्ट 1e-4)।
--क्लंप-पी2 [पवल] : सेट करें -- झुरमुट द्वितीयक पी-मान सीमा (डिफ़ॉल्ट 0.01)।
--क्लंप-आर2 [आर^2]
: सेट -- झुरमुट r^2 थ्रेशोल्ड (डिफ़ॉल्ट 0.5)।
--क्लंप-केबी [केबीएस]
: सेट -- झुरमुट केबी त्रिज्या (डिफ़ॉल्ट 250)।
--क्लंप-एसएनपी-फ़ील्ड [एन...]
: सेट -- झुरमुट वैरिएंट आईडी फ़ील्ड नाम (डिफ़ॉल्ट 'एसएनपी')। अनेक फ़ील्ड नामों के साथ,
पहले वाले नामों को बाद वाले नामों की तुलना में प्राथमिकता दी जाती है।
--क्लंप-फ़ील्ड [नाम...]
: सेट -- झुरमुट पी-वैल्यू फ़ील्ड नाम (डिफ़ॉल्ट 'पी')।
--क्लंप-अनुमति-ओवरलैप
: चलो -- झुरमुट गैर-सूचकांक संस्करण. अनेक समूहों में शामिल हों.
--क्लंप-वर्बोज़
: अनुरोध बढ़ाया गया -- झुरमुट रिपोर्ट.
--क्लंप-एनोटेट [hdr...] : इसमें नामित अतिरिक्त फ़ील्ड शामिल करें --क्लंप-वर्बोज़ और
--क्लंप-सर्वश्रेष्ठ रिपोर्ट. (फ़ील्ड नामों को रिक्त स्थान या अल्पविराम से अलग किया जा सकता है।)
--क्लंप-रेंज [फ़ाइल का नाम]
: रिपोर्ट समूहों और क्षेत्रों के बीच ओवरलैप होती है।
--क्लंप-रेंज-बॉर्डर [केबी] : क्षेत्रों को फैलाएं --क्लंप-रेंज फ़ाइल.
--क्लंप-सूचकांक-प्रथम
: निकालना -- झुरमुट सूचकांक संस्करण केवल पहली फ़ाइल से.
--क्लंप-प्रतिकृति
: उन समूहों को बाहर करें जिनमें केवल एक फ़ाइल से द्वितीयक परिणाम शामिल हैं।
--क्लंप-सर्वश्रेष्ठ
: प्रत्येक के लिए सर्वोत्तम प्रॉक्सी की रिपोर्ट करें -- झुरमुट सूचकांक var.
--मेटा-विश्लेषण-एसएनपी-फ़ील्ड [एन...] : सेट करें --मेटा-विश्लेषण वैरिएंट आईडी, A1/A2
--मेटा-विश्लेषण-ए1-फ़ील्ड [एन...]
एलील, पी-वैल्यू, और/या प्रभावी नमूना
--मेटा-विश्लेषण-ए2-फ़ील्ड [एन...]
आकार फ़ील्ड नाम. डिफ़ॉल्ट 'एसएनपी' हैं,
--मेटा-विश्लेषण-पी-फ़ील्ड [एन...]
'ए1', 'ए2', 'पी', और 'एनएमआईएसएस',
--मेटा-विश्लेषण-निबंध-क्षेत्र [एन...]
क्रमश। जब इन झंडों को कई पैरामीटर दिए जाते हैं, तो पहले के नाम
बाद वाले पर प्राथमिकता लें। ध्यान दें, यदि मामलों और नियंत्रणों की संख्या
असमान हैं, प्रभावी नमूना आकार होना चाहिए
4 / (1/[# मामले] + 1/[# नियंत्रण])।
--मेटा-विश्लेषण-रिपोर्ट-डुप्स
: जब कोई वैरिएंट एक ही फ़ाइल में कई बार दिखाई देता है, तो उसकी रिपोर्ट करें।
--जीन-सूची-सीमा [केबीएस]
: बढ़ाना --जीन-रिपोर्ट केबीएस के # दिए गए क्षेत्र।
--जीन-उपसमुच्चय [फ़ाइल का नाम]
: के लिए जीन नाम उपसमुच्चय निर्दिष्ट करें --जीन-रिपोर्ट.
--जीन-रिपोर्ट-एसएनपी-फ़ील्ड [] : तय करना --जीन-रिपोर्ट वैरिएंट आईडी फ़ील्ड नाम (डिफ़ॉल्ट
'एसएनपी')। केवल के साथ प्रासंगिक है --निचोड़.
--अंतराल [केबीएस]
: '--फास्ट-एपिस्टासिस केस-ओनली' मिनट सेट करें। गैप (डिफ़ॉल्ट 1000).
