यह कमांड vcf_filter है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
vcf_filter - एक VCF फ़ाइल फ़िल्टर करें
SYNOPSIS
vcf_filter [-एच] [--नो-शॉर्ट-सर्किट] [--नो-फिल्टर्ड] [--आउटपुट आउटपुट] [--लोकल-स्क्रिप्ट
LOCAL_SCRIPT] इनपुट फ़िल्टर [फ़िल्टर_आर्ग्स] [फ़िल्टर [फ़िल्टर_आर्ग्स]] ...
वर्णन
यह स्क्रिप्ट PyVCF का हिस्सा है.
विकल्प
अवस्था का तर्क:
संसाधित करने के लिए फ़ाइल इनपुट करें (उपयोग - एसटीडीआईएन के लिए) (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)
वैकल्पिक तर्क:
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएँ और बाहर निकलें। (डिफ़ॉल्ट: ग़लत)
--नहीं-शॉर्ट-सर्किट
यदि कोई फ़िल्टर ट्रिगर हो तो किसी साइट पर फ़िल्टर प्रोसेसिंग बंद न करें (डिफ़ॉल्ट: गलत)
--आउटपुट आउटपुट
आउटपुट के लिए फ़ाइल नाम [STDOUT] (डिफ़ॉल्ट: ' mode='w'
एन्कोडिंग='ANSI_X3.4-1968'>)
--कोई फ़िल्टर नहीं
केवल फ़िल्टर पास करने वाली साइटें आउटपुट करें (डिफ़ॉल्ट: ग़लत)
--स्थानीय-स्क्रिप्ट LOCAL_SCRIPT
फ़िल्टर कक्षाओं के साथ वर्तमान कार्यशील निर्देशिका में पायथन फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)
एमजीक्यू:
केवल निम्न गुणवत्ता वाले वेरिएंट वाली साइटों को फ़िल्टर करता है। उच्च स्थल की प्राप्ति संभव है
कई निम्न गुणवत्ता वाली कॉलों के साथ गुणवत्ता। यह फ़िल्टर मांग करता है कि कम से कम एक कॉल ऊपर हो
एक सीमा गुणवत्ता.
--जीनोटाइप-गुणवत्ता जीनोटाइप_गुणवत्ता
इस गुणवत्ता से ऊपर बिना जीनोटाइप वाली साइटों को फ़िल्टर करें (डिफ़ॉल्ट: 50)
केवल एसएनपी:
केवल एसएनपी वेरिएंट चुनें
डीपीएस:
प्रति नमूना थ्रेसहोल्ड गहराई पढ़ें
--गहराई-प्रति-नमूना DEPTH_PER_SAMPLE
प्रत्येक नमूने में न्यूनतम आवश्यक कवरेज (डिफ़ॉल्ट: 5)
औसत-डीपीएस:
प्रति नमूना दहलीज औसत पढ़ने की गहराई (read_depth/sample_count)
--औसत-गहराई-प्रति-नमूना औसत_DEPTH_प्रति_नमूना
प्रति नमूना न्यूनतम आवश्यक औसत कवरेज (डिफ़ॉल्ट: 3)
ईबी:
सहसंबद्ध अनुक्रमण त्रुटियों की तरह दिखने वाली साइटों को फ़िल्टर करें। कुछ अनुक्रमण
प्रौद्योगिकियां, विशेष रूप से पायरोसेक्वेंसिंग, उत्परिवर्तन हॉटस्पॉट उत्पन्न करती हैं जहां एक होता है
शोर का निरंतर स्तर, कुछ संदर्भ और कुछ विषमयुग्मजी कॉल उत्पन्न करता है। यह
फ़िल्टर द्विपद संभावना की तुलना करके प्रत्येक साइट के लिए बेयस फैक्टर की गणना करता है
नीचे देखी गई एलील गहराई का: * के बराबर निरंतर त्रुटि वाला एक मॉडल
एमएएफ. * एक मॉडल जहां प्रत्येक नमूना कॉलर द्वारा रिपोर्ट की गई प्लोइडी है। कसौटी
मान बेयस फ़ैक्टर का लॉग है। उच्चतर मानों में त्रुटियाँ होने की संभावना अधिक होती है.
नोट: इस फ़िल्टर के लिए rpy2 की आवश्यकता है
--eblr ईबीएलआर
इस त्रुटि लॉग ऑड्स अनुपात के ऊपर की साइटों को फ़िल्टर करें (डिफ़ॉल्ट: -10)
वर्ग:
कम गुणवत्ता वाली साइटों को फ़िल्टर करें
--साइट-गुणवत्ता साइट_गुणवत्ता
इस गुणवत्ता से नीचे की साइटों को फ़िल्टर करें (डिफ़ॉल्ट: 30)
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन vcf_filter का उपयोग करें
