Ini adalah intisari perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
digest - Laporan tentang enzim proteolitik protein atau situs pembelahan reagen
RINGKASAN
intisari -seqall seqall -mwdata file data -Tidak bisa daftar -mono boolean -tidak disukai boolean
-kasar boolean -berakhir daftar -tumpang tindih boolean -semua sebagian boolean
-file keluar melaporkan
intisari -bantu
DESKRIPSI
intisari adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Protein:Motifs".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-seqall seqall
-mwdata file data
Data berat molekul untuk asam amino Nilai default: Emolwt.dat
Wajib bagian
-Tidak bisa daftar
Nilai default: 1
-mono boolean
Nilai default: N
Advanced bagian
-tidak disukai boolean
Tripsin biasanya tidak akan dipotong setelah 'KR' jika diikuti oleh salah satu dari 'KRIFLP'.
Lys-C biasanya tidak akan dipotong setelah 'K' jika diikuti oleh 'P'. Arg-C tidak akan
biasanya dipotong setelah 'R' jika diikuti oleh 'P'. V8-bicarb biasanya tidak akan dipotong setelahnya
'E' jika diikuti oleh salah satu dari 'KREP'. V8-phosph biasanya tidak akan dipotong setelah 'DE' jika
mereka diikuti oleh 'P'. Chymotrypsin biasanya tidak akan dipotong setelah 'FYWLM' jika mereka
diikuti oleh 'P'. Menentukan yang tidak disukai menunjukkan potongan yang tidak disukai ini serta
yang disukai.
-kasar boolean
Memungkinkan pencernaan semi-spesifik dan non-spesifik. Opsi ini sangat berguna
untuk menghasilkan daftar urutan peptida untuk identifikasi protein menggunakan
spektrometri massa.
-berakhir daftar
Nilai default: 1
Keluaran bagian
-tumpang tindih boolean
Digunakan untuk pencernaan parsial. Menampilkan semua potongan dari situs potongan favorit ditambah 1, 3,
3 dll tetapi tidak (misalnya) 5. Oleh karena itu, tumpang tindih adalah fragmen dengan tepat satu
situs potong potensial di dalamnya.
-semua sebagian boolean
Adapun tumpang tindih tetapi fragmen yang mengandung lebih dari satu situs pemotongan potensial disertakan.
-file keluar melaporkan
Gunakan digeste online menggunakan layanan onworks.net
