Ini adalah perbedaan perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa stasiun kerja online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
diffseq - Bandingkan dan laporkan fitur dari dua urutan yang serupa
RINGKASAN
berbeda -sebuah urutan urutan -urutan urutan -ukuran kata bilangan bulat
[-perbedaan global boolean] -file keluar melaporkan -kekalahan prestasi -pertandingan prestasi
berbeda -bantu
DESKRIPSI
berbeda adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Alignment:Differences".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-sebuah urutan urutan
-urutan urutan
Wajib bagian
-ukuran kata bilangan bulat
Daerah serupa antara dua urutan ditemukan dengan membuat tabel hash dari
'wordsize'd berikutnya. 10 adalah default yang masuk akal. Membuat nilai ini lebih besar (20?)
dapat mempercepat program sedikit, tetapi akan berarti bahwa ada dua perbedaan dalam
'wordsize' satu sama lain akan dikelompokkan sebagai satu wilayah perbedaan. Nilai ini
dapat dibuat lebih kecil (4?) untuk meningkatkan resolusi perbedaan terdekat, tetapi
program akan berjalan jauh lebih lambat. Nilai default: 10
Tambahan bagian
-perbedaan global boolean
Biasanya program ini akan menemukan daerah identitas yang panjangnya
ukuran kata tertentu atau lebih besar dan kemudian akan melaporkan wilayah perbedaan antara
wilayah yang cocok ini. Ini berfungsi dengan baik dan itulah yang diinginkan kebanyakan orang jika memang demikian
bekerja dengan urutan asam nukleat yang tumpang tindih panjang. Anda biasanya tidak tertarik
di ujung yang tidak tumpang tindih dari urutan ini. Jika Anda memiliki urutan protein atau pendek
Namun, urutan RNA, Anda akan tertarik pada perbedaan di ujungnya. Dia
opsi ini disetel ke true maka perbedaan di ujungnya juga akan dilaporkan.
Nilai default: N
Keluaran bagian
-file keluar melaporkan
-kekalahan prestasi
File untuk output fitur urutan pertama Nilai default: $(asequence.name).diffgff
-pertandingan prestasi
File untuk output fitur urutan kedua Nilai default: $(bsequence.name).diffgff
Gunakan diffseqe online menggunakan layanan onworks.net
