ssematche - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ssematch - द्वितीयक संरचना मिलान के लिए DCF फ़ाइल खोजें।

SYNOPSIS

ssematch -ssinfile फाइल में -dcfinfile फाइल में [-डेटा फ़ाइल मैट्रिक्सफ] -मैक्सहिट्स पूर्णांक
[-rgapopen नाव] [-rgapextend नाव] [-एगापोपेन नाव] [-ईगपेक्सटेंड नाव]
-आउट्सफ़ाइल आउटफाइल -आउटसेफ़ाइल आउटफाइल -बोटा दस्तावेज आउटफाइल

ssematch -मदद

वर्णन

ssematch EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "यूटिल्स: डेटाबेस क्रिएशन" कमांड ग्रुप (समूहों) का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-ssinfile फाइल में
यह विकल्प द्वितीयक संरचना (इनपुट) की फ़ाइल का नाम निर्दिष्ट करता है।

-dcfinfile फाइल में
यह विकल्प DCF फ़ाइल (डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल) (इनपुट) का नाम निर्दिष्ट करता है। ए
'डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल' में डोमेन के लिए वर्गीकरण और अन्य डेटा शामिल है
एससीओपी या सीएटीएच, डीसीएफ प्रारूप (ईएमबीएल-जैसे) में। SCOPPARSE . का उपयोग करके फ़ाइलें उत्पन्न की जाती हैं
और कैथपर्स। डोमेन अनुक्रम जानकारी का उपयोग करके फ़ाइल में जोड़ा जा सकता है
डोमेनसेक.

-डेटा फ़ाइल मैट्रिक्सफ
यह विकल्प द्वितीयक संरचना प्रतिस्थापन मैट्रिक्स को निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट मान:
एसएसएसयूबी

अपेक्षित अनुभाग
-मैक्सहिट्स पूर्णांक
यह विकल्प रिपोर्ट करने के लिए शीर्ष स्कोरिंग मैचों की संख्या निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट मान: 5

अतिरिक्त अनुभाग
-rgapopen नाव
यह विकल्प निवास-आधारित संरेखण के लिए अंतर प्रविष्टि दंड निर्दिष्ट करता है। अन्तर
इंसर्शन पेनाल्टी वह स्कोर है जो गैप बनने पर हटा लिया जाता है। सर्वोत्तम मूल्य
तुलना मैट्रिक्स की पसंद पर निर्भर करता है। डिफ़ॉल्ट मान मानता है कि आप उपयोग कर रहे हैं
प्रोटीन अनुक्रमों के लिए EBLOSUM62 मैट्रिक्स, और न्यूक्लियोटाइड के लिए EDNAFULL मैट्रिक्स
क्रम. डिफ़ॉल्ट मान: 10

-rgapextend नाव
यह विकल्प अवशेष-आधारित संरेखण के लिए अंतराल विस्तार दंड निर्दिष्ट करता है। अन्तर
विस्तार, जुर्माना प्रत्येक आधार या अवशेष के लिए मानक अंतराल दंड में जोड़ा जाता है
अन्तर। इस प्रकार लंबे अंतरालों को दंडित किया जाता है। आमतौर पर आप कुछ लंबे अंतराल की अपेक्षा करेंगे
कई छोटे अंतरालों के बजाय, इसलिए अंतराल विस्तार दंड अंतराल से कम होना चाहिए
दंड। डिफ़ॉल्ट मान: 0.5

-एगापोपेन नाव
यह विकल्प तत्व-आधारित संरेखण के लिए अंतराल प्रविष्टि दंड निर्दिष्ट करता है। अन्तर
इंसर्शन पेनाल्टी वह स्कोर है जो गैप बनने पर हटा लिया जाता है। सर्वोत्तम मूल्य
तुलना मैट्रिक्स की पसंद पर निर्भर करता है। डिफ़ॉल्ट मान मानता है कि आप उपयोग कर रहे हैं
प्रोटीन अनुक्रमों के लिए EBLOSUM62 मैट्रिक्स, और न्यूक्लियोटाइड के लिए EDNAFULL मैट्रिक्स
क्रम. डिफ़ॉल्ट मान: 10

-ईगपेक्सटेंड नाव
यह विकल्प द्वितीयक संरचना तत्व-आधारित के लिए अंतराल विस्तार दंड निर्दिष्ट करता है
संरेखण। गैप एक्सटेंशन, जुर्माना प्रत्येक के लिए मानक गैप पेनल्टी में जोड़ा जाता है
अंतराल में आधार या अवशेष। इस प्रकार लंबे अंतरालों को दंडित किया जाता है। आमतौर पर आप ऐसा करेंगे
कई छोटे अंतराल के बजाय कुछ लंबे अंतराल की अपेक्षा करें, इसलिए अंतराल विस्तार दंड
गैप पेनाल्टी से कम होना चाहिए। डिफ़ॉल्ट मान: 0.5

उत्पादन अनुभाग
-आउट्सफ़ाइल आउटफाइल
यह विकल्प शीर्ष-स्कोरिंग डोमेन वाली फ़ाइल का नाम निर्दिष्ट करता है
अवशेष-आधारित संरेखण (आउटपुट)। एक 'डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल' में शामिल है
डीसीएफ प्रारूप में एससीओपी या सीएटीएच से डोमेन के लिए वर्गीकरण और अन्य डेटा
(ईएमबीएल जैसा)।

-आउटसेफ़ाइल आउटफाइल
यह विकल्प शीर्ष-स्कोरिंग डोमेन वाली फ़ाइल का नाम निर्दिष्ट करता है
माध्यमिक संरचना तत्व-आधारित संरेखण (आउटपुट)। एक 'डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल'
DCF प्रारूप में SCOP या CATH से डोमेन के लिए वर्गीकरण और अन्य डेटा शामिल है
(ईएमबीएल जैसा)।

-बोटा दस्तावेज आउटफाइल
यह विकल्प ssematch लॉग फ़ाइल (आउटपुट) का नाम निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट मान:
ssematch.log

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