faidx - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

faidx - Ambil urutan dari FASTA

RINGKASAN

faidx [-h] [-b TEMPAT TIDUR] [-o KELUAR] [-i {tempat tidur, ukuran krom, nukleotida, dialihkan}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--versi] cepat
[wilayah [wilayah ...]]

DESKRIPSI

Ambil urutan dari FASTA. Jika tidak ada wilayah yang ditentukan, semua entri dalam file input adalah
dikembalikan. File input FASTA harus secara konsisten dibungkus baris, dan pembungkus baris output
didasarkan pada panjang garis input.

PILIHAN

Posisi argumen
file fasta FASTA

daerah
daerah urutan yang dipisahkan ruang untuk diambil, misalnya chr1:1-1000

Opsional argumen
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar

-b TEMPAT TIDUR, --tempat tidur TEMPAT TIDUR
file tempat tidur daerah

-o KELUAR, --keluar OUT
nama file keluaran (default: stdout)

-i {tempat tidur, ukuran krom, nukleotida, dialihkan}, --mengubah
{tempat tidur, ukuran krom, nukleotida, dialihkan}
mengubah wilayah yang diminta ke dalam format lain. default: Tidak ada

-c, --melengkapi
melengkapi urutan. default: Salah

-r, --membalikkan
membalikkan urutan. default: Salah

-n, --tanpa-nama
menghilangkan nama urutan dari output. default: Salah

-f, --nama lengkap
keluaran nama lengkap termasuk deskripsi. default: Salah

-x, --split-file
tulis setiap wilayah ke file terpisah (nama berasal dari wilayah)

-l, --malas
mengisi --default-seq untuk rentang yang hilang. default: Salah

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
basis default untuk posisi dan masking yang hilang. default: N

-d PEMBATAS, --pembatas PEMBATAS
pembatas untuk memisahkan nama menjadi beberapa nilai (nama duplikat akan menjadi
dibuang). default: Tidak ada

-g REGEX, --regex REGEX
ekspresi reguler untuk memfilter nama urutan yang tidak cocok. bawaan: .*

-m, --mask-dengan-default-seq
sembunyikan file FASTA menggunakan --default-seq default: Salah

-M, --masker per kasus
menutupi file FASTA dengan mengubah ke huruf kecil. default: Salah

--Versi: kapan
cetak nomor versi pyfaidx

Gunakan faidx online menggunakan layanan onworks.net