Ini adalah perintah delta-filter yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
delta-filter - membaca file perataan delta baik dari nucmer atau promer dan memfilternya
keberpihakan
RINGKASAN
delta filter [pilihan]
DESKRIPSI
-1 Penjajaran 1-ke-1 memungkinkan penataan ulang (persimpangan -r dan -q keselarasan)
-g Penyelarasan global 1-ke-1 tidak memungkinkan penataan ulang
-h Tampilkan informasi bantuan
-i mengapung
Atur identitas penyelarasan minimum [0, 100], default 0
-l int Atur panjang perataan minimum, default 0
-m Penyelarasan banyak-ke-banyak memungkinkan penataan ulang (penyatuan -r dan -q keselarasan)
-q Memetakan setiap posisi setiap kueri ke hit terbaiknya dalam referensi, memungkinkan untuk
referensi tumpang tindih
-r Memetakan setiap posisi dari setiap referensi ke hit terbaiknya dalam kueri, memungkinkan untuk
kueri tumpang tindih
-u float Atur keunikan keselarasan minimum, yaitu persen dari
keselarasan yang cocok dengan referensi unik DAN urutan kueri [0, 100], default 0
-o mengapung
Atur tumpang tindih perataan maksimum untuk -r dan -q pilihan sebagai persen dari
panjang pelurusan [0, 100], default 100
-v Cetak perataan yang dibuang alih-alih yang lolos filter
-b Duplikasi peta (XOR dari -r dan -q keberpihakan, satu atau yang lain tetapi tidak keduanya)
Membaca file perataan delta baik dari nucmer atau promer dan memfilter perataan berdasarkan
pada sakelar baris perintah, hanya menyisakan penyelarasan yang diinginkan yang merupakan output ke
stdout dalam format delta yang sama dengan input. Untuk beberapa sakelar, urutan operasi
adalah sebagai berikut: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Jika keselarasan dikecualikan oleh sebelumnya
operasi, itu akan diabaikan oleh operasi berikutnya.
Perbedaan penting antara -g opsi dan -1 dan -m pilihan adalah itu -g
membutuhkan keberpihakan untuk saling konsisten dalam urutannya, sedangkan -1 dan -m
pilihan tidak diperlukan untuk saling konsisten dan karena itu mentolerir translokasi,
inversi, dll. Dalam kasus umum, -m pilihan adalah pilihan terbaik, namun -1 dapat
berguna untuk aplikasi seperti pencarian SNP yang memerlukan pemetaan 1-ke-1. Akhirnya, untuk
memetakan konfigurasi kueri, atau mengurutkan bacaan, ke genom referensi, gunakan -q. itu
duplikasi dicetak dengan -b pilihan adalah -r dan -q keberpihakan yang tidak ada di
keselarasan 1-ke-1. Keberpihakan ini juga merupakan perbedaan antara -1 dan -m
keberpihakan
Gunakan delta-filter online menggunakan layanan onworks.net
