यह कमांड ट्रांसडिकोडर.प्रीडिक्ट है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
ट्रांसडिकोडर - ट्रांस्क्रिप्टोम प्रोटीन भविष्यवाणी
उपयोग
आवश्यक:
-टी प्रतिलेख.fasta
सामान्य विकल्प:
--retain_long_orfs पाए गए सभी ओआरएफ को बनाए रखें जो इन कई न्यूक्लियोटाइड के बराबर या लंबे हैं, भले ही कोई अन्य सबूत न हो
इसे कोडिंग के रूप में चिह्नित करें (डिफ़ॉल्ट: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm खोजने के लिए
hmmscan का उपयोग करना (जो आपकी PATH सेटिंग के माध्यम से पहुंच योग्य होना चाहिए)
--retain_blastp_hits
उन्नत विकल्प
--रेलगाड़ी प्रोटीन पहचान के लिए मार्कोव मॉड को प्रशिक्षित करने के लिए ORFs के साथ FASTA फ़ाइल; अन्यथा
सबसे लंबे समय तक गैर-अनावश्यक ओआरएफ का उपयोग किया गया
-टी यदि नहीं --ट्रेन, मार्कोव मॉडल को प्रशिक्षित करने के लिए शीर्ष सबसे लंबे ओआरएफ (हेक्सामर आँकड़े) (डिफ़ॉल्ट: 500)
2015-12-28 ट्रांसडिकोडर.भविष्यवाणी(1)
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन TransDecoder.Predict का उपयोग करें
