bp_revtrans-motifp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bp_revtrans-motif - Terjemahan terbalik dari motif protein mirip Profam

VERSION

versi 0.01

RINGKASAN

Dari file:

bp_revtrans-motif.pl -i motif.txt

Menggunakan pipa:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

Menggunakan secara interaktif pada command prompt:

$bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2.NDNCAY(ATHTGG){2,3}

DESKRIPSI

Skrip ini mengambil motif protein sebagai input dan mengembalikan oligonukleotida yang merosot
urutan yang sesuai dengannya. Alasan utama untuk melakukan ini adalah desain yang merosot
primer yang memperkuat pola urutan tertentu.

Motif masukan terdiri dari rangkaian residu satu huruf, dengan salah satu dari berikut ini:
elemen sintaksis:

[...] : Posisi berlebihan.
Posisi di mana lebih dari satu residu diperbolehkan. Contoh:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : Posisi Negasi.
Posisi di mana residu apa pun diizinkan, disimpan di antara tanda kurung. Contoh:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : Motif berulang.
Motif yang berulang n or m waktu. Itu dapat memiliki sintaksis sebelumnya
elemen. Contoh:

SEBUAH[SN]C(TXX){2,4,8}
^^ ^^

Huruf yang diizinkan adalah yang sesuai dengan 20 asam amino alami, ditambah:

B = N + D
Z = Q + E
X = Semua

PILIHAN

-i file masukan:
File dengan daftar motif untuk menerjemahkan terbalik.

-h
Tampilkan pesan bantuan ini.

Gunakan bp_revtrans-motifp online menggunakan layanan onworks.net