--epi1 [पी-वैल्यू] : सेट करें --{तेज़-}एपिस्टासिस रिपोर्टिंग सीमा (डिफ़ॉल्ट)।
'बूस्ट' के लिए 5e-6, अन्यथा 1e-4)।
--epi2 [पी-वैल्यू] : SIG_E गिनती में योगदान के लिए सीमा निर्धारित करें (डिफ़. 0.01)।
--जे-सेलमिन [एन] : प्रति 3x3x2 आकस्मिकता के लिए आवश्यक अवलोकनों की संख्या निर्धारित करें
संयुक्त-प्रभाव परीक्षण के लिए टेबल सेल (डिफ़ॉल्ट 5)।
--q-स्कोर-रेंज [रेंज फ़ाइल] [डेटा फ़ाइल] {i} {j} :
लागू करें --स्कोर उदाहरण के आधार पर प्राथमिक स्कोर सूची में वेरिएंट के सबसेट के लिए
पी-मूल्य श्रेणियाँ। * पहली फ़ाइल में पहले कॉलम में रेंज लेबल होने चाहिए,
पी - मूल्य
दूसरे कॉलम में निचली सीमाएं, और तीसरे कॉलम में ऊपरी सीमाएं। पंक्तियां
बहुत कम प्रविष्टियों के साथ, या दूसरे या तीसरे कॉलम में गैर-संख्यात्मक मान हैं
अवहेलना करना।
* दूसरी फ़ाइल में एक वैरिएंट आईडी और प्रत्येक पर एक पी-वैल्यू होना चाहिए
गैर-रिक्त पंक्ति (संभवतः पहली को छोड़कर)।
वैरिएंट आईडी से पढ़ी जाती हैं
कॉलम #i और p-मान कॉलम #j से पढ़े जाते हैं, जहां i डिफ़ॉल्ट रूप से 1 और j होता है
i+1 पर डिफ़ॉल्ट। 'हेडर' संशोधक इस फ़ाइल की पहली गैर-रिक्त पंक्ति का कारण बनता है
छोड़ा जाना है.
--समानांतर [k] [n] : आउटपुट मैट्रिक्स को n टुकड़ों में विभाजित करें, और केवल गणना करें
केथ टुकड़ा. प्राथमिक आउटपुट फ़ाइल में टुकड़ा संख्या शामिल होगी
नाम, उदाहरण के लिए plink.rel.13 या plink.rel.13.gz यदि k 13 है। इन फ़ाइलों को संयोजित करना
क्रम में ब्याज का पूरा मैट्रिक्स प्राप्त होगा। (हाँ, यह पहले भी किया जा सकता है
अनजिपिंग।) एनबी इसका उपयोग आम तौर पर सीधे सममित लिखने के लिए नहीं किया जा सकता है
वर्ग मैट्रिक्स. इसके बजाय वर्गाकार या त्रिकोण आकार चुनें, और इस प्रकार पोस्टप्रोसेस करें
ज़रूरी।
--याद [वैल]
: प्रारंभिक कार्यस्थान मॉलोक प्रयास का आकार एमबी में सेट करें। (व्यावहारिक रूप से अनिवार्य
जीएनयू समानांतर का उपयोग करते समय।)
--धागे [वैल]
: समवर्ती धागों की अधिकतम संख्या निर्धारित करें। इसकी एक ज्ञात सीमा है: कुछ
BLAS/LAPACK रैखिक बीजगणित संचालन इस तरह से बहु-थ्रेडेड हैं कि PLINK नहीं कर सकता
नियंत्रण। यदि यह समस्याग्रस्त है, तो आपको सिंगल-थ्रेडेड के विरुद्ध पुन: संकलन करना चाहिए
ब्लास/लैपैक।
--डी [चार]
: वैरिएंट/कोवेरिएट रेंज डिलीमीटर बदलें (सामान्यतः '-')।
--बीज [वैल...]
: यादृच्छिक संख्या बीज सेट करें। प्रत्येक मान 0 और के बीच एक पूर्णांक होना चाहिए
4294967295 सम्मिलित।
--पर्म-बैच-आकार [वैल] : कुछ के लिए प्रति बैच क्रमपरिवर्तन की संख्या निर्धारित करें
क्रमपरिवर्तन परीक्षण.
--आउटपुट-न्यूनतम-पी [पी]: रिपोर्ट में लिखने के लिए न्यूनतम पी-मान निर्दिष्ट करें।
- दाढ़
: धीमी, अधिक क्रैश-प्रतिरोधी लॉगिंग विधि का उपयोग करें।
प्राथमिक विधियाँ पेपर: चांग सीसी, चाउ सीसी, टेलर एलसीएएम, वट्टीकुटी एस, परसेल एसएम, ली जेजे
(2015) दूसरी पीढ़ी का PLINK: बड़े और समृद्ध डेटासेट की चुनौती का सामना करना।
गीगासाइंस, 4.
अधिक दस्तावेज़ीकरण और समर्थन के लिए, मुख्य वेबपेज देखें
(https://www.cog-genomics.org/plink2) और/या मेलिंग सूची
(https://groups.google.com/d/forum/plink2-users)।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन plink1.9 का उपयोग करें
