alter-sequence-alignment - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

alter-sequence-alignment - sekuens genomik ALignment Transformation EnviRonment

RINGKASAN

ubah-urutan-penyelarasan [pilihan] [urutan]

DESKRIPSI

ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) adalah alat untuk mengubah
antara beberapa format keselarasan urutan. ALTER berfokus pada
spesifikasi program keselarasan dan analisis arus utama daripada
pada konversi di antara format yang kurang lebih spesifik.

PILIHAN

-c (--jatuh)
Ciutkan urutan ke haplotipe.

-cg (--collapseGap)
Perlakukan celah sebagai data yang hilang saat diciutkan.

-kl (--runtuhBatas) N
Batas koneksi (urutan yang berbeda pada <= l situs akan diciutkan) (defaultnya adalah
aku=0).

-cm (--collapseHilang)
Hitung data yang hilang sebagai perbedaan saat menciutkan.

-i (--memasukkan) FILE
Berkas masukan.

-ia (--inputDeteksi Otomatis)
Format deteksi otomatis (opsi input lainnya dihilangkan).

-jika (--Masukkan format) VA
Format masukan (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP atau PIR).

-io (--masukanOS) VA
Sistem operasi masukan (Linux, MacOS atau Windows)

-aku p (--masukanProgram) VA
Program masukan (Clustal, MAFFT, OTOT, PROBCONS atau TCoffee).

-o (--keluaran) FILE
Berkas keluaran.

-dari (--format output) VA
Format keluaran (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP atau PIR).

-ol (--keluaran Huruf Kecil)
Keluaran kasus rendah.

-om (--outputMatch)
Keluaran karakter yang cocok.

-di (--outputResidueNumbers)
Keluaran nomor residu (hanya format ALN).

-oo (--keluaranOS) VA
Sistem operasi keluaran (Linux, MacOS atau Windows).

-op (--keluaranProgram) VA
Program keluaran (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal , MAFFT, OTOT,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl atau UMUM)

-tulang (--keluaran Berurutan)
Output berurutan (hanya format NEXUS dan PHYLIP).

Gunakan alter-sequence-alignment online menggunakan layanan onworks.net