fsl-5.0-core - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

fsl - alat analisis untuk pencitraan otak FMRI, MRI dan DTI

DESKRIPSI

SLF adalah toolkit komprehensif untuk analisis data pencitraan otak medis. Dia
menyediakan alat untuk pra-pemrosesan data, ekstraksi otak, pendaftaran gambar serta
spektrum yang luas dari analisis statistik. SLF menyediakan GUI yang mudah digunakan.

SLF membutuhkan sejumlah variabel lingkungan untuk diatur dengan benar. Untuk mencapai ini,
silakan sumber skrip konfigurasi dari /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Salah satu cara untuk melakukan ini
secara otomatis adalah menambahkan baris yang berisi

. /etc/fsl/5.0/fsl.sh

ke file .bashrc di direktori home pengguna (atau file yang sesuai untuk shell lain
daripada bash). Anda mungkin perlu membuat file seperti itu terlebih dahulu.

Atau, paket Debian menginstal symlink untuk semua alat FSL di / usr / bin bahwa
mengurus memuat konfigurasi yang sesuai secara otomatis. Nama-nama symlink adalah
diawali dengan yang sesuai SLF versi untuk mencegah konflik nama file dan mengizinkan
beberapa versi untuk hidup berdampingan pada sistem yang sama. Misalnya, alat pengiris perintah adalah
tersedia sebagai fsl5.0-pemotong. Harap dicatat bahwa untuk menggunakan SLF alat melalui symlink ini
tidak diperlukan untuk melakukan prosedur pengaturan yang dijelaskan di atas. Namun, kenyamanan ini
fitur khusus Debian. Skrip yang menggunakan perintah FSL dan dimaksudkan untuk dibagikan
dengan orang lain harus bergantung pada nama perintah yang tidak diawali dan variabel lingkungan FSL
mempersiapkan.

Grafik SLF antarmuka pengguna terkadang mengacu pada FSLDIR. Pada sistem Debian ini adalah
/usr/share/fsl/5.0 untuk FSL versi 5.0.

SLF dokumentasi dan bantuan online disediakan oleh fsl-5.0-doc paket.

Pertanyaan tentang penggunaan SLF atau teori terkait dapat diposting di SLF mailing
daftar (Lihat http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).

PARALELISASI

FSL dapat dikonfigurasi untuk mengirimkan pekerjaan ke Sun Gridengine (SGE) yang sedang berjalan. Meskipun tidak semua
fungsionalitas yang diterapkan di FSL mendukung paralelisasi semacam ini, yang paling menuntut
alat pengolahan (misalnya POSSUM dan FDT) lakukan.

FSL harus dapat menggunakan SGE bahkan jika variabel lingkungan SGE_ROOT tidak disetel, seperti pada
kasus paket Debian dari SGE. Untuk mengaktifkan pemrosesan batch cukup atur

FSLPARALLEL=1

di shell tempat FSL berjalan. Ini dapat diaktifkan secara permanen di

/etc/fsl/5.0/fsl.sh

atau berdasarkan kasus per kasus.

Gunakan fsl-5.0-core online menggunakan layanan onworks.net