Ini adalah dsimulator perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
dsimulator - menghasilkan bacaan sintetis untuk genom acak
RINGKASAN
simulator genlen: ganda [-cganda (20.)] [-bganda (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eganda (.15)][-Mfillet]
DESKRIPSI
simulator pertama menghasilkan genom palsu dengan ukuran genlen*Panjang 1Mb, yang memiliki bias AT
-b. Ini kemudian menghasilkan pembacaan sampel dengan panjang rata-rata -m dari panjang log-normal
distribusi dengan simpangan baku -s, tetapi mengabaikan pembacaan yang panjangnya kurang dari -x. Itu
mengumpulkan cukup banyak bacaan untuk menutupi genom -c kali dan memperkenalkan -e kesalahan pecahan menjadi
masing-masing membaca di mana rasio penyisipan, penghapusan, dan penggantian ditetapkan oleh yang ditentukan
konstanta INS_RATE (default 73%) dan DEL_RATE (default 20%) dalam generate.c. Satu bisa
juga mengontrol tingkat pembacaan yang diambil dari untaian maju dan mundur dengan
mengatur FLIP_RATE konstan yang ditentukan (default 50/50). NS -r benih pilihan secara acak
generator nomor untuk generasi genom sehingga seseorang dapat menghasilkan secara reproduktif
genom yang mendasari yang sama untuk sampel dari. Jika parameter ini tidak ada, maka id pekerjaan
dari permintaan benih generator nomor acak. Outputnya dikirim ke standar
output (yaitu pipa UNIX). Output dalam format Pacbio .fasta cocok sebagai input
untuk fasta2DB(1). Akhirnya, -M opsi meminta koordinat dari mana masing-masing membaca
telah diambil sampelnya ditulis ke file yang ditunjukkan, satu baris per baca, dikodekan ASCII.
File "peta" ini pada dasarnya memberi tahu seseorang di mana setiap pembacaan termasuk dalam majelis dan sangat
berguna untuk tujuan debugging dan pengujian. Jika pasangan baca dikatakan b,e maka jika b < e the
baca diambil sampelnya dari [b,e] dalam arah maju, dan jika b > e dari [e,b] dalam arah
arah sebaliknya.
Gunakan dsimulator online menggunakan layanan onworks.net
